上海翼和應用生物技術(shù)有限公司作為一家專門從事分子遺傳學技術(shù)服務的公司，提供專業(yè)的細胞鑒定服務，為了進一步提高鑒定的分辨率，我們除了包含ATCC檢測的8個STR和1個性別決定位點Amelogenin外，另新增了12個高度多態(tài)性位點。ATCC在2010年的Natu...

這是一個比較悲慘、充滿黑色幽默的故事，其教訓也是深刻的。在2001年，科學家在一篇論文里報道了一株新建立的大鼠（rat）視網(wǎng)膜神經(jīng)節(jié)的細胞系（留個印象是大鼠來源的），命名為RGC-5。在隨后的十幾年時間里，至少230篇論文的研究與假設是建立在這株細胞系上。這株...

小師弟：如何根據(jù)細胞STR鑒定結(jié)果判斷細胞系是否發(fā)生了交叉污染？如果存在細胞系之間發(fā)生交叉污染，而且鑒定用的細胞可能有兩種以上的細胞系時，那么在進行STR位點檢測的時候，多個位點會出現(xiàn)兩個以上的峰。峰高值表示該等位基因的信號強度，理論上峰值與樣本的DNA濃度有...

1. SNP數(shù)量多，分布比較常見。據(jù)估計，人類基因組中每1000個核苷酸就有一個SNP，人類30億堿基***有300萬以上的SNPs.SNP 遍布于整個人類基因組中，根據(jù)SNP在基因中的位置，可分為基因編碼區(qū)SNPs（Coding-region SNPs，cS...

多倍體物種SNP分型的常用技術(shù)包括Sanger測序、SNP芯片、KASP等3種，這3種技術(shù)依賴于特異性的擴增或特異性的雜交，而多倍體物種亞基因組間高度同源，使得特異性擴增/雜交的難度**增加，這3種常用技術(shù)在無法保證特異性的前提下，得到的是混合結(jié)果，且無法對混...

相信大家都聽過或已經(jīng)接觸過一些常用的分型方法，如片段長度多態(tài)性（限制性內(nèi)切酶）法，直接測序法，Taqman熒光探針法，LDR連接酶檢測反應法，競爭性等位基因特異性PCR法（KASP），二代測序法等，小E就針對以上幾種常用分型方法為大家做一個介紹和總結(jié)。上海翼和...

二代測序法主要通過PCR的方法，對目標SNP位點進行特異性捕獲。為了提**型的通量，目前多采用多重PCR的方法同時對多個位點進行捕獲（可同時對1-100位點進行分型）。由于二代測序通量是足夠滿足數(shù)百數(shù)千樣本的同時測序，因此需要對不同的樣本添加***的樣本標簽（...

序列的相似性和序列的同源性有一定的關(guān)系，一般來說序列間的相似性越高的話，它們是同源序列的可能性就越高，所以經(jīng)?？梢酝ㄟ^序列的相似性來推測序列是否同源。正因為存在這樣的關(guān)系，很多時候?qū)π蛄械南嗨菩院屯葱跃蜎]有做很明顯的區(qū)分，造成經(jīng)常等價混用兩個名詞。所以有出現(xiàn)...

單核苷酸多態(tài)性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。它是人類可遺傳的變異中，常見的一種。占所有已知多態(tài)性的90%以上。SNP在人類基因組中比較常見存在，平均每...

BLAST是一個機遇序列相似性的數(shù)據(jù)庫搜索程序。是“局部相似性基本查詢工具”（BasicLocalAlignmentSearchTool）的縮寫。Blast是一個序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多**的程序，這些程序是根據(jù)查詢對象和數(shù)據(jù)庫的不同來定義的。上...

SNP 全稱 Single Nucleotide Polymorphism，即單核苷酸多態(tài)性，是指在基因組上單個核苷酸的變異，包括 轉(zhuǎn)換，顛換，插入和缺失，形成的遺傳標記，其數(shù)量很多，多態(tài)性豐富，有些 SNP 位點直接影響基因功 能，從而導致生物性狀改變。SN...

片段長度多態(tài)性（限制性內(nèi)切酶）法——RFLP（RestrictionFragmentLengthPolymorphism）法的基本原理是通過PCR擴增目的片段DNA，擴增產(chǎn)物再用特異性內(nèi)切酶酶切成不同大小的片段，直接通過凝膠電泳分辨基因型。不同等位基因的限制性...

理論上講，SNP既可能是二等位多態(tài)性，也可能是3個或4個等位多態(tài)性，但實際上，后兩者非常少見，幾乎可以忽略。通常所說的SNP都是二等位多態(tài)性的。這種變異可能是轉(zhuǎn)換(C T，在其互補鏈上則為GA)，也可能是顛換(CA，GT，CG，AT)。轉(zhuǎn)換的發(fā)生率總是明顯高于...

上海翼和多倍體擴增子測序SNP分型，結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測序技術(shù)，對需要檢測的位點設計特異性引物，在單管內(nèi)進行多重PCR擴增，不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分，對擴增子進行高通量測序。測序結(jié)果使用生物信息學方法，區(qū)分不同的樣本。并且將多倍體的不同...

為了獲得更多糖原相關(guān)SNP位點，作者選擇了包括Cg_GD1基因在內(nèi)的5個基因，64個個體（32個高糖原個體和32個低糖原個體）進行重測序，，后得到732個高質(zhì)量SNP。其中32個位于Cg_GD2基因，256個位于Cg_GS基因，用于后續(xù)的關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果顯示有兩...

