常州ATAC測序公司

來源: 發(fā)布時間:2022-06-03

烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業(yè),為科研學(xué)者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù),先后經(jīng)歷基因芯片時代、基因測序、轉(zhuǎn)錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,單細胞測序進入發(fā)展的快車道,烈冰作為國內(nèi)首批引進單細胞實驗雙平臺的公司,依托自主研發(fā)的NovelBrain?生物大數(shù)據(jù)分析平臺,為用戶提供一站式全流程的單細胞測序服務(wù)和解決方案。4年的單細胞技術(shù)的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、胰腺、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細胞類型,1000+靶標(biāo)基因,10000+樣本處理經(jīng)驗。單細胞測序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣,為從多維度揭示疾病進展提供了強有力的工具。常州ATAC測序公司

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以用單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析策略進行分析,例如,利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時期特定空間區(qū)域內(nèi)的信號通路及其關(guān)鍵基因的較大情況,揭示在特定發(fā)育時期特定區(qū)域內(nèi)發(fā)生的生物學(xué)過程。針對任何一個基因,空間轉(zhuǎn)錄組可以顯示表達該基因的點陣及其空間排布;單細胞轉(zhuǎn)錄組可以給出該基因表達的細胞類群;原位測序可以給出該基因在細胞內(nèi)的表達狀況。通過不同發(fā)育時間點的信息比較,可以分析細胞類群在某個部位在不同時間點的差異,給出其在細胞內(nèi)的真實的演變狀況。武漢單細胞BCR測序平臺附加流式分選細胞表面Marker,對于較低分辨率的標(biāo)志物也能有效鑒定,助力高要求測序項目。

單細胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定? 烈冰2000+項目消化經(jīng)驗,100+組織類型解離protocol,精心設(shè)計不同組織實驗的解離、細胞懸浮實驗體系,確保單細胞的獲得。 凍存樣本無法實驗,珍貴樣本無法使用? 烈冰采用國際認可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細胞過濾技術(shù),確保凍存組織使用。 珍貴樣本,細胞數(shù)量太少,消化背景雜無法做單細胞? 采用國際認可的10X Genomics,BD Rhapsody雙平臺模式,根據(jù)樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細胞量少,背景雜也能做單細胞。 PCR Bias干擾基因表達? 采用BD單細胞UMI Barcode技術(shù)構(gòu)建PCR無偏文庫,克服擴增偏差,更準(zhǔn)確地計算轉(zhuǎn)錄水平。 單細胞RNA分類精度不足,部分細胞無法細分? 烈冰同時采用單細胞蛋白質(zhì)組與單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),真正做到從上游到下游的全線檢測,確保超高的細胞分類精度。

reads數(shù)、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn),每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某一疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等,他們的基因表達數(shù)較高,甚至可以超過1萬,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時,需要考察實際組織的細胞組成。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,針對不同平臺的數(shù)據(jù),制定多套流程;

單細胞測序結(jié)果動輒上百G數(shù)據(jù)量,龐大的數(shù)據(jù)對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):單細胞測序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列,不可避免的會出現(xiàn)低質(zhì)量的測序結(jié)果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質(zhì)量評估就會變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過測序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來表征,即堿基測序結(jié)果的錯誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后第一步的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性,為后續(xù)細胞類型鑒定準(zhǔn)確和功能分析打下堅實基礎(chǔ)。全線搭建10x Genomics單細胞測序平臺。杭州單細胞多組學(xué)測序平臺

單細胞測序數(shù)據(jù)分析,認準(zhǔn)烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺。常州ATAC測序公司

細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析。但是單細胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結(jié)構(gòu),無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,獲得細胞/基因的空間表達特異性。常州ATAC測序公司

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司位于閔行區(qū)新駿環(huán)路138號2幢2F,交通便利,環(huán)境優(yōu)美,是一家服務(wù)型企業(yè)。公司致力于為客戶提供安全、質(zhì)量有保證的良好產(chǎn)品及服務(wù),是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè)。以滿足顧客要求為己任;以顧客永遠滿意為標(biāo)準(zhǔn);以保持行業(yè)優(yōu)先為目標(biāo),提供高品質(zhì)的單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學(xué)測序。烈冰生物自成立以來,一直堅持走正規(guī)化、專業(yè)化路線,得到了廣大客戶及社會各界的普遍認可與大力支持。