相信大家都聽過或已經(jīng)接觸過一些常用的分型方法，如片段長度多態(tài)性（限制性內(nèi)切酶）法，直接測序法，Taqman熒光探針法，LDR連接酶檢測反應(yīng)法，競爭性等位基因特異性PCR法（KASP），二代測序法等，小E就針對以上幾種常用分型方法為大家做一個介紹和總結(jié)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限上海翼和專家團(tuán)隊(duì)富有開創(chuàng)精神，朝氣蓬勃，在肖君華博士的帶領(lǐng)下，秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神，為科研用戶提供性價比高、高質(zhì)量可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。一次研究的SNP大概有十幾個到幾十個，這是比較早期的做法。廣州微衛(wèi)星SSRSNP分型準(zhǔn)確度高
上海翼和生物根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)規(guī)模，提供兩種檢測平臺，分別為：適合中低通量檢測的PCR-LDR分型服務(wù)和適合高通量的基于二代Hi-SNP分型服務(wù)。PCR-LDRSNP分型服務(wù)：PCR-LDR技術(shù)是PCR技術(shù)和LDR(LigaseDetectionReaction,連接酶檢測反應(yīng))想結(jié)合的檢測技術(shù)。LDR是利用高溫連接酶實(shí)現(xiàn)對基因多態(tài)性位點(diǎn)的識別。高溫連接酶一旦檢測到DNA與互補(bǔ)的兩條寡聚核苷酸接頭對應(yīng)處存在著基因點(diǎn)突變類型的堿基錯配，則連接反應(yīng)就不能進(jìn)行，反之則可以進(jìn)行連接反應(yīng)。Hi-SNP結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測序技術(shù)，對需要檢測的位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性引物，在單管內(nèi)進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增，不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分?；旌蠘颖竞?，在illumina等主流測序平臺上，對擴(kuò)增子進(jìn)行高通量測序。測序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法，區(qū)分不同的樣本，，終獲得每個位點(diǎn)的SNP信息。高通量測序能一次對幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定，相比其他的SNP檢測技術(shù)，基于高通量測序的SNP分型具有更準(zhǔn)確、更靈敏的特點(diǎn)。南京SNP分型而現(xiàn)在，要想在SCI雜志上面發(fā)表SNP的文章，尤其是影響因子大于5的雜志，就沒有那么容易了。
理論上講，SNP既可能是二等位多態(tài)性，也可能是3個或4個等位多態(tài)性，但實(shí)際上，后兩者非常少見，幾乎可以忽略。因此，通常所說的SNP都是二等位多態(tài)性的。這種變異可能是轉(zhuǎn)換（CT，在其互補(bǔ)鏈上則為GA），也可能是顛換（CA，GT，CG，AT）。轉(zhuǎn)換的發(fā)生率總是明顯高于其它幾種變異，具有轉(zhuǎn)換型變異的SNP約占2/3，其它幾種變異的發(fā)生幾率相似。Wang等的研究也證明了這一點(diǎn)。轉(zhuǎn)換的幾率之所以高，可能是因?yàn)镃pG二核苷酸上的胞嘧啶殘基是人類基因組中，易發(fā)生突變的位點(diǎn)，其中大多數(shù)是甲基化的，可自發(fā)地脫去氨基而形成胸腺嘧啶。在基因組DNA中，任何堿基均有可能發(fā)生變異，因此SNP既有可能在基因序列內(nèi)，也有可能在基因以外的非編碼序列上?？偟膩碚f，位于編碼區(qū)內(nèi)的SNP（codingSNP,cSNP）比較少，因?yàn)樵谕怙@子內(nèi)，其變異率及周圍序列的1/5.但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義，因此cSNP的研究更受關(guān)注。
