上海SNP高通量測(cè)序服務(wù)

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-09-21

2021年11月1日,在這個(gè)平凡而又特殊的日子里,生工生物高通量測(cè)序部迎來了一位新成員——10xGenomics Chromium X!不要看我們個(gè)頭小,我們可是百萬級(jí)單細(xì)胞捕獲神器吆。X是如何實(shí)現(xiàn)單次運(yùn)行有這么高的吞吐量呢?多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術(shù)。X儀器本身有16個(gè)通道(Controller為8通道),每個(gè)通道比較多捕獲20000個(gè)細(xì)胞(Controller為10000個(gè)細(xì)胞)。再結(jié)合10x的CellPlex多樣本混樣技術(shù),每個(gè)通道比較多可捕獲60,000個(gè)細(xì)胞,去除雙細(xì)胞率后,每張芯片比較多可捕獲750,000個(gè)單細(xì)胞。KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序只能測(cè)菌液和質(zhì)粒,像PCR產(chǎn)物什么的還是送一代測(cè)序吧。上海SNP高通量測(cè)序服務(wù)

擴(kuò)增子測(cè)序,項(xiàng)目介紹:隨著基因編輯技術(shù)(尤其是CRISPR-cas9技術(shù))的發(fā)展,科研人員使用傳統(tǒng)的Sanger測(cè)序技術(shù)無法快速有效鑒定基因編輯效率。但是,通過對(duì)靶基因區(qū)域附近設(shè)計(jì)引物,進(jìn)行PCR擴(kuò)增,并對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序,可以快速高效的獲得目標(biāo)區(qū)域的突變頻率信息,尤其是對(duì)低頻突變的檢測(cè)效果遠(yuǎn)遠(yuǎn)優(yōu)于一代測(cè)序,性價(jià)比極高。16S全長分類測(cè)序,項(xiàng)目介紹:16S全長測(cè)序分析主要是對(duì) 16S rRNA基因全長進(jìn)行擴(kuò)增,基于PacBio 測(cè)序平臺(tái)測(cè)序. 相比較二代測(cè)序只選擇 1-2 個(gè)高變區(qū)進(jìn)行測(cè)序,三代可以獲得全長的 16S 序列,更多變異區(qū)信息可以提高物種鑒定的分辨率,還可以提高對(duì)于群落組成的鑒定的精度。另外,針對(duì)fungus/真核生物,也可以采用類似的辦法,擴(kuò)增ITS/18S全長,進(jìn)行物種分類測(cè)序,提高鑒定精度。上海市無參轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序應(yīng)用X儀器本身有16個(gè)通道(Controller為8通道),每個(gè)通道極限多捕獲20000個(gè)細(xì)胞(Controller為10000個(gè)細(xì)胞) 。

懸液制備好后質(zhì)檢結(jié)果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細(xì)胞懸液質(zhì)檢關(guān)卡究竟是怎樣運(yùn)作的呢?單細(xì)胞懸液質(zhì)控要求:?細(xì)胞濃度:700-1200cells/μl;?細(xì)胞活率>80%(當(dāng)細(xì)胞懸液活率低于70%時(shí)建議進(jìn)行去除死細(xì)胞處理);細(xì)胞團(tuán)及碎片雜質(zhì)<5%(無細(xì)胞粘連,無明顯的細(xì)胞碎片和細(xì)胞團(tuán),并保證細(xì)胞的完整性);?細(xì)胞狀態(tài):細(xì)胞直徑在7-40um之間(細(xì)胞直徑過大則建議進(jìn)行抽核處理);?不存在逆轉(zhuǎn)錄抑制劑和非細(xì)胞的核酸分子。

對(duì)于細(xì)胞樣品,送樣量需達(dá)到 5 × 106(5乘10的6次方)數(shù)量級(jí)。富集后置于 2 ml Ep管中,用 1 ml TRIzol 重懸,注意取樣后立即用液氮或干冰乙醇速凍,保存于-80°C 冰箱,埋于足量的干冰中用保溫箱寄送。強(qiáng)烈建議細(xì)胞樣品先做細(xì)胞鑒定及支原體/衣原體污染之后,再送出來。對(duì)于血液樣本,只接收未凍存過的抗凝血新鮮樣本??鼓齽┎豢墒褂酶嗡剽c,可用EDTA或ACD抗凝劑,取血后以冰袋保存,切記不能使血液凍結(jié),從取血之時(shí)開始計(jì)算,須在48小時(shí)之內(nèi)送達(dá)生工上海總部高通量測(cè)序部。如果不能提供新鮮樣本,則請(qǐng)?zhí)峁难褐刑崛〉目俁NA樣本。備樣要求詳見B、RNA 樣品。什么是KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序?

