網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是近年來新興的研究方法。它可分析生物系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò),并通過生物網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點的連接和節(jié)點之間的相互作用關(guān)系來分析網(wǎng)絡(luò)的特征,進而闡釋藥物的作用機制。它強調(diào)藥物、靶點和疾病之間相互作用的完整性和系統(tǒng)性。作為一種方法和技術(shù),網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)為藥物的發(fā)現(xiàn)、研究和綜合評估提供了一種新方法。它具有中醫(yī)辨證的特點和中藥醫(yī)療的整體觀。研究表明,厚樸“發(fā)汗”之后,成分的含量會產(chǎn)生差異。且其鎮(zhèn)痛作用會降低,毒性和抗?jié)兊淖饔脮黾印H欢駱恪鞍l(fā)汗”之后產(chǎn)生療效差異的分子機制尚未明確。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究離不開生物網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建。浙江中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析服務(wù)
網(wǎng)絡(luò)分析通常包括:網(wǎng)絡(luò)拓撲學(xué)信息計算、隨機網(wǎng)絡(luò)生成和比較以及網(wǎng)絡(luò)分層和聚類。常用的網(wǎng)絡(luò)拓撲學(xué)分析內(nèi)容包括度、介數(shù)、較短路徑、瓶頸、中心節(jié)點、模塊、楔點等。在生物網(wǎng)絡(luò)中,大多數(shù)節(jié)點度較小,而一小部分節(jié)點度比較大,度值大的節(jié)點被認為是中心節(jié)點。介數(shù)是網(wǎng)絡(luò)中所有較短路徑中經(jīng)過該節(jié)點的路徑的數(shù)目占較短路徑總數(shù)的比例。一個節(jié)點的介數(shù)值越大,流經(jīng)它的數(shù)據(jù)分組越多,意味著它更容易擁塞,成為網(wǎng)絡(luò)的瓶頸,是網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵節(jié)點。網(wǎng)絡(luò)分析中關(guān)注較多的是度和介數(shù),高的度值和介數(shù)值節(jié)點是新藥發(fā)現(xiàn)和靶點預(yù)測的重點。浙江中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析服務(wù)評價數(shù)據(jù)信息的提取與轉(zhuǎn)換、軟件/算法的開發(fā)、網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析以及實驗驗證等流程是否規(guī)范。
在網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)評價中,要求從可靠性、規(guī)范性和合理性三個方面進行評價。具體要求如下:1、可靠性評價:評估主要數(shù)據(jù)及其關(guān)聯(lián)信息的獲取、軟件算法與分析方法的設(shè)計以及驗證方法的選擇與模型構(gòu)建是否可靠、能否滿足分析要求。2、規(guī)范性評價:評價數(shù)據(jù)信息的提取與轉(zhuǎn)換、軟件/算法的開發(fā)、網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析以及實驗驗證等流程是否規(guī)范,相關(guān)技術(shù)方法的應(yīng)用是否準(zhǔn)確,用于保障分析結(jié)果的準(zhǔn)確性和可重現(xiàn)性。3、合理性評價:評估數(shù)據(jù)篩選與過濾、網(wǎng)絡(luò)分析指標(biāo)的選擇與閾值的確定、驗證模型及檢測指標(biāo)的選擇等內(nèi)容是否合理性,評價要素與評價指標(biāo)可參考附錄表。
一個中藥復(fù)方通常由許多天然產(chǎn)物組成,如草藥、動物藥和礦物藥,每一種都含有大量的化學(xué)分子。復(fù)方中的活性化合物與特定疾病相關(guān)的功能失調(diào)蛋白相互作用,從而醫(yī)療該疾病。因此,對中藥有效成分及其作用靶點的鑒定,對于深入了解中方子劑的作用機理具有重要意義。目前已經(jīng)建立了若干數(shù)據(jù)庫,提供有關(guān)中藥的各方面信息,包括疾病、方劑、草藥或天然產(chǎn)物、生物活性成分和靶點。這些數(shù)據(jù)庫成為中醫(yī)藥與現(xiàn)代的生物醫(yī)學(xué)之間的橋梁,在中藥藥理學(xué)研究中發(fā)揮了重要作用。中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)已成為近年來研究的熱點和國家自然基金重點支持的領(lǐng)域。
在網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究中,針對不同的分析對象(疾病、藥物)和分析目的(數(shù)據(jù)庫開發(fā)、算法開發(fā)、機制研究、診療發(fā)現(xiàn)、藥物研發(fā)等),必需開展的評價內(nèi)容,以保證分析結(jié)果的真實可信。在基礎(chǔ)性評價之上,針對不同的分析對象和分析目,可選擇開展的評價內(nèi)容,使評價活動更加深入和客觀,以提升網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析結(jié)果的可信度。主要評價藥物的物質(zhì)基礎(chǔ)、生物靶標(biāo)等基礎(chǔ)數(shù)據(jù)來源及收集方法的可靠性。評價內(nèi)容如下:1、數(shù)據(jù)來源:評價使用數(shù)據(jù)的出處,如文獻、數(shù)據(jù)庫、實驗數(shù)據(jù)等;2、數(shù)據(jù)信息:評價使用數(shù)據(jù)的整體情況,如數(shù)據(jù)總量、收集時間、相關(guān)數(shù)據(jù)庫版本等;3、關(guān)聯(lián)信息:評價不同數(shù)據(jù)間進行關(guān)聯(lián)的相關(guān)內(nèi)容,如關(guān)聯(lián)信息的數(shù)量、種類等。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)的獲取和驗證:高通量高內(nèi)涵技術(shù)。江西中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析服務(wù)
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于系統(tǒng)生物學(xué)的理論,對生物系統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)分析。浙江中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析服務(wù)
藥物靶點在人體生物網(wǎng)絡(luò)中以一定的規(guī)律分布,且不同種類藥物的靶點在網(wǎng)絡(luò)中分布的位置各不相同。研究發(fā)現(xiàn):藥物靶點與疾病關(guān)鍵因子在網(wǎng)絡(luò)中的距離與不良反應(yīng)有密切聯(lián)系,利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)能周全、深入、系統(tǒng)地研究藥物、疾病、靶點等關(guān)鍵因子的關(guān)聯(lián)和距離,進而減少藥物的不良反應(yīng),提高新藥研發(fā)的成功率。此外,通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)來構(gòu)建、分析藥物作用網(wǎng)絡(luò)模型可以發(fā)現(xiàn)更有效的靶點,為優(yōu)化藥物提供靶向信息。根據(jù)1401個美國FDA批準(zhǔn)上市藥物的分子結(jié)構(gòu)及其相應(yīng)的靶點數(shù)據(jù),采用隨機森林算法建立了靶點預(yù)測模型,預(yù)測附子中有效成分的作用靶點,發(fā)現(xiàn)附子中甲烏藥堿、去甲豬毛菜堿等22個化合物涉及腎上腺素類alpha-2腎上腺素能受體、5-羥色胺類5-羥色胺1A受體、M膽堿能類毒蕈堿型乙酰膽堿受體、多巴胺類多巴胺D(1A)受體、阿片類k阿片受體等5類共75個相關(guān)靶點。浙江中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析服務(wù)
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