AO/PI染色原理:吖啶橙(AO)是一種小分子染料,可以通過完整的細胞膜,嵌入所有細胞(活細胞和死細胞)的細胞核,呈現綠色熒光;碘化丙啶(PI)只能通過不完整的細胞膜,即死細胞的細胞膜,嵌入所有死細胞的細胞核,呈現紅色熒光,通過標記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細胞和死細胞,這種特異性染色的方法也可以排除無核細胞、雜質、碎片等的干擾。熒光細胞計數儀檢測結果可以讓我們直觀的看到:細胞濃度(總細胞,活細胞,死細胞)、細胞存活率(臺盼藍和雙熒光AO/PI染色)、細胞平均直徑、細胞聚團率、細胞直徑分布等結果的展示。DNA樣品請用1.5 mL離心管裝好并用封口膜封好,并安置于50 mL離心管內或其他類似容器里,并旋緊蓋子。上海18s高通量測序應用
2021年11月1日,在這個平凡而又特殊的日子里,生工生物高通量測序部迎來了一位新成員——10xGenomics Chromium X!不要看我們個頭小,我們可是百萬級單細胞捕獲神器吆。X是如何實現單次運行有這么高的吞吐量呢?多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術。X儀器本身有16個通道(Controller為8通道),每個通道比較多捕獲20000個細胞(Controller為10000個細胞)。再結合10x的CellPlex多樣本混樣技術,每個通道比較多可捕獲60,000個細胞,去除雙細胞率后,每張芯片比較多可捕獲750,000個單細胞。上海地區(qū)無參轉錄組高通量測序NGS在運輸前將所有樣品管集中放于大包裝中。
為什么要用單細胞測序技術?細胞是生物體結構和功能的基本單位,在生物體生長發(fā)育的過程中,因細胞類型、外界環(huán)境以及內部調節(jié)因素的不同,其轉錄組信息也不盡相同。由于基因組和表觀遺傳的重編程,以及在細胞分裂和分化過程中出現的誤差造成來自同一細胞系或個體的細胞呈現出不同的基因組、轉錄組和表觀基因組[4]。這就是我們上面提到的細胞異質性。細胞異質性是生物組織和生物系統的普遍特征[5]。但是我們常規(guī)的二代測序檢測的是一個細胞群體的基因組、轉錄組的信息,如培養(yǎng)的大量細胞、動植物組織甚至是整個生物體。在過去的20多年中,人們對轉錄組的人數仍然局限在群體水平[6]。這種方法可以為我們提供大量的基因組或轉錄組數據,卻無法揭示細胞的異質性。傳統方法得到的是細胞群的平均基因組,而單細胞測序測量的是細胞群中單個細胞的基因組[7]?,F在也有學者為了區(qū)分傳統測序和單細胞測序的區(qū)別,將傳統方法稱為批量測序。
對于細胞樣品,送樣量需達到 5 × 106(5乘10的6次方)數量級。富集后置于 2 ml Ep管中,用 1 ml TRIzol 重懸,注意取樣后立即用液氮或干冰乙醇速凍,保存于-80°C 冰箱,埋于足量的干冰中用保溫箱寄送。強烈建議細胞樣品先做細胞鑒定及支原體/衣原體污染之后,再送出來。對于血液樣本,只接收未凍存過的抗凝血新鮮樣本??鼓齽┎豢墒褂酶嗡剽c,可用EDTA或ACD抗凝劑,取血后以冰袋保存,切記不能使血液凍結,從取血之時開始計算,須在48小時之內送達生工上海總部高通量測序部。如果不能提供新鮮樣本,則請?zhí)峁难褐刑崛〉目俁NA樣本。備樣要求詳見B、RNA 樣品。PacBio Sequel/RSII 該測序平臺主要承接細菌基因組完成圖測序、fungus基因組精細圖測序、全長轉錄本測序服務。
對于用RNA組織保存液寄送的樣品,請按照RNA組織保存液說明保存和寄送。請注意:1)樣品浸入組織保存液之前,對于動物組織樣品,須以建議快速度將樣品剪切成厚度小于0.5cm的碎塊;對于植物樣品,須以建議快速度將樣品剪切成厚度小于0.3cm的碎塊。2)鼠肝、腎和脾等小organ樣品和沒有蠟質保護層的植物樣品可不剪切直接放入保存液中保存,有蠟質保護層的植物樣品需要先將蠟表皮破壞。3)確保將樣品完全浸泡在保存液中,不讓其粘貼在管壁和蓋上。ChIP項目至少要求50ng DNA,以Qubit 2.0檢測為準。其余具體咨詢生工高通量測序部。上海市高通量測序項目
在運輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管中,再將50 ml管放在封口袋中。上海18s高通量測序應用
生工高通量測序樣品要求,環(huán)境樣品:如果是新鮮土壤/污泥樣品,可以以冰袋運輸,不超過3天;如果是凍存過的樣品(-20°C或者-80°C冰箱保存),為避免反復凍融,建議用足量的干冰(根據經驗,在秋冬季節(jié),如果打包合適,3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時)寄送;如果是水體樣品,建議采用濾膜過濾后,將濾膜寄送來生工。生工不負責過濾。要求濾膜3張,冰袋運輸,不超過3天。其余特殊環(huán)境樣品,具體咨詢生工高通量測序部。
DNA樣品:請?zhí)峁╇娪灸z圖,濃度>20 ng/μl,總量一般1~2 μg。乙醇沉淀DNA或凍干DNA,可冰袋運輸,不超過3天。 上海18s高通量測序應用
生工生物工程(上海)股份有限公司是一家研發(fā)、生產化學試劑、生化試劑、生物試劑、耗材、小型儀器及生物工程相關產品(以上經營涉及位險化學品的只有分裝業(yè)務),銷售公司自產產品并提供售后技術服務;從事上述產品的同類商品(危險化學品限許可證規(guī)定范圍)的進出口、批發(fā)、傭金代理(拍實除外)及相關配套服務;提供生物工程技術服務、技術開發(fā)、技術咨詢。:提供倉儲業(yè)務。 【依法須經批準的項目。經相關部門批準后方可開展經營活動】的公司,是一家集研發(fā)、設計、生產和銷售為一體的專業(yè)化公司。生工生物擁有一支經驗豐富、技術創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團隊,以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供生化試劑,實驗耗材,實驗試劑,研發(fā)。生工生物致力于把技術上的創(chuàng)新展現成對用戶產品上的貼心,為用戶帶來良好體驗。生工生物始終關注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿足市場需求,提高產品價值,是我們前行的力量。