針對用于篩選重要作用靶標(biāo)(群)、關(guān)鍵藥效成分(群)等要素分析指標(biāo)進(jìn)行合理性評價(jià),包括軟件/算法參數(shù)、網(wǎng)絡(luò)分析參數(shù)等。其中,網(wǎng)絡(luò)分析參數(shù)包括節(jié)點(diǎn)與邊的特征(如節(jié)點(diǎn)度、節(jié)點(diǎn)中心性、邊權(quán)重等)、網(wǎng)絡(luò)的凝聚性(如密度、聚類系數(shù)、子圖、連通性等)、網(wǎng)絡(luò)的可分割性(如層次聚類、譜分割等)、網(wǎng)絡(luò)模塊性、網(wǎng)絡(luò)基序等。針對研究的具體疾病,應(yīng)該綜合考慮以上指標(biāo),建立合理的病證生物分子網(wǎng)絡(luò),確定適宜的網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)。如使用全新計(jì)算方法確定藥效成分群與網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo),還應(yīng)該考察所選藥效成分及網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)對整體網(wǎng)絡(luò)穩(wěn)態(tài)的重要性。中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)中,有些藥物的結(jié)構(gòu)和功能具有類似性,可以構(gòu)建出藥物-藥物,藥物-靶標(biāo)等網(wǎng)絡(luò)。河南中醫(yī)藥網(wǎng)絡(luò)藥理...
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究主要由網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、網(wǎng)絡(luò)分析和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證三方面構(gòu)成,即先利用公共數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn),結(jié)合高通量組學(xué)技術(shù)和生物信息學(xué)技術(shù),篩選出已知藥物成分的靶點(diǎn)信息和特定疾病的靶點(diǎn)信息;然后采用網(wǎng)絡(luò)可視化工具構(gòu)建“基因-藥物-靶點(diǎn)-疾病”多維生物網(wǎng)絡(luò)模型,通過對網(wǎng)絡(luò)中特定信號節(jié)點(diǎn)在細(xì)胞、分子以及生物整體水平上的多層次分析,找出關(guān)鍵節(jié)點(diǎn),并從整體生物網(wǎng)絡(luò)平衡角度發(fā)現(xiàn)目標(biāo)藥物對“致病網(wǎng)絡(luò)”的干擾作用機(jī)制,進(jìn)而預(yù)測已知藥物防治疾病的藥效活性成分、作用靶點(diǎn)及可能參與調(diào)控的細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路、潛在藥理學(xué)機(jī)制和方劑配伍規(guī)律;結(jié)尾進(jìn)行動物或細(xì)胞水平等的驗(yàn)證,揭示藥物防治疾病的現(xiàn)代藥理學(xué)機(jī)制,并探究藥物所能干預(yù)的新的適應(yīng)癥。...
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)還受到許多毒理學(xué)研究者的高度重視。基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)等的研究提出了網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)研究的理念,即根據(jù)構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)模型來研究藥物的毒理學(xué)性質(zhì)。通過對網(wǎng)絡(luò)模型的關(guān)聯(lián)分析及揭示藥物的不良反應(yīng)及機(jī)制。從相關(guān)數(shù)據(jù)庫中提取出基因、蛋白、不良反應(yīng)等要素,將這些要素作為節(jié)點(diǎn),運(yùn)用計(jì)算機(jī)技術(shù)構(gòu)建不良反應(yīng)-藥物-基因、靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)模型,推測和判斷藥物的不良反應(yīng)及產(chǎn)生不良反應(yīng)的物質(zhì)。該研究思路不只為毒理學(xué)研究帶來了全新視角,也為藥物的安全性評價(jià)提供了新的依據(jù)。范驍輝等討論了建立網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)及中藥網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)研究思路,談到復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析技術(shù)的快速發(fā)展為網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)的誕生奠定了基礎(chǔ)。建立中藥網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué),有望為開展有毒...
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)的獲取和驗(yàn)證:1、網(wǎng)絡(luò)可視化技術(shù):該技術(shù)是指運(yùn)用可視化工具,將聯(lián)系表反應(yīng)成一張相互聯(lián)系的可視網(wǎng)絡(luò)的過程。一般有兩個(gè)步驟:一是豐富網(wǎng)絡(luò)屬性,通過增添網(wǎng)絡(luò)本身、節(jié)點(diǎn)及連接的屬性,使節(jié)點(diǎn)聯(lián)系表擴(kuò)展為包含豐富信息的網(wǎng)絡(luò),二是網(wǎng)絡(luò)描述,通過豐富的特征描述手段,使網(wǎng)絡(luò)表現(xiàn)更加直觀。目前,大部分網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究中的可視化可以通過Cytoscape、GUESS、Pajek等專業(yè)軟件工具來實(shí)現(xiàn)。2、網(wǎng)絡(luò)分析技術(shù):該技術(shù)可以對網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行分析,從中提取出有用信息。主要有網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)信息計(jì)算,可以得到網(wǎng)絡(luò)本身的統(tǒng)計(jì)屬性,反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)中的隱藏信息;隨機(jī)網(wǎng)絡(luò)生成和比較,用來對現(xiàn)有網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可靠性驗(yàn)證;網(wǎng)絡(luò)分層和聚類,簡...
