天津全基因組甲基化重測(cè)序報(bào)告

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2021-12-14

DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyl-transferase, DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作為甲基供體,將胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?-甲基胞嘧啶(mC)的一種反應(yīng),在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是存在的化學(xué)性修飾堿基。CG二核苷酸是**主要的甲基化位點(diǎn),它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區(qū)域,在哺乳動(dòng)物中mC約占C總量的2-7%。甲基化檢測(cè)服務(wù)-亞硫酸氫鈉處理后測(cè)序法 (bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亞硫酸氫鈉發(fā)生脫氨基變?yōu)槟蜞奏さ脑?,用兩一特異性引物擴(kuò)增后測(cè)序。測(cè)序法克服了只能針對(duì)單個(gè)位點(diǎn)檢測(cè),并且這些位點(diǎn)必須是限制性內(nèi)切酶識(shí)別位點(diǎn)的缺點(diǎn),可以對(duì)任何基因序列的甲基化狀態(tài)進(jìn)行檢測(cè)。Hi-MethylSeq在研究DNA甲基化時(shí),每一個(gè)read都相當(dāng)于克隆測(cè)序時(shí)的一個(gè)單克隆。天津全基因組甲基化重測(cè)序報(bào)告

DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域研究的重點(diǎn)之一。DNA甲基化是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase, 縮寫DNMT)的作用下,基因組DNA序列上CpG島的二核苷酸5′端胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 縮寫5mC)。這種DNA修飾的方式并未改變基因的序列, 但能改變某些基因的表達(dá),從而影響生物學(xué)功能。DNA 甲基化參與眾多的細(xì)胞生命活動(dòng),包括細(xì)胞分化、組織特異性基因表達(dá)、基因組印記、X 染色體失活等。異常的 DNA 甲基化會(huì)導(dǎo)致發(fā)育異常、tumour等疾病的發(fā)生。安徽bisulfite甲基化重測(cè)序送樣要求機(jī)體細(xì)胞在經(jīng)歷脅迫、創(chuàng)傷等環(huán)境變化后,會(huì)產(chǎn)生特定的應(yīng)答,并往往會(huì)用DNA甲基化記錄在DNA修飾中。

DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過(guò)程,剛被發(fā)現(xiàn)時(shí)被定義為第五種堿基,實(shí)際上它是一種重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記,在調(diào)控基因表達(dá)、維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、基因印記、X染色體失活以及胚胎發(fā)育等生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮著重大的作用,獲得全基因組范圍內(nèi)所有C位點(diǎn)的甲基化水平數(shù)據(jù),對(duì)表觀遺傳學(xué)的時(shí)空特異性研究具有重要意義,Bisulfite甲基化測(cè)序是以新一代高通量測(cè)序平臺(tái)為基礎(chǔ),結(jié)合全基因組Bisulfite處理和生物信息數(shù)據(jù)分析技術(shù),進(jìn)行低成本、高效率、高準(zhǔn)確度的全基因組DNA甲基化水平圖譜繪制。

DNA甲基化是指生物體在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase,DMT) 的催化下,以s-腺苷甲硫氨酸(SAM)為甲基供體,將甲基轉(zhuǎn)移到特定的堿基上的過(guò)程。DNA甲基化能降低某些基因的表達(dá)活性,去甲基化則能引起基因的重新活化和表達(dá)。DNA甲基化能引起染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用方式的改變,從而影響基因表達(dá)。研究證實(shí),CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化導(dǎo)致了人體1/3以上由于堿基變異而引起的遺傳性疾病。由于DNA甲基化與人體發(fā)育和tumour疾病的密切關(guān)系,特別是CpG島甲基化引起的抑cancer基因的轉(zhuǎn)錄失活,使得DNA甲基化成為表觀遺傳學(xué)和表觀基因組學(xué)的重要研究?jī)?nèi)容。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變。

DNA甲基化一直以來(lái)都是表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域研究的重點(diǎn)之一。DNA甲基化(Methylation)是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase, 縮寫DNMT)的作用下,基因組DNA序列上CpG島的二核苷酸5′端胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 縮寫5mC)。這種DNA修飾的方式并未改變基因的序列, 但能抑制某些基因的表達(dá)。在哺乳動(dòng)物中,基因組DNA的甲基化可分為兩種類型:維持甲基化(maintenance DNA methylation)和重新甲基化(de novo methylation)。維持甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下,DNA的半保留復(fù)制過(guò)程中,會(huì)在子鏈的相應(yīng)的位置進(jìn)行甲基化修飾的過(guò)程。重新甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下,原來(lái)沒(méi)有甲基化的DNA雙鏈上,進(jìn)行甲基化的過(guò)程,之后由維持甲基化酶來(lái)維持穩(wěn)定的DNA甲基化狀態(tài)。對(duì)于這兩種甲基化機(jī)制來(lái)說(shuō),有兩種對(duì)應(yīng)類型的甲基化酶:維持甲基轉(zhuǎn)移酶和重新甲基轉(zhuǎn)移酶。重亞硫酸鹽測(cè)序本質(zhì)上就是重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與二代測(cè)序(NGS)的結(jié)合。安徽bisulfite甲基化重測(cè)序送樣要求

翼和生物目標(biāo)區(qū)域甲基化項(xiàng)目結(jié)合亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化和多重PCR擴(kuò)增建庫(kù)測(cè)序技術(shù),對(duì)目標(biāo)區(qū)域甲基化位點(diǎn)進(jìn)行分析。天津全基因組甲基化重測(cè)序報(bào)告

在生物系統(tǒng)內(nèi),甲基化是經(jīng)酶催化的,這種甲基化涉及重金屬修飾、基因表達(dá)的調(diào)控、蛋白質(zhì)功能的調(diào)節(jié)以及核糖核酸(RNA)加工。重金屬修飾可以在生物系統(tǒng)外發(fā)生。組織樣本的化學(xué)甲基化也是組織染色的方法之一。表觀遺傳學(xué)的甲基化包括DNA甲基化或蛋白質(zhì)甲基化。1)DNA甲基化。脊椎動(dòng)物的DNA甲基化一般發(fā)生在CpG位點(diǎn)(胞嘧啶-磷酸-鳥嘌呤位點(diǎn),即DNA序列中胞嘧啶后緊連鳥嘌呤的位點(diǎn))。經(jīng)DNA甲基轉(zhuǎn)移酶催化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為5-甲基胞嘧啶。人類基因中約80%-90%的CpG位點(diǎn)已被甲基化,但是在某些特定區(qū)域,如富含胞嘧啶和鳥嘌呤的CpG島則未被甲基化。這與包含所有普遍表達(dá)基因在內(nèi)的56%的哺乳動(dòng)物基因中的啟動(dòng)子有關(guān)。1%-2%的人類基因組是CpG群,并且CpG甲基化與轉(zhuǎn)錄活性成反比。天津全基因組甲基化重測(cè)序報(bào)告

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