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    DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過(guò)程，剛被發(fā)現(xiàn)時(shí)被定義為第五種堿基，實(shí)際上它是一種重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記，在調(diào)控基因表達(dá)、維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、基因印記、X染色體失活以及胚胎發(fā)育等生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮著重大的作用，它就像魔術(shù)師手中一頂**神奇的“帽子”，帶給世人層出不窮的驚喜。DNA甲基化的發(fā)生、保持和去除都處在生物體精細(xì)的調(diào)控中，一旦發(fā)生紊亂，對(duì)于動(dòng)物而言將導(dǎo)致胚胎死亡或者**等重大疾病，對(duì)于植物而言將會(huì)出現(xiàn)各種的表型缺陷，那么這頂神奇的“帽子”是如何發(fā)揮它神奇功用的呢？這個(gè)問(wèn)題成為整個(gè)生物界**熱的研究焦點(diǎn)之一。研究者們從DNA甲基化的發(fā)生機(jī)制，保持機(jī)制到去甲基化機(jī)制，從基因組甲基化狀況研究到特異位點(diǎn)甲基化狀況研究，從**初CpG位點(diǎn)的研究到non-CpG位點(diǎn)的研究，從高甲基化研究到低甲基化、未甲基化研究，以及與其密切相關(guān)的羥甲基化也慢慢進(jìn)入人們的視野，***多角度解析DNA甲基化。在Nature、Science、Cell等**雜志上經(jīng)常能看到它熟悉的身影，說(shuō)它是生物學(xué)研究的“寵兒”一點(diǎn)都不為過(guò)。正所謂“工欲善其事，必先利其器”。 在正常組織里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修飾的。陜西RIP-seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

    DNA甲基化修飾類型。5mc是表觀遺傳**重要的一種修飾，***存在于植物、動(dòng)物等真核生物基因組中，被譽(yù)為“第五堿基”；5hmc是***發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動(dòng)物的“第六堿基”；6mA在細(xì)菌、藻類及動(dòng)植物基因組中存在。1992年，F(xiàn)rommeretal.將重亞硫酸鹽處理結(jié)合測(cè)序進(jìn)行DNA甲基化檢測(cè)。從此，BisulfiteSequencing（BS）成為金標(biāo)準(zhǔn)方案。其特點(diǎn)是：?jiǎn)螇A基分辨率；結(jié)合測(cè)序。甲基化5mc檢測(cè)的金標(biāo)準(zhǔn)——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化檢測(cè)**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,強(qiáng)化RRBS——高性價(jià)比DNA甲基化檢測(cè)方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目標(biāo)位點(diǎn)/基因甲基化驗(yàn)證方案。 遼寧cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)服務(wù)WGBS技術(shù)及應(yīng)用是有力方案。

    大豆馴化和改良過(guò)程中的DNA甲基化足跡(1):128.(IF=)本課題通過(guò)WGBS技術(shù)比較了野生大豆、地方品種和改良品種(n=45)在大豆馴化與改良過(guò)程中DNA甲基化的變化，鑒定了5412個(gè)甲基化差異區(qū)域(DMR),而這些DMR基因富集在碳水化合物代謝途徑。這為大豆不同品種間DNA甲基化提供了有價(jià)值的圖譜，拓展了大豆馴化與改良的認(rèn)識(shí)。血漿DNA甲基化分析提示EBV病毒相關(guān)疾病的病因(1):3256(IF=)本研究通過(guò)對(duì)鼻咽*(NPC,n=15)、EBV相關(guān)性淋巴瘤(n=9)和傳染性單核細(xì)胞增多癥患者(n=5)的血漿游離DNA進(jìn)行WGBS測(cè)序分析，發(fā)現(xiàn)EBVDNA甲基化圖譜呈現(xiàn)疾病相關(guān)模式。這表明在鼻咽*診斷中進(jìn)行血漿EBVDNA甲基化分析具有重要的潛力。

相比之下，VeraCode GoldenGate甲基化分析技術(shù)更適合中通量的篩選及驗(yàn)證研究，它以以矩陣微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM)）形式分析48至384個(gè)用戶指定的CpG位點(diǎn)。首先，將亞硫酸氫鹽處理的基因組DNA 與分析oligo混合，oligo與未甲基化位點(diǎn)的U互補(bǔ)，或者與甲基化位點(diǎn)的C互補(bǔ)。雜交之后，引物延伸，并連接上位點(diǎn)特異的oligo來(lái)產(chǎn)生通用 PCR的模板。***，用標(biāo)記的PCR引物生成可檢測(cè)的產(chǎn)物。據(jù)Illumina的產(chǎn)品**介紹，其產(chǎn)品的**優(yōu)勢(shì)在于單個(gè)CpG位點(diǎn)的分辨率。其它分析將甲基化定位在一段區(qū)域，而通過(guò)Illumina分析，你能精確測(cè)定某個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化水平。人類基因組有約56M的CpG位點(diǎn)，CpG島約3萬(wàn)個(gè)。

    隨著二代測(cè)序技術(shù)的告訴發(fā)展，測(cè)序成本大幅度下降，使得真正實(shí)現(xiàn)全基因組甲基化分析的研究成為可能。隨著人類甲基化圖譜繪制成功，已經(jīng)陸續(xù)有多個(gè)物種的甲基化圖譜構(gòu)建完成。研究者將傳統(tǒng)的DNA甲基化檢測(cè)方法，如亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測(cè)序相結(jié)合，可以實(shí)現(xiàn)單堿基精度的甲基化圖譜的構(gòu)建。此外將成熟的MeDIP技術(shù)與二代測(cè)序相結(jié)合，可以快速有效地尋找基因組上的甲基化區(qū)域，從而比較不同細(xì)胞、組織、甚至疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異。因此該技術(shù)也特別適用于大樣本量的疾病表觀研究。第三代測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)，更是讓甲基化的直接測(cè)定成為可能。一年前，美國(guó)PacificBiosciences公司利用獨(dú)有的單分子實(shí)時(shí)(SMRT)測(cè)序技術(shù)，直接測(cè)定了DNA的甲基化。這項(xiàng)成果發(fā)表在《NatureMethods》雜志上。 cfDNA，cell free DNA，就是血液中游離的自身DNA。廣東技術(shù)服務(wù)共同合作

RRBS用于人、哺乳動(dòng)物及魚(yú)類方向的高水平甲基化研究。陜西RIP-seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

    ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是使用高通量測(cè)序?qū)n5轉(zhuǎn)座酶可接近的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行測(cè)序分析的一種研究技術(shù)；該技術(shù)由美國(guó)斯坦福大學(xué)的研究人員開(kāi)發(fā)，2013年***發(fā)表在NatureMethods（Buenrostroetal.,2013）。通過(guò)轉(zhuǎn)座酶對(duì)特定時(shí)空下開(kāi)放的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行切割，獲得在該時(shí)空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。應(yīng)用領(lǐng)域，通常并不單獨(dú)使用。作為檢測(cè)表觀遺傳-染色質(zhì)開(kāi)放狀態(tài)現(xiàn)象的方式，與樣本基因表達(dá)譜緊密相連，從靶標(biāo)基因的表觀狀態(tài)關(guān)聯(lián)到表達(dá)水平，具有強(qiáng)大的數(shù)據(jù)挖掘作用。2.通過(guò)關(guān)聯(lián)基因組、外顯子，染色質(zhì)免疫共沉淀（組蛋白修飾或轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合）測(cè)序信息，形成：表觀調(diào)控-基因組-基因表達(dá)的完整調(diào)控鏈。 陜西RIP-seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)