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Chip-Seq 是指通過(guò)染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DN**段，并對(duì)其進(jìn)行純化和文庫(kù)構(gòu)建；然后對(duì)富集得到的DN**段進(jìn)行高通量測(cè)序，通過(guò)將獲得的數(shù)百萬(wàn)條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的 DNA 區(qū)段信息，是目前在全基因組水平研究蛋白結(jié)合靶DNA序列的重要手段，為轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾、核小體定位等表觀遺傳學(xué)的研究提供有效方法。

應(yīng)用領(lǐng)域

1、確定組蛋白修飾的位置及其與基因表達(dá)的關(guān)系。

2、完成對(duì)轉(zhuǎn)錄因子及其它蛋白在基因組上結(jié)合位點(diǎn)的精細(xì)定位。

3、研究特定的核小體或組蛋白的分布。 通過(guò)甲基化數(shù)據(jù)，篩選疾病耐藥的差異甲基化。江蘇cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

1、ChIP-Seq 能實(shí)現(xiàn)真正的全基因組分析。目前所能獲得的芯片上固定的探針只能**全基因組部分序列，所獲得的雜交信息具有偏向性。

2、對(duì)于結(jié)合位點(diǎn)分析，ChIP-Seq 通過(guò)尋找“峰”，結(jié)合分辨率可精確到10~30 bp，而芯片上探針由于長(zhǎng)度所限，無(wú)法精確定位，即使目前比較高水平的商業(yè)芯片都無(wú)法提供可與ChIP-Seq 媲美的分辨率。

3、是所需樣本數(shù)量。ChIP-chip 需要多達(dá)4~5 μg?的起始樣本，在雜交之前需要進(jìn)行LM-PCR，但可能導(dǎo)致背景增高，競(jìng)爭(zhēng)性擴(kuò)增等導(dǎo)致假陽(yáng)性。而ChIP-Seq *需要納克級(jí)起始材料，如SOLiD 起始材料可低至20ng。 江蘇cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢細(xì)胞、全血、組織樣本干冰運(yùn)輸。

    甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序（MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，MeDIP-Seq）是通過(guò)5mC特異性抗體富集甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找甲基化區(qū)域。可廣泛應(yīng)用于甲基化與疾病關(guān)系研究。技術(shù)優(yōu)勢(shì)全基因組范圍鑒定甲基化修飾區(qū)域針對(duì)性檢測(cè)基因組內(nèi)具有甲基化修飾的區(qū)域與WGBS技術(shù)相比，成本更低科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問(wèn)題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150。

    N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一，在細(xì)菌、藻類及植物基因組中***存在，在DNA錯(cuò)配修復(fù)、染色體分離和毒力調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。6mA免疫沉淀測(cè)序(6mA-IPSeq)通過(guò)特異性抗體富集6mA甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找6mA甲基化區(qū)域。技術(shù)優(yōu)勢(shì)全基因組范圍鑒定6mA甲基化修飾區(qū)域技術(shù)方法適合所有物種(一般推薦藻類及植物)科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問(wèn)題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150。 CpG島常位于基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)附近。

    cfDNA，cellfreeDNA，就是血液中游離的自身DNA，這些DNA多是從身體的細(xì)胞或者白血球破裂釋放出來(lái)的，基本上都是無(wú)害的，不用多久會(huì)被自身清理掉。不過(guò)值得一提的是，當(dāng)孕婦懷孕的時(shí)候，胎兒的DNA也會(huì)同時(shí)釋放到母親的血液里頭去，這是當(dāng)前火熱的無(wú)創(chuàng)唐氏篩查的基礎(chǔ)。通過(guò)抽取母親的外周血測(cè)序分析其中的游離DNA就可以判斷胎兒是否存在整個(gè)染色體或者大片段DNA的變異。有研究已經(jīng)證實(shí)，**患者外周血中的cfDNA總量，要高于健康人。通過(guò)這一點(diǎn)，雖然不能武斷的說(shuō)cfDNA能成為**標(biāo)志物，但是cfDNA的含量增多，能起到一個(gè)較好的提示作用，作為一個(gè)初篩的手段?；赾fDNA的液態(tài)活檢中，盡管ctDNA在**診斷中的應(yīng)用是當(dāng)下cfDNA*****，研究**深入的分支。但是，cfDNA作為液態(tài)活檢，不只是局限于**學(xué)。例如，有研究報(bào)道對(duì)于接受***移植手術(shù)的病人，可以通過(guò)監(jiān)測(cè)術(shù)后外周血中具有捐獻(xiàn)者基因特征，片段化的cfDNA含量變化，來(lái)評(píng)估移植***的排斥情況。 芯片數(shù)據(jù)如何與二代、三代數(shù)據(jù)整合。江蘇cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢

ATAC-seq實(shí)驗(yàn)過(guò)程短，從實(shí)驗(yàn)到分析可達(dá)2周。江蘇cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢

    2019國(guó)自然基金解析—甲基化研究專題。從生命科學(xué)部和醫(yī)學(xué)科學(xué)部總體來(lái)看：2019年度，生命科學(xué)部獲自然科學(xué)基金委批準(zhǔn)資助6478項(xiàng)（不含杰出青年基金項(xiàng)目），批準(zhǔn)資助金額共計(jì)，單項(xiàng)平均資助金額。2019年度，醫(yī)學(xué)科學(xué)部共批資助10138項(xiàng)（不含杰出青年基金項(xiàng)目），批準(zhǔn)資助金額共計(jì)，單項(xiàng)平均資助金額。從甲基化研究方向來(lái)看，與甲基化研究相關(guān)的項(xiàng)目總數(shù)達(dá)283項(xiàng)，項(xiàng)目總金額超過(guò)12669萬(wàn)元。其中生命科學(xué)部項(xiàng)目總數(shù)62項(xiàng)，項(xiàng)目金額3235萬(wàn)元，醫(yī)學(xué)科學(xué)部項(xiàng)目總數(shù)221項(xiàng)，項(xiàng)目金額9434萬(wàn)元。從2011-2019年甲基化研究方向的項(xiàng)目金額和項(xiàng)目數(shù)目分析，整體呈上升趨勢(shì)；從醫(yī)學(xué)科學(xué)部來(lái)看，甲基化研究項(xiàng)目獲批數(shù)量221項(xiàng)，項(xiàng)目金額達(dá)到9434萬(wàn)，較之2018年度項(xiàng)目獲批金額（7166萬(wàn)元）上升趨勢(shì)尤為明顯，可以看出，甲基化研究日益成為國(guó)自然的研究熱點(diǎn)。 江蘇cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