廣州目標(biāo)區(qū)段甲基化重測序報告

來源: 發(fā)布時間:2021-11-03

亞硫酸氫鈉轉(zhuǎn)化是分析胞嘧啶甲基化效果比較好的工具之一。該方法基于亞硫酸氫鈉對 DNA 的處理,確定其甲基化模式。重亞硫酸鹽測序本質(zhì)上就是重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與二代測序(NGS)的結(jié)合。甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)是亞硫酸氫鹽測序法:用亞硫酸氫鹽處理DNA,未發(fā)生甲基化的胞嘧啶能夠被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶則保持不變,通過后續(xù)的測序即可檢測。利用亞硫酸氫鹽的這種原理,可以衍生出多種甲基化檢測方法,如甲基化特異性的PCR和高分辨率熔解曲線法。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū),DNA高度甲基化首先會影響DNA結(jié)構(gòu),引起基因沉默。廣州目標(biāo)區(qū)段甲基化重測序報告

在生物系統(tǒng)內(nèi),甲基化是經(jīng)酶催化的,這種甲基化涉及重金屬修飾、基因表達的調(diào)控、蛋白質(zhì)功能的調(diào)節(jié)以及核糖核酸(RNA)加工。重金屬修飾可以在生物系統(tǒng)外發(fā)生。組織樣本的化學(xué)甲基化也是組織染色的方法之一。表觀遺傳學(xué)的甲基化包括DNA甲基化或蛋白質(zhì)甲基化。1)DNA甲基化。脊椎動物的DNA甲基化一般發(fā)生在CpG位點(胞嘧啶-磷酸-鳥嘌呤位點,即DNA序列中胞嘧啶后緊連鳥嘌呤的位點)。經(jīng)DNA甲基轉(zhuǎn)移酶催化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為5-甲基胞嘧啶。人類基因中約80%-90%的CpG位點已被甲基化,但是在某些特定區(qū)域,如富含胞嘧啶和鳥嘌呤的CpG島則未被甲基化。這與包含所有普遍表達基因在內(nèi)的56%的哺乳動物基因中的啟動子有關(guān)。1%-2%的人類基因組是CpG群,并且CpG甲基化與轉(zhuǎn)錄活性成反比。廣州bisulfite甲基化重測序公司DNA甲基化分析是經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后,用PCR擴增目的片段,并對PCR產(chǎn)物進行測序.

目標(biāo)區(qū)域甲基化重測序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴增子測序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因組甲基化測序、全基因組甲基化芯片等工作基礎(chǔ)上,或者依據(jù)文獻報道目的基因甲基化與性狀/疾病關(guān)聯(lián),選擇感興趣的目的區(qū)間或候選基因,利用Hi-MethylSeq技術(shù)對大規(guī)模群體的候選基因甲基化水平進行檢測。Hi-MethylSeq技術(shù)通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產(chǎn)物進行高通量測序,利用生物信息學(xué)方法,精確定量計算目標(biāo)區(qū)間內(nèi)的甲基化位點的甲基化狀態(tài),在完成目標(biāo)區(qū)域檢測的同時大幅降低研究費用。

DNA甲基化(DNA methylation)為DNA化學(xué)修飾的一種形式,能在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表觀。 DNA甲基化在維持細胞正常功能、傳遞基因組印記,胚胎發(fā)育、tumour發(fā)生等方面發(fā)揮重要作用,目前已經(jīng)成為表觀遺傳學(xué)和表觀基因組學(xué)的研究熱點。DNA甲基化測序可在全基因組水平上比較大限度的、完整的獲取甲基化狀態(tài)信息和與基因表達調(diào)控的多重關(guān)系,可高效精確完成全基因組甲基化測序及*分辨DNA甲基化譜式繪制,并可對發(fā)現(xiàn)的靶點區(qū)進行甲基化特異性PCR驗證。常規(guī)全基因組甲基化測序技術(shù)通過T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列。

真核生物基因表達受多種機制、多層面的綜合調(diào)控。基因的DNA序列不發(fā)生改變的情況下,基因的表達水平與功能發(fā)生改變,并可遺傳現(xiàn)象,稱為表觀遺傳(epigenetic)現(xiàn)象。DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū),DNA高度甲基化首先會影響DNA結(jié)構(gòu),進而阻遏基因轉(zhuǎn)錄,引起基因沉默。人體內(nèi),DNA甲基轉(zhuǎn)移酶主要有四種:DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT3L。在DNA復(fù)制完成后,DNMT1是催化甲基轉(zhuǎn)移至新合成的DNA鏈上,這一現(xiàn)象稱為維持甲基化;DNMT3A和DNMT3B負責(zé)催化核酸鏈上新的甲基化位點發(fā)生反應(yīng),成為形成甲基化;DNMT3L不具有甲級轉(zhuǎn)移酶活性,其主要作用是調(diào)節(jié)其他甲基轉(zhuǎn)移酶的活性。真核細胞內(nèi)甲基化狀態(tài)有3種:持續(xù)的低甲基化狀態(tài)(如持家基因的甲基化)、誘導(dǎo)的去甲基化狀態(tài)(如一些發(fā)育階段特異性基因的修飾)和高度甲基化狀態(tài)(如人類女性細胞內(nèi)縊縮-失活的X染色體的甲基化)。Hi-MethylSeq在研究DNA甲基化時,每一個read都相當(dāng)于克隆測序時的一個單克隆。江蘇目標(biāo)區(qū)間甲基化重測序送樣要求

機體細胞在經(jīng)歷脅迫、創(chuàng)傷等環(huán)境變化后,會產(chǎn)生特定的應(yīng)答,并往往會用DNA甲基化記錄在DNA修飾中。廣州目標(biāo)區(qū)段甲基化重測序報告

全基因組重亞硫酸鹽甲基化測序(WGBS)可以在全基因組范圍內(nèi)精確的檢測所有單個胞嘧啶堿基(C堿基)的甲基化水平,是DNA甲基化研究的金標(biāo)準(zhǔn)。WGBS能為基因組DNA甲基化修飾的研究提供重要技術(shù)支持,能廣泛應(yīng)用在個體發(fā)育、衰老和cancer發(fā)生等生命過程的機制研究中。其原理是用 Bisulfite 處理DNA序列,首先將基因組中未發(fā)生甲基化的 C 堿基轉(zhuǎn)換成U(T),從而與原本具有甲基化修飾的堿基C區(qū)分開來,然后進行PCR擴增,結(jié)合高通量測序技術(shù),適用于全基因組范圍內(nèi)繪制單堿基分辨率的DNA 甲基化圖譜。廣州目標(biāo)區(qū)段甲基化重測序報告

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