中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)已成為近年來研究的熱點(diǎn)和國家自然基金重點(diǎn)支持的領(lǐng)域,一系列的數(shù)據(jù)庫及計(jì)算方法被開發(fā)出來。但是,對于臨床醫(yī)生、科研人員和碩博士研究生,尤其是沒有生物信息學(xué)分析基礎(chǔ)、不會編寫計(jì)算機(jī)程序的初學(xué)者而言,如何合理地應(yīng)用這些已有的數(shù)據(jù)庫和計(jì)算方法,分析自己所研究的中方子劑,解釋實(shí)驗(yàn)結(jié)果,仍然是一大難題。本次培訓(xùn)班將邀請長期從事中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究人員,結(jié)合個(gè)人實(shí)踐經(jīng)驗(yàn),帶領(lǐng)廣大學(xué)員,從科研設(shè)計(jì)、項(xiàng)目具體實(shí)施以及文章發(fā)表等多個(gè)方面,通過實(shí)際案例,介紹中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究思路及具體方法。介數(shù)是網(wǎng)絡(luò)中所有較短路徑中經(jīng)過該節(jié)點(diǎn)的路徑的數(shù)目占較短路徑總數(shù)的比例。湖北網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)價(jià)格傳統(tǒng)中藥歷史悠久,在醫(yī)...
中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)要解決的一個(gè)中心問題是,如何在疾病相關(guān)網(wǎng)絡(luò)的背景下,評價(jià)中藥的多成分、多靶點(diǎn)的協(xié)同作用。根據(jù)中方子劑成分復(fù)雜、靶點(diǎn)不清、以周全調(diào)節(jié)的方式干預(yù)復(fù)雜疾病的特點(diǎn),研究者們提出了一些中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究路線,如圖1就是一個(gè)典型的中藥復(fù)方研究的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)路線圖。這個(gè)路線圖包括數(shù)據(jù)獲取和網(wǎng)絡(luò)分析兩大部分。需要獲取的數(shù)據(jù)包括中方子劑的有效活性成分、活性化合物的靶點(diǎn)和疾病相關(guān)基因等。基于這些數(shù)據(jù),構(gòu)建和分析疾病相關(guān)網(wǎng)絡(luò)、藥物影響網(wǎng)絡(luò),識別疾病和藥物影響的信號通路和生物學(xué)過程,能幫助我們闡明中方子劑的作用機(jī)制。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)的獲取和驗(yàn)證:雙高通量基因表達(dá)檢測技術(shù)。貴州職業(yè)醫(yī)藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析服務(wù)價(jià)格...
“中醫(yī)藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)”理論中藥系統(tǒng)藥理學(xué)是近年來發(fā)展起來的新興學(xué)科,以中醫(yī)藥基本理論為指導(dǎo)來研究疾病的發(fā)生機(jī)制,從而為醫(yī)療復(fù)雜疾病提供新的方法和思路,其注重整體觀念。系統(tǒng)藥理學(xué)是從細(xì)胞、分子、網(wǎng)絡(luò)到組織、部位等多種水平來研究藥物與人體之間相互作用及其規(guī)律和本質(zhì)的一門學(xué)科,其采取實(shí)驗(yàn)和理論計(jì)算相結(jié)合的方法,可以快速篩選有效的藥物分子,確定其在人體分子層面的生物靶標(biāo),預(yù)測藥物可能存在的不良反應(yīng)及其機(jī)制,并研究疾病的發(fā)生機(jī)制,從而達(dá)到通過調(diào)控細(xì)胞內(nèi)的復(fù)雜生物網(wǎng)絡(luò)來提高藥效、降低不良反應(yīng)和醫(yī)療疾病的目的。其在中藥多成分、多靶點(diǎn)、多通路、多功能以及中藥配伍等方面進(jìn)行研究,體現(xiàn)了中藥中單個(gè)成分對應(yīng)多靶點(diǎn)、多...