上機(jī)測序后，每個樣本同一個SNP位置可以讀到數(shù)十或數(shù)百條reads（具體取決于測序通量），并且能夠清晰看到每條序列的具體信息，通過對SNP位點(diǎn)的聚類分析，實(shí)現(xiàn)位點(diǎn)基因型的判斷。大規(guī)模樣本中二等位基因reads比分布結(jié)果，每一個點(diǎn)一個樣本一個SNP位點(diǎn)的聚類結(jié)果，兩端表示純和，中間表示雜合（理想情況，1/0表示純和，0.5表示雜合）。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司，上海翼和專家團(tuán)隊(duì)富有開創(chuàng)精神，朝氣蓬勃，在肖君華博士的帶領(lǐng)下，秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神，為科研用戶提供性價比高、高質(zhì)量可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。微信公眾號：上海翼和生物SNP的文章還有很多，但是研究的思路和風(fēng)格已經(jīng)和以往不同了。
二代測序法主要通過PCR的方法，對目標(biāo)SNP位點(diǎn)進(jìn)行特異性捕獲。為了提型的通量，目前多采用多重PCR的方法同時對多個位點(diǎn)進(jìn)行捕獲（可同時對1-100位點(diǎn)進(jìn)行分型）。由于二代測序通量是足夠滿足數(shù)百數(shù)千樣本的同時測序，因此需要對不同的樣本添加的樣本標(biāo)簽（Barcode），從而在后續(xù)數(shù)據(jù)分析過程中，能夠進(jìn)行樣本拆分。因此在多重PCR完成輪多SNP位點(diǎn)捕獲后，需要進(jìn)行第二輪PCR，在輪PCR產(chǎn)物的基礎(chǔ)上，添加樣本樣本標(biāo)簽及測序接頭等序列。通過PCR條件優(yōu)化，目前亦可實(shí)現(xiàn)一次反應(yīng)，兩輪PCR接力完成的效果。這種變異可能是轉(zhuǎn)換（C T，在其互補(bǔ)鏈上則為G A），也可能是顛換（C A，G T，C G，A T）。浙江微衛(wèi)星STRSNP分型周期
由于SNP的二態(tài)性，非此即彼，在基因組篩選中SNPs往往只需+/-的分析這就利于發(fā)展自動化技術(shù)篩選或檢測SNPs.廣州微衛(wèi)星SSRSNP分型準(zhǔn)確度高
以上就是小E對幾種SNP分型技術(shù)的簡單介紹，大家可以看出分型技術(shù)多種多樣，各有各的優(yōu)點(diǎn)和限制。大家需要綜合考慮實(shí)驗(yàn)的各方面情況，如實(shí)驗(yàn)規(guī)模（多少位點(diǎn)，多少樣本），實(shí)驗(yàn)周期，實(shí)驗(yàn)預(yù)算等，然后選擇一個適合自己實(shí)驗(yàn)的分型技術(shù)。上海翼和專家團(tuán)隊(duì)富有開創(chuàng)精神，朝氣蓬勃，在肖君華博士的帶領(lǐng)下，秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神，為科研用戶提供性價比高、高質(zhì)量可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。上海翼和專家團(tuán)隊(duì)富有開創(chuàng)精神，朝氣蓬勃，在肖君華博士的帶領(lǐng)下，秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神，為科研用戶提供性價比高、可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。廣州微衛(wèi)星SSRSNP分型準(zhǔn)確度高
上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司致力于醫(yī)藥健康，是一家服務(wù)型公司。翼和生物致力于為客戶提供良好的細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控，大健康檢測，生物技術(shù)服務(wù)，一切以用戶需求為中心，深受廣大客戶的歡迎。公司秉持誠信為本的經(jīng)營理念，在醫(yī)藥健康深耕多年，以技術(shù)為先導(dǎo)，以自主產(chǎn)品為重點(diǎn)，發(fā)揮人才優(yōu)勢，打造醫(yī)藥健康良好品牌。翼和生物秉承“客戶為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實(shí)”的經(jīng)營理念，全力打造公司的重點(diǎn)競爭力。