AO/PI染色原理:吖啶橙(AO)是一種小分子染料,可以通過完整的細(xì)胞膜,嵌入所有細(xì)胞(活細(xì)胞和死細(xì)胞)的細(xì)胞核,呈現(xiàn)綠色熒光;碘化丙啶(PI)只能通過不完整的細(xì)胞膜,即死細(xì)胞的細(xì)胞膜,嵌入所有死細(xì)胞的細(xì)胞核,呈現(xiàn)紅色熒光,通過標(biāo)記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細(xì)胞和死細(xì)胞,這種特異性染色的方法也可以排除無核細(xì)胞、雜質(zhì)、碎片等的干擾。熒光細(xì)胞計(jì)數(shù)儀檢測(cè)結(jié)果可以讓我們直觀的看到:細(xì)胞濃度(總細(xì)胞,活細(xì)胞,死細(xì)胞)、細(xì)胞存活率(臺(tái)盼藍(lán)和雙熒光AO/PI染色)、細(xì)胞平均直徑、細(xì)胞聚團(tuán)率、細(xì)胞直徑分布等結(jié)果的展示。在運(yùn)輸前將所有樣品管集中放于大包裝中。上海多重PCR高通量測(cè)序原理

一臺(tái)10xGenomics Chromium X儀器能夠在單次運(yùn)行中分析數(shù)百至數(shù)十萬個(gè)細(xì)胞,讓百萬級(jí)的細(xì)胞研究變得常規(guī)。上海SNP高通量測(cè)序服務(wù)

16s/18s/ITS微生物分類測(cè)序,項(xiàng)目介紹:環(huán)境微生物是自然界中分布建議廣、種類建議多、數(shù)量比較大的生物類群,其群落結(jié)構(gòu)及多樣性和微生物的功能及代謝機(jī)理是微生物生態(tài)學(xué)的研究熱點(diǎn),對(duì)于我們研究微生物與環(huán)境的關(guān)系、環(huán)境治理和微生物資源的利用以及人類醫(yī)療健康有著重要的理論和現(xiàn)實(shí)意義。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展以及大量序列數(shù)據(jù)的積累,通用引物擴(kuò)增結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù),可以快速檢索環(huán)境內(nèi)微生物的群落結(jié)構(gòu)。這項(xiàng)運(yùn)用我們稱之為微生物分類測(cè)序。如Illumina公司的MiSeq高通量測(cè)序平臺(tái)不僅可實(shí)現(xiàn)對(duì)多樣品的多個(gè)可變區(qū)同時(shí)測(cè)序,而且在測(cè)序速度和測(cè)序通量上都有進(jìn)一步提升,目前此平臺(tái)已在微生物多樣性群落結(jié)構(gòu)研究方面受到了廣大學(xué)者的認(rèn)可。上海SNP高通量測(cè)序服務(wù)

生工生物工程(上海)股份有限公司是一家有著雄厚實(shí)力背景、信譽(yù)可靠、勵(lì)精圖治、展望未來、有夢(mèng)想有目標(biāo),有組織有體系的公司,堅(jiān)持于帶領(lǐng)員工在未來的道路上大放光明,攜手共畫藍(lán)圖,在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康行業(yè)中積累了大批忠誠的客戶粉絲源,也收獲了良好的用戶口碑,為公司的發(fā)展奠定的良好的行業(yè)基礎(chǔ),也希望未來公司能成為行業(yè)的翹楚,努力為行業(yè)領(lǐng)域的發(fā)展奉獻(xiàn)出自己的一份力量,我們相信精益求精的工作態(tài)度和不斷的完善創(chuàng)新理念以及自強(qiáng)不息,斗志昂揚(yáng)的的企業(yè)精神將引領(lǐng)生工生物工程供應(yīng)和您一起攜手步入輝煌,共創(chuàng)佳績(jī),一直以來,公司貫徹執(zhí)行科學(xué)管理、創(chuàng)新發(fā)展、誠實(shí)守信的方針,員工精誠努力,協(xié)同奮取,以品質(zhì)、服務(wù)來贏得市場(chǎng),我們一直在路上!

標(biāo)簽: 高通量測(cè)序