當(dāng)今世界,人們生活水平相對以前有了明顯提高,經(jīng)濟(jì)發(fā)展迅速,然而健康問題一直是人們所關(guān)注的話題,疾病越來越復(fù)雜,新型疾病的發(fā)現(xiàn)給人類健康造成巨大威脅,因此提高醫(yī)療水平對保障人們的健康,增加幸福指數(shù)有極大意義,而醫(yī)療水平的提高離不開品質(zhì)高的效果藥物,離不開新藥的研發(fā)。藥物不只承擔(dān)著防治疾病,養(yǎng)生續(xù)命的作用,同時(shí)也是社會經(jīng)濟(jì)建設(shè)中不可或缺的部分。傳統(tǒng)藥物的發(fā)現(xiàn)主要集中于單一靶點(diǎn)的高特異性阻止劑,藥物基本都是單體化合物,作用于某個(gè)特定的靶點(diǎn)。然而通過大規(guī)模功能基因組研究證明,只有不到10%的基因敲除具有醫(yī)療價(jià)值,而且單一靶點(diǎn)的高特異性的藥物對復(fù)雜疾病的醫(yī)療通常難以獲得明顯療效,傳統(tǒng)新藥研發(fā)的“單基因-...
中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)已成為近年來研究的熱點(diǎn)和國家自然基金重點(diǎn)支持的領(lǐng)域,一系列的數(shù)據(jù)庫及計(jì)算方法被開發(fā)出來。但是,對于臨床醫(yī)生、科研人員和碩博士研究生,尤其是沒有生物信息學(xué)分析基礎(chǔ)、不會編寫計(jì)算機(jī)程序的初學(xué)者而言,如何合理地應(yīng)用這些已有的數(shù)據(jù)庫和計(jì)算方法,分析自己所研究的中方子劑,解釋實(shí)驗(yàn)結(jié)果,仍然是一大難題。本次培訓(xùn)班將邀請長期從事中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究人員,結(jié)合個(gè)人實(shí)踐經(jīng)驗(yàn),帶領(lǐng)廣大學(xué)員,從科研設(shè)計(jì)、項(xiàng)目具體實(shí)施以及文章發(fā)表等多個(gè)方面,通過實(shí)際案例,介紹中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究思路及具體方法。在生物網(wǎng)絡(luò)中,大多數(shù)節(jié)點(diǎn)度較小,而一小部分節(jié)點(diǎn)度比較大,度值大的節(jié)點(diǎn)被認(rèn)為是中心節(jié)點(diǎn)。廣西護(hù)理網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析服...
雖然網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)可有效地彌補(bǔ)既往中藥研究中單靶點(diǎn)、低選擇性的缺陷,應(yīng)用于中藥多方面,但在實(shí)際運(yùn)用中仍面臨著一些挑戰(zhàn):(1)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是以數(shù)據(jù)庫與分析軟件為基礎(chǔ),但由于目前的技術(shù)水平,數(shù)據(jù)庫還不太完善,所提供的數(shù)據(jù)及分析結(jié)果可靠性有待進(jìn)一步驗(yàn)證,篩選成分的標(biāo)準(zhǔn)還有待優(yōu)化,如目前大多研究是以口服生物利用度值(OB)≥30%,類藥的性(DL)≥0.18作為篩選成分的標(biāo)準(zhǔn),但缺乏一定的依據(jù);(2)采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)針對疾病篩選出的活性成分并非是中藥材現(xiàn)行標(biāo)準(zhǔn)中的主要質(zhì)控成分或藥材中含量較高的成分。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)的獲取和驗(yàn)證:網(wǎng)絡(luò)分析技術(shù)。湖北中醫(yī)藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)價(jià)格網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究主要由網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、網(wǎng)絡(luò)分析和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)...
中藥藥效物質(zhì)基礎(chǔ)是指中藥發(fā)揮藥效的活性成分體系。中藥及其復(fù)方的成分多而雜,比較難將其活性成分歸結(jié)為某一種特定物質(zhì),也并非只作用于某一特定靶點(diǎn)。藥效是多成分、多靶點(diǎn)、多生物調(diào)節(jié)功能協(xié)同作用的結(jié)果。目前中藥藥效物質(zhì)基礎(chǔ)的研究方法通常是對某一類化合物或者單體的研究,但對于基于協(xié)同作用而發(fā)揮藥效的藥物比較難研究清楚。運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué),根據(jù)藥物之間的結(jié)構(gòu)、功效來構(gòu)建藥物-藥物網(wǎng)絡(luò),可有效地預(yù)測中藥的有效成分。朱偉等用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探討清熱中藥在醫(yī)療中的作用,從中國天然產(chǎn)物數(shù)據(jù)庫和北京大學(xué)中草藥三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中收集了1323個(gè)清熱中藥小分子化合物,用DiscoveryStudio軟件進(jìn)行聚類分析,再將其結(jié)果...
