N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一，在細(xì)菌、藻類及植物基因組中***存在，在DNA錯配修復(fù)、染色體分離和毒力調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。6mA免疫沉淀測序(6mA-IPSeq)通過特異性抗體富集6mA甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找6mA甲基化區(qū)域。技術(shù)優(yōu)勢全基因組范圍鑒定6mA甲基化修飾區(qū)域技術(shù)方法適合所有物種(一般推薦藻類及植物)科學(xué)方案設(shè)計從項目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計、實驗材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學(xué)問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計及時高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150。 RRBS用于人、哺乳動物及魚類方向的高水平甲基化研究。重慶6mA技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢
GOS2基因靶向甲基化測序確定了一種快速復(fù)發(fā)、常規(guī)致死的腎上腺皮質(zhì)*亞型
Targeted Assessment of G0S2
Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype
of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.
(IF= 10.199)
研究者分析了ACC-TCGA數(shù)據(jù)，在114例腎上腺皮質(zhì)**的**隊列中鑒定了一個在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2，并通過高通量BSP得到驗證。G0S2基因CpG島高甲基化**預(yù)測不良臨床后果，是ACC快速復(fù)發(fā)或致死的標(biāo)志。評估G0S2甲基化對臨床決策是直接可行的，并有助于對侵襲性ACC進(jìn)行有效輔助***。 陜西焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)共同合作芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具。
焦磷酸測序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進(jìn)，現(xiàn)在認(rèn)為焦磷酸測序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測新的金標(biāo)準(zhǔn)。焦磷酸測序作為一種新的序列分析技術(shù)，能夠快速地檢測甲基化的頻率，對樣品中的甲基化位點進(jìn)行定性及定量檢測，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過程中，根據(jù)C和T的摻入量來定量確定單個位點的C-T比例。因此，不同位點的甲基化變異就能被準(zhǔn)確檢測，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù)。QIAGEN公司在焦磷酸測序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢，目前提供三種焦磷酸測序儀器，通量由低到高，適合不同的應(yīng)用。PyroMarkQ24的強(qiáng)項在于可對多達(dá)24個樣品進(jìn)行焦磷酸測序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進(jìn)行。在考慮到處理成百上千個樣品所需的大量試劑時，運(yùn)行通量**化可能會使實驗成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺高度靈敏的光檢測攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對少量的DNA模板進(jìn)行準(zhǔn)確測序。這些不同平臺的推出，對于我們實際研究提供了更有效的檢測手段。
甲基化是表觀修飾的重要部分，DNA甲基化可以引起DNA構(gòu)象、穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而影響基因表達(dá)。DNA鏈中含有很多CpG結(jié)構(gòu)，雙鏈DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化，基因組中60~90%的CpG都被甲基化，未甲基化的CpG成簇出現(xiàn)在基因啟動子**序列或者轉(zhuǎn)錄起始位點。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶可以催化CpG的甲基化反應(yīng)。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶有兩種，Dnmt1是一種持續(xù)性甲基化轉(zhuǎn)移酶，作用于只有一條鏈甲基化的DNA雙鏈，使其完全甲基化，參與DNA復(fù)制過程中新合成鏈的甲基化修飾；Dnmt3a/Dnmt3b是一種從頭甲基化轉(zhuǎn)移酶，可以在CpG上產(chǎn)生新的甲基化修飾，首先半甲基化，繼而全甲基化，該甲基化轉(zhuǎn)移酶可能參與細(xì)胞生長分化的調(diào)控，在**基因甲基化中起到重要作用。近年來CRISPR/Cas9技術(shù)得到快速發(fā)展，在基因切割活性失活的dCas9的5’端融合一個Dnmt3a，能夠通過dCas9介導(dǎo)特定位點的甲基化修飾，調(diào)控相關(guān)基因的表達(dá)。 篩選耐藥的相關(guān)biomaker及表觀調(diào)控機(jī)制。
全基因組甲基化測序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術(shù)相結(jié)合，對有參考基因組進(jìn)行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測序，是DNA甲基化檢測的“金標(biāo)準(zhǔn)”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。技術(shù)優(yōu)勢DNA甲基化檢測**有力的工具單堿基分辨率，檢測每個C堿基的甲基化狀態(tài)全基因組范圍，**限度地獲得甲基化信息適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測序深度：>=30X信息分析基于全基因組范圍的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling，5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本甲基化差異聚類，差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點挖掘。 甲基化驗證是甲基化研究必不可少的一環(huán)。江蘇hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)活動
ChIP-Seq 能實現(xiàn)真正的全基因組分析。重慶6mA技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢
亞硫酸鹽結(jié)合測序是DNA甲基化檢測的“金標(biāo)準(zhǔn)”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段，對于目標(biāo)基因/位點檢測或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)應(yīng)用研究來說，需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測序的TargetBisulfiteSequencing滿足幾個到上百個基因/位點的驗證需求,具有高通量、低成本的優(yōu)勢,***用于臨床大樣本多位點的甲基化biomarker篩選及高水平文章甲基化驗證環(huán)節(jié)。微生物定植對腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊成員發(fā)表.(IF=)我們以早產(chǎn)幼豬為模型，利用RRBS測序比較正常(n=7)和口服***(n=7)的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)與先天免疫應(yīng)答、吞噬和代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異，并通過高通量BSP測序?qū)GFL7、LBP8、PTPRE差異甲基化基因進(jìn)行了驗證。 重慶6mA技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