上海翼和生物根據(jù)具體實驗規(guī)模，提供兩種檢測平臺，分別為：適合中低通量檢測的PCR-LDR分型服務和適合高通量的基于二代Hi-SNP分型服務。PCR-LDR SNP分型服務：PCR-LDR技術(shù)是PCR技術(shù)和LDR(Ligase Detection Reactio...

高通量二代測序法SNP基因分型——你有我有，你沒有我也有：上海翼和應用生物技術(shù)有限公司通過自主研發(fā)的高重PCR技術(shù)，擴增引物經(jīng)修飾及優(yōu)化，克服了傳統(tǒng)多重PCR擴增效率不均一問題，95%以上擴增子的測序深度在平均測序深度的0.2X范圍，保證測序通量的有效利用?；?..

片段長度多態(tài)性（限制性內(nèi)切酶）法——RFLP（RestrictionFragmentLengthPolymorphism）法的基本原理是通過PCR擴增目的片段DNA，擴增產(chǎn)物再用特異性內(nèi)切酶酶切成不同大小的片段，直接通過凝膠電泳分辨基因型。不同等位基因的限制性...

為了獲得更多糖原相關(guān)SNP位點，作者選擇了包括Cg_GD1基因在內(nèi)的5個基因，64個個體（32個高糖原個體和32個低糖原個體）進行重測序，，后得到732個高質(zhì)量SNP。其中32個位于Cg_GD2基因，256個位于Cg_GS基因，用于后續(xù)的關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果顯示有兩...

主要是指同源蛋白質(zhì)的氨基酸序列或者堿基序列相似的程度。主要包括氨基酸序列和堿基序列。把幾個相似的或相關(guān)的氨基酸或堿基的序列放到NCBI或者clustalw軟件中進行對比，比對出其相似的程度。相似度越高，說明序列的同源性越高。上海翼和應用生物技術(shù)有限公司是上海市...

兩條高度相似的序列可能不存在同源性；同樣的，同源序列的相似性也可能很低。例如兩條同源序列的相似性比對結(jié)果不明顯，但如果它們在結(jié)構(gòu)上相似性上明顯，或者它們都與第三條序列的相似性明顯，那么它們顯然是同源序列。因此，當相似性搜索發(fā)現(xiàn)統(tǒng)計學上顯著的匹配時，我們可以放心...

序列相似性比較：將待研究序列與DNA或蛋白質(zhì)序列庫進行比較，用于確定該序列的生物屬性，也就是找出與該序列相似的一致序列是什么。完成這一工作只需要使用兩兩序列比較算法。常用的程序包郵BLAST；FASTA等。上海翼和應用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學會理事單位，...

1. SNP數(shù)量多，分布比較常見。據(jù)估計，人類基因組中每1000個核苷酸就有一個SNP，人類30億堿基***有300萬以上的SNPs.SNP 遍布于整個人類基因組中，根據(jù)SNP在基因中的位置，可分為基因編碼區(qū)SNPs（Coding-region SNPs，cS...

網(wǎng)絡版本的NCBI在內(nèi)的很多網(wǎng)站都提供了在線的blast服務，是**經(jīng)常用到的blast服務。網(wǎng)絡版本的NCBI優(yōu)點：方便，容易操作，數(shù)據(jù)庫同步更新等優(yōu)點。網(wǎng)絡版本的NCBI缺點：不利于操作大批量的數(shù)據(jù)，同時也不能定義搜索的數(shù)據(jù)庫。單機版本的NCBI 通過...

理論上講，SNP既可能是二等位多態(tài)性，也可能是3個或4個等位多態(tài)性，但實際上，后兩者非常少見，幾乎可以忽略。通常所說的SNP都是二等位多態(tài)性的。這種變異可能是轉(zhuǎn)換(C T，在其互補鏈上則為GA)，也可能是顛換(CA，GT，CG，AT)。轉(zhuǎn)換的發(fā)生率總是明顯高于...

BLAST是一個機遇序列相似性的數(shù)據(jù)庫搜索程序。是“局部相似性基本查詢工具”（BasicLocalAlignmentSearchTool）的縮寫。Blast是一個序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多**的程序，這些程序是根據(jù)查詢對象和數(shù)據(jù)庫的不同來定義的。上...

1. SNP數(shù)量多，分布比較常見。據(jù)估計，人類基因組中每1000個核苷酸就有一個SNP，人類30億堿基***有300萬以上的SNPs.SNP 遍布于整個人類基因組中，根據(jù)SNP在基因中的位置，可分為基因編碼區(qū)SNPs（Coding-region SNPs，cS...

Hi-SNP結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測序技術(shù)，對需要檢測的位點設計特異性引物，在單管內(nèi)進行多重PCR擴增，不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分?；旌蠘颖竞?，在Ion Proton/Ion Torrent平臺上，對擴增子進行高通量測序。測序結(jié)果使用生物...

上海翼和多倍體擴增子測序SNP分型，結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測序技術(shù)，對需要檢測的位點設計特異性引物，在單管內(nèi)進行多重PCR擴增，不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分，對擴增子進行高通量測序。測序結(jié)果使用生物信息學方法，區(qū)分不同的樣本。并且將多倍體的不同...

多序列比對的意義：用于描述一組序列之間的相似性關(guān)系，以便了解一個基因家族的基本特征，尋找motif，保守區(qū)域等。用于描述一個同源基因之間的親緣關(guān)系的遠景，應用到分子進化分析中。多序列比對的方法：同源性分析中常常要通過多序列比對來找出序列之間的相互關(guān)系，和bla...