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究思路:網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是通過各數(shù)據(jù)庫及軟件進(jìn)行高通量分支和整體篩選,先進(jìn)行藥物靜態(tài)化合物小分子篩選,篩選對應(yīng)相關(guān)靶標(biāo)蛋白大分子,然后進(jìn)行蛋白基因篩選,再分支從疾病靶標(biāo)蛋白基因篩選,再進(jìn)行整合篩選交集基因,將藥物與疾病之間進(jìn)行基因?qū)用娴穆?lián)系,結(jié)尾進(jìn)行蛋白質(zhì)相互作用及信號通路,即作用機(jī)制研究,從“藥物-疾病”兩個(gè)分支開始,以二者相互作用終止。概括為“以網(wǎng)絡(luò)為中心,展開網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、網(wǎng)絡(luò)可視化、網(wǎng)絡(luò)分析技術(shù)”整體分析中醫(yī)藥。數(shù)據(jù)篩選,對擬分析數(shù)據(jù)進(jìn)行選擇的相關(guān)過程進(jìn)行評價(jià),如篩選原則、篩選條件等。江蘇護(hù)理網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析費(fèi)用事實(shí)上,人體內(nèi)存在復(fù)雜的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)以及代謝網(wǎng)絡(luò)等。...
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是近年來新興的研究方法。它可分析生物系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò),并通過生物網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)的連接和節(jié)點(diǎn)之間的相互作用關(guān)系來分析網(wǎng)絡(luò)的特征,進(jìn)而闡釋藥物的作用機(jī)制。它強(qiáng)調(diào)藥物、靶點(diǎn)和疾病之間相互作用的完整性和系統(tǒng)性。作為一種方法和技術(shù),網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)為藥物的發(fā)現(xiàn)、研究和綜合評估提供了一種新方法。它具有中醫(yī)辨證的特點(diǎn)和中藥醫(yī)療的整體觀。研究表明,厚樸“發(fā)汗”之后,成分的含量會產(chǎn)生差異。且其鎮(zhèn)痛作用會降低,毒性和抗?jié)兊淖饔脮黾?。然而厚樸“發(fā)汗”之后產(chǎn)生療效差異的分子機(jī)制尚未明確。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于網(wǎng)絡(luò)分析的方法得到結(jié)果,為驗(yàn)證其方法的可靠性,可進(jìn)一步進(jìn)行實(shí)驗(yàn)確證。山西中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)費(fèi)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的中心理論:“網(wǎng)絡(luò)靶...
網(wǎng)絡(luò)分析通常包括:網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)信息計(jì)算、隨機(jī)網(wǎng)絡(luò)生成和比較以及網(wǎng)絡(luò)分層和聚類。常用的網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)分析內(nèi)容包括度、介數(shù)、較短路徑、瓶頸、中心節(jié)點(diǎn)、模塊、楔點(diǎn)等。在生物網(wǎng)絡(luò)中,大多數(shù)節(jié)點(diǎn)度較小,而一小部分節(jié)點(diǎn)度比較大,度值大的節(jié)點(diǎn)被認(rèn)為是中心節(jié)點(diǎn)。介數(shù)是網(wǎng)絡(luò)中所有較短路徑中經(jīng)過該節(jié)點(diǎn)的路徑的數(shù)目占較短路徑總數(shù)的比例。一個(gè)節(jié)點(diǎn)的介數(shù)值越大,流經(jīng)它的數(shù)據(jù)分組越多,意味著它更容易擁塞,成為網(wǎng)絡(luò)的瓶頸,是網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)。網(wǎng)絡(luò)分析中關(guān)注較多的是度和介數(shù),高的度值和介數(shù)值節(jié)點(diǎn)是新藥發(fā)現(xiàn)和靶點(diǎn)預(yù)測的重點(diǎn)。驗(yàn)證模型,評價(jià)結(jié)果驗(yàn)證所采用的模型,如計(jì)算機(jī)模型、實(shí)驗(yàn)?zāi)P汀⑴R床研究隊(duì)列等。廣西網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)服務(wù)費(fèi)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基...
常用的通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)預(yù)測藥物醫(yī)療疾病的作用機(jī)制,其技術(shù)路線一般是先通過中藥成分?jǐn)?shù)據(jù)庫得到活性化合物,再通過化合物靶標(biāo)關(guān)系數(shù)據(jù)庫得到靶標(biāo)信息,通過基因信息數(shù)據(jù)庫將靶標(biāo)進(jìn)行基因注釋,將藥物靶標(biāo)蛋白與疾病數(shù)據(jù)庫中的靶標(biāo)蛋白求交集得到潛在作用靶標(biāo),再對潛在作用靶標(biāo)進(jìn)行功能分析,將潛在作用靶標(biāo)與藥物分子、疾病、通路等的關(guān)系整合,構(gòu)建一個(gè)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)。在此網(wǎng)絡(luò)中,用連接有效的算法對該網(wǎng)絡(luò)中的蛋白與藥物分子、通路的連接鄰近度打分,進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋮?shù)分析。然后再通過這些參數(shù)篩選出重要節(jié)點(diǎn),從而進(jìn)行藥物作用機(jī)制的挖掘。實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證:采用適當(dāng)技術(shù),對預(yù)測的中藥物質(zhì)基礎(chǔ)和作用機(jī)制進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。重慶中醫(yī)藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是...
