江蘇甲基化重測(cè)序哪里做

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-01-23

WGBS能為基因組DNA甲基化時(shí)空特異性修飾的研究提供重要技術(shù)支持,能廣泛應(yīng)用在個(gè)體發(fā)育、衰老和疾病等生命過(guò)程的機(jī)制研究中,也是各物種甲基化圖譜研究的優(yōu)先方法。常規(guī)全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)通過(guò)T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列,連接產(chǎn)物通過(guò)重亞硫酸鹽處理將未甲基化修飾的胞嘧啶C轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏,進(jìn)而通過(guò)接頭序列介導(dǎo)的 PCR 技術(shù)將尿嘧啶U轉(zhuǎn)變?yōu)樾叵汆奏。上海翼和是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,上海市高新技術(shù)企業(yè),至今已有十六年的歷史。全基因組DNA甲基化測(cè)序是用 Bisulfite 處理DNA序列。江蘇甲基化重測(cè)序哪里做

DNA甲基化屬于表觀遺傳的范疇。表觀遺傳屬于一種可以對(duì)環(huán)境產(chǎn)生應(yīng)答和改變的遺傳機(jī)制。機(jī)體細(xì)胞在經(jīng)歷脅迫、創(chuàng)傷等環(huán)境變化后,會(huì)產(chǎn)生特定的應(yīng)答,并往往會(huì)用DNA甲基化、組蛋白修飾等形式將應(yīng)激的模式記錄在DNA修飾中。這種脅迫記憶可以幫助細(xì)胞在面臨下一次應(yīng)激的時(shí)候快速適應(yīng)。同時(shí),這種表觀修飾可以通過(guò)遺傳的方式傳遞給下一代細(xì)胞。對(duì)于高等動(dòng)植物,通常壽命都比較漫長(zhǎng)。在漫長(zhǎng)的一生中,一方面機(jī)體會(huì)經(jīng)歷大量的環(huán)境應(yīng)答,另一方面細(xì)胞將會(huì)分裂多代。那么機(jī)體就更需要將應(yīng)答的信息,存儲(chǔ)在DNA甲基化中傳遞給后代的細(xì)胞,以提高這個(gè)物種的環(huán)境適應(yīng)能力。南京目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序報(bào)告機(jī)體細(xì)胞在經(jīng)歷脅迫、創(chuàng)傷等環(huán)境變化后,會(huì)產(chǎn)生特定的應(yīng)答,并往往會(huì)用DNA甲基化記錄在DNA修飾中。

DNA去甲基化分為兩類(lèi):主動(dòng)去甲基化(Active DNA Demethylation)和被動(dòng)去甲基化(Passive DNA Demethylation)。基因組甲基化模式的形成主要依賴于主動(dòng)去甲基化,主要涉及一類(lèi)具有DNA去甲基化功能的蛋白,可能存在的五種機(jī)制a. DNA轉(zhuǎn)葡糖基酶參與的堿基切除修復(fù)(base excision repair;BER):5-mC 由DNA 轉(zhuǎn)葡糖基酶直接去除。此途徑主要存在于植物體內(nèi),動(dòng)物體內(nèi)也可能存在。b.脫氨酶參與的堿基切除修復(fù):5-mC 脫氨變成胸腺嘧啶T,形成G/T 錯(cuò)配,進(jìn)入BER 途徑。這一途徑主要存在于動(dòng)物體中,植物體中也可能存在。c.核苷酸外切修復(fù)機(jī)制(nucleotide excision repair;NER):直接移除甲基化的CpG 二核苷酸。d.氧化去甲基化:發(fā)生氧化反應(yīng)打開(kāi)碳-碳鍵,直接去除甲基基團(tuán)。e.水解去甲基化:水解胞嘧啶的甲基基團(tuán),使其以甲醇的形式被釋放。DNA被動(dòng)去甲基化是指當(dāng)DNMTs活性被抑制或濃度過(guò)低時(shí),無(wú)法維持原有的甲基化狀態(tài),使DNA甲基化程度降低的過(guò)程,這類(lèi)去甲基化通常發(fā)生在細(xì)胞復(fù)制的兩個(gè)周期之間,涉及到某些可與DNMTs結(jié)合的因子,其結(jié)合后形成的復(fù)合物可以阻止DNMTs與DNA的結(jié)合。

DNA 甲基化是早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾方式之一,可能存在于所有高等生物中。DNA 甲基化能關(guān)閉某些基因的活性,去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達(dá)。甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鳥(niǎo)嘌呤。原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化,而真核生物中甲基化發(fā)生于胞嘧啶。DNA 的甲基化是在DNA 甲基化轉(zhuǎn)移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?'甲基胞嘧啶。這種DNA 修飾方式并沒(méi)有改變基因序列,但是它調(diào)控了基因的表達(dá)。DNA甲基化測(cè)序可在全基因組水平上比較大限度的、完整的獲取甲基化狀態(tài)信息和與基因表達(dá)調(diào)控的多重關(guān)系.

DNA甲基化是指針對(duì)DNA序列上的CpG島,由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。其中,5’甲基胞嘧啶(5mC) 的甲基化是一個(gè)非常重要的表觀遺傳學(xué)修飾事件,該事件能夠調(diào)控基因活性,并影響著如細(xì)胞分化、轉(zhuǎn)錄調(diào)控和染色質(zhì)重塑等生物學(xué)過(guò)程。重亞硫酸鹽測(cè)序可以從單個(gè)堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。首先,利用重?zé)熈蛩猁}對(duì)基因組DNA進(jìn)行處理,將未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基變成尿嘧啶。而發(fā)生了甲基化的胞嘧啶未發(fā)生脫氨基,因而,可以基于此將經(jīng)重亞硫酸鹽處理的和未處理的測(cè)序樣本進(jìn)行比較來(lái)發(fā)現(xiàn)甲基化的位點(diǎn)。表觀遺傳學(xué)研究已經(jīng)證實(shí)了特定基因區(qū)域的DNA甲基化修飾對(duì)于染色體構(gòu)象、基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制有著重要影響。廣州目標(biāo)位點(diǎn)甲基化重測(cè)序送樣要求

DNA復(fù)制后胞嘧啶的甲基化會(huì)改變DNA的構(gòu)象,使DNA的大溝無(wú)法與DNA結(jié)合蛋白正常結(jié)合。江蘇甲基化重測(cè)序哪里做

DNA甲基化可以抑制基因表達(dá)。其機(jī)制是當(dāng)DNA甲基化出現(xiàn)在啟動(dòng)子區(qū),其會(huì)強(qiáng)化啟動(dòng)子序列的異染色質(zhì)化(染色體擰巴在一起),而使轉(zhuǎn)錄起始復(fù)合物無(wú)法接近和結(jié)合,從而強(qiáng)化基因的轉(zhuǎn)錄抑制。只有保持開(kāi)放性常染色質(zhì)狀態(tài)的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn),才能保證轉(zhuǎn)錄起始蛋白復(fù)合物可接近并結(jié)合這個(gè)區(qū)域,從而保證基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)。當(dāng)DNA甲基化出現(xiàn)在編碼基因不同區(qū)域的時(shí)候(上游,基因區(qū)或下游),其對(duì)基因表達(dá)的影響也是不同的。同時(shí),DNA甲基化不僅只影響基因轉(zhuǎn)錄,實(shí)際上其與組蛋白修飾、DNA突變、小RNA表達(dá)等都有非常復(fù)雜的相互調(diào)控作用。江蘇甲基化重測(cè)序哪里做

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