物種的DNA甲基化率通常與物種基因組大小成正比。從細(xì)菌的數(shù)千個(gè)基因進(jìn)化到高等動(dòng)物的數(shù)萬個(gè)基因，基因數(shù)增長(zhǎng)的一個(gè)數(shù)量級(jí)。要管好這么多的基因，在漫長(zhǎng)的一生中有規(guī)律地關(guān)閉或打開基因表達(dá)，DNA甲基化這個(gè)開關(guān)對(duì)高等動(dòng)植物必不可少。轉(zhuǎn)座子是一類在基因組上可以自主復(fù)制（或剪切）和移動(dòng)的**功能元件。如果它們隨意移動(dòng)，對(duì)基因組的穩(wěn)定性具有破壞作用。DNA甲基化對(duì)轉(zhuǎn)座子的移動(dòng)具有抑制作用。通常，物種的基因組越大，其基因組中轉(zhuǎn)座子的比例越高，那么限制轉(zhuǎn)座子移動(dòng)的門神——DNA甲基化的比例就越高。NA甲基化在DNA復(fù)制起始、錯(cuò)配修復(fù)等過程中對(duì)維持遺傳信息的穩(wěn)定性發(fā)揮著重要的作用。江蘇目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序哪里好
目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序（Hi-Methylseq）結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測(cè)序技術(shù)，可實(shí)現(xiàn)多區(qū)段、多位點(diǎn)的甲基化精確定量分析，特別適合隊(duì)列樣本目標(biāo)區(qū)域的甲基化分析，測(cè)序深度高，結(jié)果更加準(zhǔn)確。適用于感興趣目的片段甲基化研究；適用于在大樣本中進(jìn)一步確認(rèn)全基因組甲基化研究挑選的陽(yáng)性位點(diǎn)（DMR）。農(nóng)口上：表觀遺傳學(xué)研究、品種鑒定、品種改良；醫(yī)口上：tumour早期診斷、表觀遺傳學(xué)生物標(biāo)志物開發(fā)、tumour復(fù)發(fā)的 預(yù)測(cè)因子。江蘇CPG島甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)Hi-MethylSeq在研究DNA甲基化時(shí)，每一個(gè)read都相當(dāng)于克隆測(cè)序時(shí)的一個(gè)單克隆。
DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下，DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基，形成5-甲基胞嘧啶，常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū)，DNA高度甲基化首先會(huì)影響DNA結(jié)構(gòu)，進(jìn)而阻遏基因轉(zhuǎn)錄，引起基因沉默。DNA甲基化為非編碼區(qū)（如內(nèi)含子等）的長(zhǎng)期沉默提供了一種有效的抑制機(jī)制。基因啟動(dòng)區(qū)域內(nèi)CpG位點(diǎn)的甲基化通過三種方式影響基因轉(zhuǎn)錄活性：DNA序列甲基化直接阻礙轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合；甲基CpG結(jié)合蛋白結(jié)合到甲基化CpG位點(diǎn)與其他轉(zhuǎn)錄抑制因子相互作用；染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的凝集阻礙了轉(zhuǎn)錄因子與其調(diào)控序列的結(jié)合。
亞硫酸氫鹽測(cè)序法用亞硫酸氫鈉對(duì) DNA 進(jìn)行化學(xué)處理會(huì)使甲基化特異性序列變異，從而可以通過NGS進(jìn)行定位和量化，主要的DNA甲基化數(shù)據(jù)分析流程：獲得DNA甲基化數(shù)據(jù)之后，首先，需要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和質(zhì)量的基本控制，包括原始測(cè)序和芯片數(shù)據(jù)的讀取、轉(zhuǎn)換到產(chǎn)生準(zhǔn)確的DNA甲基化圖譜；其次，需要對(duì)DNA甲基化位點(diǎn)的結(jié)果進(jìn)行可視化，并且利用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法鑒定樣本特異性差異的DNA甲基化位點(diǎn)；第三，驗(yàn)證 DNA 甲基化差異位點(diǎn)，并且對(duì)其進(jìn)行生物學(xué)解釋。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū)，DNA高度甲基化首先會(huì)影響DNA結(jié)構(gòu),引起基因沉默。
DNA甲基化一般是指DNA復(fù)制后，在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下，將S-腺甘酰甲硫氨酸分子上的甲基轉(zhuǎn)移到DNA分子中胞嘧啶殘基的第5位碳原子上，形成5-甲基胞嘧啶的過程，它是真核細(xì)胞生物基因組重要的修飾方式之一。DNA甲基化包括從頭甲基化和維持甲基化2種模式。從頭甲基化是指在從未發(fā)生甲基化的位點(diǎn)上發(fā)生甲基化修飾，建立DNA甲基化的過程；而維持甲基化是指維持甲基化的酶可識(shí)別新合成的半甲基化雙鏈DNA，并將甲基添加到新鏈的非甲基化胞嘧啶上。WGBS（Whole Genome Bisulfite Sequence）全基因組甲基化測(cè)序.目標(biāo)甲基化重測(cè)序準(zhǔn)確度高
DNA甲基化幾乎只存在于CpG二核苷酸上，是一個(gè)關(guān)鍵的表觀遺傳標(biāo)記和基因表達(dá)調(diào)控因子。江蘇目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序哪里好
亞硫酸氫鈉轉(zhuǎn)化是分析胞嘧啶甲基化效果比較好的工具之一。該方法基于亞硫酸氫鈉對(duì) DNA 的處理，確定其甲基化模式。重亞硫酸鹽測(cè)序本質(zhì)上就是重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與二代測(cè)序（NGS）的結(jié)合。甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)是亞硫酸氫鹽測(cè)序法：用亞硫酸氫鹽處理DNA，未發(fā)生甲基化的胞嘧啶能夠被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶則保持不變，通過后續(xù)的測(cè)序即可檢測(cè)。利用亞硫酸氫鹽的這種原理，可以衍生出多種甲基化檢測(cè)方法，如甲基化特異性的PCR和高分辨率熔解曲線法。江蘇目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序哪里好
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