中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)(其實(shí)不是中藥也適用)的分析思路一般有兩類:其一,基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的某中方子劑醫(yī)療某疾病/改善某表型的分子機(jī)制研究。這類研究,側(cè)重于整體研究,不需要做實(shí)驗(yàn),基于公共數(shù)據(jù)庫、文本挖掘、軟件分析、高通量測序的分析,可以單獨(dú)成一篇1-3分的SCI文章。其二,某中方子劑通過某某基因調(diào)節(jié)某某通路醫(yī)療某某疾病/表型的研究。這類研究,側(cè)重于細(xì)節(jié)研究,把網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)當(dāng)做篩選靶基因、通路的手段,再用常規(guī)的分子生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)的技術(shù)加以驗(yàn)證。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于網(wǎng)絡(luò)分析的方法得到結(jié)果,為驗(yàn)證其方法的可靠性,可進(jìn)一步進(jìn)行實(shí)驗(yàn)確證。云南醫(yī)學(xué)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析費(fèi)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究離不開生物網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建。生物網(wǎng)絡(luò)是采用...
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)的獲取和驗(yàn)證:1、網(wǎng)絡(luò)可視化技術(shù):該技術(shù)是指運(yùn)用可視化工具,將聯(lián)系表反應(yīng)成一張相互聯(lián)系的可視網(wǎng)絡(luò)的過程。一般有兩個(gè)步驟:一是豐富網(wǎng)絡(luò)屬性,通過增添網(wǎng)絡(luò)本身、節(jié)點(diǎn)及連接的屬性,使節(jié)點(diǎn)聯(lián)系表擴(kuò)展為包含豐富信息的網(wǎng)絡(luò),二是網(wǎng)絡(luò)描述,通過豐富的特征描述手段,使網(wǎng)絡(luò)表現(xiàn)更加直觀。目前,大部分網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究中的可視化可以通過Cytoscape、GUESS、Pajek等專業(yè)軟件工具來實(shí)現(xiàn)。2、網(wǎng)絡(luò)分析技術(shù):該技術(shù)可以對網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行分析,從中提取出有用信息。主要有網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)信息計(jì)算,可以得到網(wǎng)絡(luò)本身的統(tǒng)計(jì)屬性,反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)中的隱藏信息;隨機(jī)網(wǎng)絡(luò)生成和比較,用來對現(xiàn)有網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可靠性驗(yàn)證;網(wǎng)絡(luò)分層和聚類,簡...
在網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究中,針對不同的分析對象(疾病、藥物)和分析目的(數(shù)據(jù)庫開發(fā)、算法開發(fā)、機(jī)制研究、診療發(fā)現(xiàn)、藥物研發(fā)等),必需開展的評價(jià)內(nèi)容,以保證分析結(jié)果的真實(shí)可信。在基礎(chǔ)性評價(jià)之上,針對不同的分析對象和分析目,可選擇開展的評價(jià)內(nèi)容,使評價(jià)活動更加深入和客觀,以提升網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析結(jié)果的可信度。主要評價(jià)藥物的物質(zhì)基礎(chǔ)、生物靶標(biāo)等基礎(chǔ)數(shù)據(jù)來源及收集方法的可靠性。評價(jià)內(nèi)容如下:1、數(shù)據(jù)來源:評價(jià)使用數(shù)據(jù)的出處,如文獻(xiàn)、數(shù)據(jù)庫、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)等;2、數(shù)據(jù)信息:評價(jià)使用數(shù)據(jù)的整體情況,如數(shù)據(jù)總量、收集時(shí)間、相關(guān)數(shù)據(jù)庫版本等;3、關(guān)聯(lián)信息:評價(jià)不同數(shù)據(jù)間進(jìn)行關(guān)聯(lián)的相關(guān)內(nèi)容,如關(guān)聯(lián)信息的數(shù)量、種類等。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是...
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于系統(tǒng)生物學(xué)理論和生物系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò)分析來設(shè)計(jì)藥物的一門新興學(xué)科。它綜合探索藥物對疾病網(wǎng)絡(luò)的干預(yù)和影響,揭示多分子藥物協(xié)同醫(yī)療疾病的奧秘。這些概念反映了多組分、多靶點(diǎn)和系統(tǒng)調(diào)控的思想,與中醫(yī)辨證論治的研究思路有許多相似之處,強(qiáng)調(diào)對病因病機(jī)的周全認(rèn)識。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)可以用來預(yù)測和鑒別中藥的靶標(biāo)和有效成分,闡明其作用機(jī)制,系統(tǒng)地解釋方子的用藥規(guī)律,探索真實(shí)世界方子的規(guī)律,發(fā)現(xiàn)新的適應(yīng)癥和新的活性化合物,研究藥物重新定位等。中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)已發(fā)展成為一個(gè)新的交叉學(xué)科。重慶醫(yī)學(xué)專業(yè)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)費(fèi)用常用的通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)預(yù)測藥物醫(yī)療疾病的作用機(jī)制,其技術(shù)路線一般是先通過中藥成分?jǐn)?shù)據(jù)庫得到活性化合物,再通過...
