單細胞測序是什么？單細胞測序是基于高通量測序（Next-generationsequencingtechnology，NGS）方法，檢測群體中單細胞基因組、單細胞轉(zhuǎn)錄組、單細胞表觀基因組及單細胞蛋白組，提供細胞間差異的高分辨率視圖，從分子水平揭示細胞奧秘。單細胞轉(zhuǎn)錄組測序（Single-cellRNA-Sequencing，ScRNA-Seq）指在單細胞水平上對mRNA進行高通量測序和分析的技術(shù)。單細胞轉(zhuǎn)錄組測序能獲得單個細胞內(nèi)近萬個基因的表達信息，為辨別生物組織中各種細胞類型的轉(zhuǎn)錄組特征和全方面揭示細胞之間基因表達的異質(zhì)性提供了有力的工具[3]。說到細胞異質(zhì)性（Cellheterogeneity)，就要說到我們?yōu)槭裁匆脝渭毎麥y序技術(shù)了。寄送 RNA 樣品請置于 1.5 ml 離心管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間，管口使用 Parafilm 封口。上海微生物高通量測序平臺
使用顯微鏡進行懸液質(zhì)檢操作時應(yīng)注意：1.使用血球計數(shù)板時，可以提前鏡檢觀察每小格計數(shù)室內(nèi)是否潔凈無雜質(zhì)。若有雜質(zhì)灰層，則需要多次清洗，直至計數(shù)室潔凈無瑕；2.質(zhì)檢前將懸液輕微震蕩或使用擴口***頭吹打混勻；3.臺盼藍染色后需要盡快完成細胞計數(shù)，一般建議不要超過10分鐘；4.如果方格中細胞數(shù)目過多，難以數(shù)清，應(yīng)當對細胞懸液進行稀釋以便于計數(shù)；5.對于壓在方格界線上的細胞應(yīng)當計數(shù)同側(cè)相鄰兩邊上的細胞數(shù)，一般可采取“數(shù)上線不數(shù)下線，數(shù)左線不數(shù)右線”的原則處理，另兩邊不計數(shù)。上海SNP高通量測序服務(wù)關(guān)鍵是KBSeq還可以省錢。
樣本寄送時，請將填寫完整的紙質(zhì)版《高通量測序送樣表》密封于塑料袋內(nèi)，隨樣本一起寄出，紙質(zhì)版的樣本信息單用于樣本接收人員在收到樣本后及時并正確的保存并錄入樣本，如無紙質(zhì)版的樣本信息單可能會延誤項目周期；樣本管壁或管蓋上標明的樣本名稱需要與《高通量測序送樣表》里樣本名稱一致，這樣可以避免我們收到樣本后與您確認樣本編號而耽誤樣本質(zhì)檢、提取實驗；如有特殊情況，請在《高通量測序送樣表》中注明；樣品編號請避免使用中文、羅馬數(shù)字、“-”以及特殊符號標示，避免分析的時候系統(tǒng)無法識別，導(dǎo)致分析無法完成；我們分析人員建議編號可以采用英文字母與阿拉伯數(shù)字結(jié)合的形式，字符比較好不要過長，避免繪制部分分析圖的時候難以全部展示。
全轉(zhuǎn)錄組測序（Total RNA-Seq），項目介紹：全轉(zhuǎn)錄組是指特定細胞在特定狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA（non-coding RNA）。針對非編碼RNA的研究主要集中在具有調(diào)控作用的miRNA，lncRNA和circRNA?；诙鷾y序技術(shù)的全轉(zhuǎn)錄組測序研究，同時分析同一樣本中的mRNA，lncRNA，circRNA和miRNA，并且通過關(guān)聯(lián)分析，使研究內(nèi)容更加系統(tǒng)化，致力于深入挖掘生命現(xiàn)象背后的轉(zhuǎn)錄調(diào)控問題。組織樣品或者總 RNA， 樣品名稱清晰，干冰運輸。在運輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管中，再將50 ml管放在封口袋中。
IlluminaHiSeq2500/4000可以運行PE150/PE250模式，可以承擔轉(zhuǎn)錄組測序、人基因組重測序、外顯子捕獲測序、宏基因組測序、微生物分類測序等服務(wù)；IlluminaMiSeq運行PE300模式，可以承擔細菌基因組重測序/Denovo測序、微生物分類測序、擴增子測序、核酸適配體測序等服務(wù)；LifeIontorrentPGM運行314、316、318芯片，可以承接擴增子測序、靶區(qū)域測序、基因組重測序服務(wù)；PacBioSequel/RSII該測序平臺讀長超長，平均可達10kb以上，主要承接細菌基因組完成圖測序、***基因組精細圖測序、全長轉(zhuǎn)錄本測序等服務(wù)；近年來，隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展和普及，單細胞測序技術(shù)發(fā)展十分迅速。上海市宏全基因組高通量測序NGS
DNA樣品建議用藍冰運輸。上海微生物高通量測序平臺
為什么要用單細胞測序技術(shù)？細胞是生物體結(jié)構(gòu)和功能的基本單位，在生物體生長發(fā)育的過程中，因細胞類型、外界環(huán)境以及內(nèi)部調(diào)節(jié)因素的不同，其轉(zhuǎn)錄組信息也不盡相同。由于基因組和表觀遺傳的重編程，以及在細胞分裂和分化過程中出現(xiàn)的誤差造成來自同一細胞系或個體的細胞呈現(xiàn)出不同的基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組[4]。這就是我們上面提到的細胞異質(zhì)性。細胞異質(zhì)性是生物組織和生物系統(tǒng)的普遍特征[5]。但是我們常規(guī)的二代測序檢測的是一個細胞群體的基因組、轉(zhuǎn)錄組的信息，如培養(yǎng)的大量細胞、動植物組織甚至是整個生物體。在過去的20多年中，人們對轉(zhuǎn)錄組的人數(shù)仍然局限在群體水平[6]。這種方法可以為我們提供大量的基因組或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，卻無法揭示細胞的異質(zhì)性。傳統(tǒng)方法得到的是細胞群的平均基因組，而單細胞測序測量的是細胞群中單個細胞的基因組[7]。現(xiàn)在也有學(xué)者為了區(qū)分傳統(tǒng)測序和單細胞測序的區(qū)別，將傳統(tǒng)方法稱為批量測序。上海微生物高通量測序平臺
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