重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序是目前檢測甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)。除了全基因組甲基化測序技術(shù)等研究手段，對于大樣本量甲基化研究來說，更需要靈活、有針對性的技術(shù)方案。NGS-BSP方法適合幾個到幾十個基因或者位點進行大樣本甲基化測序或者驗證項目，具有更快速的實驗周期及低成本優(yōu)勢。技術(shù)優(yōu)勢高效靈活的目標(biāo)區(qū)域甲基化檢測的工具BSP和高通量測序完美結(jié)合，單堿基分辨率適合幾個到幾十個位點的大樣本驗證項目適合所有動物樣本、周期快、檢測位點靈活、性價比高科學(xué)方案設(shè)計從項目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計、實驗材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學(xué)問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計及時高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個區(qū)域/位點)；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測序深度：>。 甲基化驗證是甲基化研究必不可少的一環(huán)。北京MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)
Hepatic
stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA
methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)
肝星狀細(xì)胞(HSC)是導(dǎo)致肝纖維化發(fā)生和進展的關(guān)鍵細(xì)胞類型。DNA羥甲基化與轉(zhuǎn)錄***有關(guān)，其模式在人類疾病中經(jīng)常發(fā)生改變。研究者采用簡化基因組氧化-亞硫酸鹽測序(RRBS/oxRRBS)檢測靜止和******狀態(tài)的大鼠HSC細(xì)胞的5mC和5hmC水平，證實了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉(zhuǎn)分化過程中的整體變化，表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關(guān)鍵步驟，可能會為支持纖維生成的分子事件帶來新的見解，并可能為疾病進展提供生物標(biāo)志物以及潛在的新藥物靶點。 陜西hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)ChIP-Seq 能實現(xiàn)真正的全基因組分析。
焦磷酸測序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進，現(xiàn)在認(rèn)為焦磷酸測序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測新的金標(biāo)準(zhǔn)。焦磷酸測序作為一種新的序列分析技術(shù)，能夠快速地檢測甲基化的頻率，對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過程中，根據(jù)C和T的摻入量來定量確定單個位點的C-T比例。因此，不同位點的甲基化變異就能被準(zhǔn)確檢測，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù)。QIAGEN公司在焦磷酸測序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢，目前提供三種焦磷酸測序儀器，通量由低到高，適合不同的應(yīng)用。PyroMarkQ24的強項在于可對多達(dá)24個樣品進行焦磷酸測序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進行。在考慮到處理成百上千個樣品所需的大量試劑時，運行通量**化可能會使實驗成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺高度靈敏的光檢測攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對少量的DNA模板進行準(zhǔn)確測序。這些不同平臺的推出，對于我們實際研究提供了更有效的檢測手段。
GOS2基因靶向甲基化測序確定了一種快速復(fù)發(fā)、常規(guī)致死的腎上腺皮質(zhì)*亞型
Targeted Assessment of G0S2
Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype
of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.
(IF= 10.199)
研究者分析了ACC-TCGA數(shù)據(jù)，在114例腎上腺皮質(zhì)**的**隊列中鑒定了一個在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2，并通過高通量BSP得到驗證。G0S2基因CpG島高甲基化**預(yù)測不良臨床后果，是ACC快速復(fù)發(fā)或致死的標(biāo)志。評估G0S2甲基化對臨床決策是直接可行的，并有助于對侵襲性ACC進行有效輔助***。 WGBS和RRBS都是金標(biāo)準(zhǔn)技術(shù), CNS發(fā)表文章都很多，廣發(fā)被接受。
隨著二代測序技術(shù)的告訴發(fā)展，測序成本大幅度下降，使得真正實現(xiàn)全基因組甲基化分析的研究成為可能。隨著人類甲基化圖譜繪制成功，已經(jīng)陸續(xù)有多個物種的甲基化圖譜構(gòu)建完成。研究者將傳統(tǒng)的DNA甲基化檢測方法，如亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測序相結(jié)合，可以實現(xiàn)單堿基精度的甲基化圖譜的構(gòu)建。此外將成熟的MeDIP技術(shù)與二代測序相結(jié)合，可以快速有效地尋找基因組上的甲基化區(qū)域，從而比較不同細(xì)胞、組織、甚至疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異。因此該技術(shù)也特別適用于大樣本量的疾病表觀研究。第三代測序技術(shù)的出現(xiàn)，更是讓甲基化的直接測定成為可能。一年前，美國PacificBiosciences公司利用獨有的單分子實時(SMRT)測序技術(shù)，直接測定了DNA的甲基化。這項成果發(fā)表在《NatureMethods》雜志上。 焦磷酸測序能提供雜合子缺失及細(xì)菌和病毒分型等技術(shù)服務(wù)。廣東MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)
5hmc是發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動物的“第六堿基”。北京MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)
發(fā)育基因的表觀突變是養(yǎng)殖歐洲鱸魚開始馴化的基礎(chǔ)
Epimutations in developmental
genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)
本研究通過RRBS測序，比較了早期馴化的
(n=12)與野生的(n=12)
歐洲鱸魚在馴化過程中DNA甲基化變化，發(fā)現(xiàn)早期馴化的鱸魚與野生的沒有遺傳差異，但在不同胚胎起源的組織中發(fā)生DNA甲基化變化。這些甲基化突變與經(jīng)過25年選擇性育種后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多態(tài)性***重疊，表觀突變基因與正選擇基因一致。結(jié)果表明馴化初始階的表觀變異是一個重要事件。 北京MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)