傳統(tǒng)中藥歷史悠久,在醫(yī)療復(fù)雜慢性疾病方面具有獨(dú)到的療效和較小的毒副作用。但中藥存在成分復(fù)雜、機(jī)制不清的問題,阻礙了中藥的現(xiàn)代化和國際化。中藥的物質(zhì)基礎(chǔ)和作用機(jī)理,尚需應(yīng)用現(xiàn)代醫(yī)學(xué)和生物科學(xué)技術(shù),進(jìn)行深入的研究。近年來,將系統(tǒng)生物學(xué)的思想和方法應(yīng)用于中藥研究中,正成為一種新的趨勢。中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)已發(fā)展成為一個(gè)新的交叉學(xué)科,它將網(wǎng)絡(luò)科學(xué)、生物信息學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)和數(shù)學(xué)等學(xué)科的方法結(jié)合到中藥藥理的研究中,從分子水平和分子網(wǎng)絡(luò)調(diào)控的背景中闡明中藥的作用機(jī)理。通過中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法,可望使中藥的理論研究和臨床應(yīng)用更加科學(xué)嚴(yán)謹(jǐn),逐漸得到世界的認(rèn)可。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)的獲取和驗(yàn)證:網(wǎng)絡(luò)可視化技術(shù)。安徽職業(yè)醫(yī)藥網(wǎng)...
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是近年來新興的研究方法。它可分析生物系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò),并通過生物網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)的連接和節(jié)點(diǎn)之間的相互作用關(guān)系來分析網(wǎng)絡(luò)的特征,進(jìn)而闡釋藥物的作用機(jī)制。它強(qiáng)調(diào)藥物、靶點(diǎn)和疾病之間相互作用的完整性和系統(tǒng)性。作為一種方法和技術(shù),網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)為藥物的發(fā)現(xiàn)、研究和綜合評估提供了一種新方法。它具有中醫(yī)辨證的特點(diǎn)和中藥醫(yī)療的整體觀。研究表明,厚樸“發(fā)汗”之后,成分的含量會產(chǎn)生差異。且其鎮(zhèn)痛作用會降低,毒性和抗?jié)兊淖饔脮黾印H欢駱恪鞍l(fā)汗”之后產(chǎn)生療效差異的分子機(jī)制尚未明確。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究離不開生物網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建。浙江中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析服務(wù)網(wǎng)絡(luò)分析通常包括:網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)信息計(jì)算、隨機(jī)網(wǎng)絡(luò)生成和比較以及網(wǎng)絡(luò)分層和聚...
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)還受到許多毒理學(xué)研究者的高度重視?;诰W(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)等的研究提出了網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)研究的理念,即根據(jù)構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)模型來研究藥物的毒理學(xué)性質(zhì)。通過對網(wǎng)絡(luò)模型的關(guān)聯(lián)分析及揭示藥物的不良反應(yīng)及機(jī)制。從相關(guān)數(shù)據(jù)庫中提取出基因、蛋白、不良反應(yīng)等要素,將這些要素作為節(jié)點(diǎn),運(yùn)用計(jì)算機(jī)技術(shù)構(gòu)建不良反應(yīng)-藥物-基因、靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)模型,推測和判斷藥物的不良反應(yīng)及產(chǎn)生不良反應(yīng)的物質(zhì)。該研究思路不只為毒理學(xué)研究帶來了全新視角,也為藥物的安全性評價(jià)提供了新的依據(jù)。范驍輝等討論了建立網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)及中藥網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)研究思路,談到復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析技術(shù)的快速發(fā)展為網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)的誕生奠定了基礎(chǔ)。建立中藥網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué),有望為開展有毒...
“中醫(yī)藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)”理論中藥系統(tǒng)藥理學(xué)是近年來發(fā)展起來的新興學(xué)科,以中醫(yī)藥基本理論為指導(dǎo)來研究疾病的發(fā)生機(jī)制,從而為醫(yī)療復(fù)雜疾病提供新的方法和思路,其注重整體觀念。系統(tǒng)藥理學(xué)是從細(xì)胞、分子、網(wǎng)絡(luò)到組織、部位等多種水平來研究藥物與人體之間相互作用及其規(guī)律和本質(zhì)的一門學(xué)科,其采取實(shí)驗(yàn)和理論計(jì)算相結(jié)合的方法,可以快速篩選有效的藥物分子,確定其在人體分子層面的生物靶標(biāo),預(yù)測藥物可能存在的不良反應(yīng)及其機(jī)制,并研究疾病的發(fā)生機(jī)制,從而達(dá)到通過調(diào)控細(xì)胞內(nèi)的復(fù)雜生物網(wǎng)絡(luò)來提高藥效、降低不良反應(yīng)和醫(yī)療疾病的目的。其在中藥多成分、多靶點(diǎn)、多通路、多功能以及中藥配伍等方面進(jìn)行研究,體現(xiàn)了中藥中單個(gè)成分對應(yīng)多靶點(diǎn)、多...
