DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyl-transferase, DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作為甲基供體,將胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?-甲基胞嘧啶(mC)的一種反應(yīng),在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是存在的化學(xué)性修飾堿基。CG二核苷酸是**主要的甲基化位點,它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區(qū)域,在哺乳動物中mC約占C總量的2-7%。甲基化檢測服務(wù)-亞硫酸氫鈉處理后測序法 (bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亞硫酸氫鈉發(fā)生脫氨基變?yōu)槟蜞奏さ脑?,用兩一特異性引物擴(kuò)增后測序。測序法克服了只能針對單個位點檢測,并且這些位點必須是限制性內(nèi)切酶識別位點的缺點,可以對任何基因序列的甲基化狀態(tài)進(jìn)行檢測。在基因組的某些區(qū)域中,通常位于基因的啟動子區(qū),CpG 序列密度很高,可以達(dá)均值的5 倍以上。河南bisulfite甲基化重測序哪個公司做
DNA甲基化是研究 為普遍的表觀遺傳修飾,它被認(rèn)為在許多生物學(xué)過程和疾病中有著重要的作用。隨著測序技術(shù)的快速發(fā)展,二代測序與重亞硫酸鹽處理基因組DNA相結(jié)合產(chǎn)生了可以在全基因組單堿基水平上測量DNA甲基化水平的全基因組重亞硫酸鹽測序(whole-genome bisulfite sequencing,WGBS)技術(shù)。WGBS的流程與全基因組DNA測序主要區(qū)別于DNA文庫的構(gòu)建。以MethlyC-seq為例,將DNA 段化后收集特定長度的片段并修復(fù)DNA末端,再將雙端加上3′-dAMP然后連接上甲基化的接頭,接著用重亞硫酸鹽處理DNA使未甲基化的胞嘧啶(C)轉(zhuǎn)化為尿嘧啶(U), 終進(jìn)行低循環(huán)數(shù)的PCR擴(kuò)增后完成建庫,建庫完后上機測序,得到原始數(shù)據(jù)(fastq文件)后,完成一定的質(zhì)量控制后就可以進(jìn)行mapping分析。蘇州多重PCR技術(shù)甲基化重測序哪里做表觀遺傳學(xué)研究已經(jīng)證實了特定基因區(qū)域的DNA甲基化修飾對于染色體構(gòu)象、基因表達(dá)調(diào)控機制有著重要影響。
DNA甲基化即在DNA上增加甲基基團(tuán),是使基因的轉(zhuǎn)錄抑制或沉默的主要方式。該修飾特異性地發(fā)生在CpG位點,胞嘧啶通過磷酸鹽與鳥苷酸連接(圖1)。甲基基團(tuán)的插入改變了DNA的表觀和結(jié)構(gòu),可能會直接阻礙DNA的識別及與轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合,或者吸引其他因子優(yōu)先與DNA結(jié)合,干擾轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合。目前已鑒定了三個與甲基化DNA結(jié)合的蛋白家族,包括MBD蛋白、Kaiso和Kaiso樣蛋白、以及SRA蛋白。通過招募這些蛋白,DNA甲基化可促進(jìn)某些組蛋白狀態(tài)的維持,如去乙酰作用,從而保持轉(zhuǎn)錄后的組蛋白修飾。例如,MBD家族的甲基CpG結(jié)合蛋白2(MeCP2)與甲基CpG結(jié)合,招募HDACs,可促使染色體濃縮和轉(zhuǎn)錄抑制。
DNA甲基化是表觀遺傳調(diào)控的常見機制。啟動子區(qū)域的高度甲基化可導(dǎo)致基因表達(dá)改變。甲基化多發(fā)生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在細(xì)胞和組織分化、疾病發(fā)生以及適應(yīng)環(huán)境等過程中,甲基化狀態(tài)可發(fā)生改變。高精確度全基因組甲基化修飾狀態(tài)的分析,將為發(fā)育、育種、tumour標(biāo)志物鑒定或藥物靶標(biāo)尋找等研究奠定基礎(chǔ)。全基因組甲基化測序結(jié)合了亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化(bisulfite conversion)方法與新一代高通量測序技術(shù),可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態(tài)。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴(kuò)增所需片段,則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶。對PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發(fā)生甲基化。DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)的過程。
DNA甲基化是指生物體在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase,DMT) 的催化下,以s-腺苷甲硫氨酸(SAM)為甲基供體,將甲基轉(zhuǎn)移到特定的堿基上的過程。DNA甲基化能降低某些基因的表達(dá)活性,去甲基化則能引起基因的重新活化和表達(dá)。DNA甲基化能引起染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用方式的改變,從而影響基因表達(dá)。研究證實,CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化導(dǎo)致了人體1/3以上由于堿基變異而引起的遺傳性疾病。由于DNA甲基化與人體發(fā)育和tumour疾病的密切關(guān)系,特別是CpG島甲基化引起的抑cancer基因的轉(zhuǎn)錄失活,使得DNA甲基化成為表觀遺傳學(xué)和表觀基因組學(xué)的重要研究內(nèi)容。WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因組甲基化測序.全基因組甲基化重測序報告
亞硫酸氫鹽處理是一種分類5-甲基胞嘧啶和非甲基化堿基的有效方法之一。河南bisulfite甲基化重測序哪個公司做
DNA甲基化是**早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾方式之一,真核生物中的甲基化*發(fā)生于胞嘧啶,即在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5’-端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?’-甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表達(dá),去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達(dá)。這種DNA修飾方式在不改變基因序列前提下實現(xiàn)對基因表達(dá)的調(diào)控。脊椎動物DNA的甲基化狀態(tài)與生長發(fā)育調(diào)控密切相關(guān),比如在tumour發(fā)生時,抑cancer基因CpG島以外的CpG序列非甲基化程度增加,CpG島中的CpG則呈高度甲基化狀態(tài),導(dǎo)致抑cancer基因表達(dá)的下降。河南bisulfite甲基化重測序哪個公司做
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