許多疾病的致病和耐藥機(jī)制在人體生物網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)中具有涌現(xiàn)性、復(fù)雜性和魯棒性(指生物系統(tǒng)在內(nèi)、外部因素?cái)_動下能保持結(jié)構(gòu)和功能穩(wěn)定)。傳統(tǒng)的高選擇性單靶點(diǎn)藥物比較難治好一些復(fù)雜疾病,臨床效果低于預(yù)期效果。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)通過構(gòu)建藥物分子-靶點(diǎn)生物網(wǎng)絡(luò)、分子-分子生物網(wǎng)絡(luò)、靶點(diǎn)-靶點(diǎn)生物網(wǎng)絡(luò)、疾?。膊∩锞W(wǎng)絡(luò)、藥物分子-靶點(diǎn)-疾病生物網(wǎng)絡(luò)等,分析藥物、靶點(diǎn)、疾病三者在網(wǎng)絡(luò)中的聯(lián)系,研究藥物的作用機(jī)制,以破壞疾病生物網(wǎng)絡(luò),平衡人體自身代謝網(wǎng)絡(luò)為目標(biāo)來指導(dǎo)設(shè)計(jì)高效低毒的新藥。基因富集分析:對共同靶標(biāo)進(jìn)行基因富集分析,預(yù)測中藥醫(yī)療疾病的關(guān)鍵通路。湖北職業(yè)醫(yī)藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)服務(wù)中藥具有多成分、多靶點(diǎn)、調(diào)節(jié)方式多樣的特點(diǎn)...
在中藥研究領(lǐng)域,網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)會逐漸扮演重要的角色,中醫(yī)藥將不再是“偽科學(xué)”,中醫(yī)藥的研究可以充分運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究方法,證實(shí)中藥及其復(fù)方中的多種活性成分是通過多途徑、多環(huán)節(jié)、多靶點(diǎn)來醫(yī)療復(fù)雜疾病的,將傳統(tǒng)中醫(yī)藥的優(yōu)勢和較新的科學(xué)技術(shù)相結(jié)合,明確中藥及其復(fù)方在體內(nèi)作用的物質(zhì)基礎(chǔ)及作用機(jī)制,使中醫(yī)藥擺脫藥理作用機(jī)制不明,藥效成分不明的窘境,將中醫(yī)藥現(xiàn)代化并推向世界。中藥藥效評價(jià)是借鑒西藥評價(jià)體系,如單因素觀察評價(jià)模式,這種模式對對復(fù)方中藥的藥效評價(jià)并不周全。中藥講究辨證論治、用藥靈活,且中醫(yī)和西醫(yī)對疾病本質(zhì)的認(rèn)識也相差較大,因此,中藥的藥效也應(yīng)該從多角度、多層次去評價(jià)。成分收集及處理:通過檢索數(shù)據(jù)庫...
在網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究中,針對不同的分析對象(疾病、藥物)和分析目的(數(shù)據(jù)庫開發(fā)、算法開發(fā)、機(jī)制研究、診療發(fā)現(xiàn)、藥物研發(fā)等),必需開展的評價(jià)內(nèi)容,以保證分析結(jié)果的真實(shí)可信。在基礎(chǔ)性評價(jià)之上,針對不同的分析對象和分析目,可選擇開展的評價(jià)內(nèi)容,使評價(jià)活動更加深入和客觀,以提升網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析結(jié)果的可信度。主要評價(jià)藥物的物質(zhì)基礎(chǔ)、生物靶標(biāo)等基礎(chǔ)數(shù)據(jù)來源及收集方法的可靠性。評價(jià)內(nèi)容如下:1、數(shù)據(jù)來源:評價(jià)使用數(shù)據(jù)的出處,如文獻(xiàn)、數(shù)據(jù)庫、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)等;2、數(shù)據(jù)信息:評價(jià)使用數(shù)據(jù)的整體情況,如數(shù)據(jù)總量、收集時(shí)間、相關(guān)數(shù)據(jù)庫版本等;3、關(guān)聯(lián)信息:評價(jià)不同數(shù)據(jù)間進(jìn)行關(guān)聯(lián)的相關(guān)內(nèi)容,如關(guān)聯(lián)信息的數(shù)量、種類等。網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點(diǎn)包...
一些單一成分的化學(xué)藥物可能作用于蛋白受體、離子通道、跨膜信號傳導(dǎo)分子和酶等多個(gè)不同類型的靶點(diǎn)。靶點(diǎn)與靶點(diǎn)之間的聯(lián)系十分復(fù)雜,許多疾病的發(fā)病機(jī)理也非常復(fù)雜,導(dǎo)致藥物的作用機(jī)制變得更為復(fù)雜。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)能從分子、基因水平上去分析單一成分藥物作用于不同靶點(diǎn)、細(xì)胞和部位的行為,能系統(tǒng)地預(yù)測和揭示藥物的作用及機(jī)理,從而評價(jià)藥物作用的有效性和安全性。黃明峰等用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探討活血化瘀中藥醫(yī)療的作用機(jī)理,為研究中藥多成分、多靶點(diǎn)、多途徑作用模式開辟了新的途徑,為醫(yī)療作用機(jī)理的闡釋提供有力的理論基礎(chǔ)和新思路,為闡釋中藥的配伍作用、協(xié)同機(jī)理等提供技術(shù)支持。網(wǎng)絡(luò)分析通常包括:網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)信息計(jì)算、隨機(jī)網(wǎng)絡(luò)生成和比較...
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于系統(tǒng)生物學(xué)的理論,對生物系統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)分析,選取特定信號節(jié)點(diǎn)(Nodes)進(jìn)行多靶點(diǎn)藥物分子設(shè)計(jì)的新學(xué)科。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)強(qiáng)調(diào)對信號通路的多途徑調(diào)節(jié),提高藥物的醫(yī)療效果,降低毒副作用,從而提高新藥臨床試驗(yàn)的成功率,節(jié)省藥物的研發(fā)費(fèi)用。在以前的藥物研發(fā)模式中,主要遵循"一個(gè)藥物、一個(gè)基因、一種疾病"的模式,這是導(dǎo)致70%的新藥在臨床試驗(yàn)失敗的主要原因。實(shí)際上,臨床上的多種慢性病如腫細(xì)胞、、糖尿病等都是多基因、多因素作用的疾病,只根據(jù)單一作用靶點(diǎn)難以達(dá)到良好醫(yī)療的效果。以腫細(xì)胞的發(fā)生為例:形成一個(gè)立方厘米的實(shí)體細(xì)胞需要10年的時(shí)間,經(jīng)過6大步驟:克服凋亡、阻止衰老(無限增殖)、分泌自我增殖信...
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是近年來新興的研究方法。它可分析生物系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò),并通過生物網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)的連接和節(jié)點(diǎn)之間的相互作用關(guān)系來分析網(wǎng)絡(luò)的特征,進(jìn)而闡釋藥物的作用機(jī)制。它強(qiáng)調(diào)藥物、靶點(diǎn)和疾病之間相互作用的完整性和系統(tǒng)性。作為一種方法和技術(shù),網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)為藥物的發(fā)現(xiàn)、研究和綜合評估提供了一種新方法。它具有中醫(yī)辨證的特點(diǎn)和中藥醫(yī)療的整體觀。研究表明,厚樸“發(fā)汗”之后,成分的含量會產(chǎn)生差異。且其鎮(zhèn)痛作用會降低,毒性和抗?jié)兊淖饔脮黾?。然而厚樸“發(fā)汗”之后產(chǎn)生療效差異的分子機(jī)制尚未明確。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)已在越來越多地應(yīng)用到中藥作用機(jī)制的研究中。河北醫(yī)學(xué)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)服務(wù)費(fèi)用中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)已成為近年來研究的熱點(diǎn)和國家自然基金重點(diǎn)支持...
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)的獲取和驗(yàn)證:1、高通量高內(nèi)涵技術(shù):該技術(shù)是指在保持細(xì)胞、組織或整體動物結(jié)構(gòu)和功能完整性的條件下,一次性檢測成百上千個(gè)處理且同時(shí)檢測被篩樣品對活細(xì)胞、組織或整體動物的多個(gè)表型作用,具有均質(zhì)、多維表型檢測、實(shí)時(shí)動態(tài)監(jiān)測和可視化的特點(diǎn)。2、雙高通量基因表達(dá)檢測技術(shù):該技術(shù)具有檢測樣品高通量、檢測目標(biāo)基因高通量的雙高通量特點(diǎn),可以驗(yàn)證所需基礎(chǔ)數(shù)據(jù)和網(wǎng)絡(luò)模型。Fakhari等在2002年提出的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)芯片技術(shù),具有操作流程簡單、特異性強(qiáng)、靈敏度高、重復(fù)性好等特點(diǎn)。3、分子相互作用技術(shù):該技術(shù)是用來揭示藥物作用原理,驗(yàn)證網(wǎng)絡(luò)預(yù)測模型,揭示藥物分子與機(jī)體生物大分子之間的相互作...