SNP指的是DNA序列上發(fā)生的單個核苷酸堿基之間的變異。SNP根據(jù)所處核酸位置不同,其預(yù)測的生物學(xué)功能不同,可以分為有***生物學(xué)意義和無***生物學(xué)意義的SNP。有生物學(xué)意義的SNP往往影響蛋白結(jié)構(gòu),表達,剪切等。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會理事單位,至今已有十六年歷史,專注于為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類分子遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和質(zhì)控試劑盒?;谧灾髦R產(chǎn)權(quán)的多重PCR技術(shù),翼和生物研發(fā)和改良了適用于熒光定量PCR、一代測序和二代高通量測序平臺的多種檢測技術(shù)和產(chǎn)品,逐步形成了在細胞組織和動物模型質(zhì)控、大健康檢測和科學(xué)研究3大板塊產(chǎn)品布局。多態(tài)性是一個群體概念,多態(tài)性指這個差異占群體的1%以上。否則就叫突變(小于1%)。江蘇高同源序列分型技術(shù)服務(wù)
理論上講,SNP既可能是二等位多態(tài)性,也可能是3個或4個等位多態(tài)性,但實際上,后兩者非常少見,幾乎可以忽略。因此,通常所說的SNP都是二等位多態(tài)性的。這種變異可能是轉(zhuǎn)換(C T,在其互補鏈上則為G A),也可能是顛換(C A,G T,C G,A T)。轉(zhuǎn)換的發(fā)生率總是明顯高于其它幾種變異,具有轉(zhuǎn)換型變異的SNP約占2/3,其它幾種變異的發(fā)生幾率相似。Wang等的研究也證明了這一點。轉(zhuǎn)換的幾率之所以高,可能是因為CpG二核苷酸上的胞嘧啶殘基是人類基因組中,易發(fā)生突變的位點,其中大多數(shù)是甲基化的,可自發(fā)地脫去氨基而形成胸腺嘧啶。在基因組DNA中,任何堿基均有可能發(fā)生變異,因此SNP既有可能在基因序列內(nèi),也有可能在基因以外的非編碼序列上??偟膩碚f,位于編碼區(qū)內(nèi)的SNP(coding SNP,cSNP)比較少,因為在外顯子內(nèi),其變異率*及周圍序列的1/5.但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義,因此cSNP的研究更受關(guān)注。江蘇SNP基因分型分析單核苷酸多態(tài)性(SNP),主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。
1. SNP數(shù)量多,分布比較常見。據(jù)估計,人類基因組中每1000個核苷酸就有一個SNP,人類30億堿基***有300萬以上的SNPs.SNP 遍布于整個人類基因組中,根據(jù)SNP在基因中的位置,可分為基因編碼區(qū)SNPs(Coding-region SNPs,cSNPs)、基因周邊SNPs(Perigenic SNPs,pSNPs)以及基因間SNPs(Intergenic SNPs,iSNPs)等三類。2、 SNP適于快速、規(guī)模化篩查。組成DNA的堿基雖然有4種,但SNP一般只有兩種堿基組成,所以它是一種二態(tài)的標(biāo)記,即二等位基因(biallelic)。 由于SNP的二態(tài)性,非此即彼,在基因組篩選中SNPs往往只需+/-的分析,而不用分析片段的長度,這就利于發(fā)展自動化技術(shù)篩選或檢測SNPs.3、SNP等位基因頻率的容易估計。采用混和樣本估算等位基因的頻率是種高效快速的策略。該策略的原理是:首先選擇參考樣本制作標(biāo)準(zhǔn)曲線,然后將待測的混和樣本與標(biāo)準(zhǔn)曲線進行比較,根據(jù)所得信號的比例確定混和樣本中各種等位基因的頻率。4、易于基因分型。SNPs的二態(tài)性,也有利于對其進行基因分型。
Hi-SNP結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測序技術(shù),對需要檢測的位點設(shè)計特異性引物,在單管內(nèi)進行多重PCR擴增,不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分?;旌蠘颖竞?,在Ion Proton/Ion Torrent平臺上,對擴增子進行高通量測序。測序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法,區(qū)分不同的樣本,,終獲得每個位點的SNP信息。高通量測序能一次對幾百萬條DNA分子進行序列測定,相比其他的SNP檢測技術(shù),基于高通量測序的SNP分型具有更準(zhǔn)確、更靈敏的特點。上海翼和生物提供高同源區(qū)段SNP分型服務(wù)。
在植物基因組研究中,大量的多倍體植物基因組中同樣存在大量的高同源序列。
常見的SNP既可以出現(xiàn)在基因編碼區(qū),也可以出現(xiàn)在非編碼區(qū),雖然發(fā)生在編碼區(qū)的概率相對較小,但會影響基因的功能,導(dǎo)致生物性狀改變,在遺傳性疾病的研究中具有非常重要的意義。SNP作為第三代遺傳標(biāo)記,其分布密度高,遍布于整個動物和人類基因組中;與功能基因具有高度關(guān)聯(lián)性;突變率低,遺傳穩(wěn)定性強;檢測通量高便于自動化分析。某些SNP位點并不直接與疾病基因的表達相關(guān)聯(lián),但因為它與某些致病基因相鄰,所以成為重要的遺傳標(biāo)記。只要這個突變?nèi)簺]有達到總?cè)后w的1%,它就只是一個突變株/系。達到了1%就是多態(tài)性了。山東同源區(qū)段SNP分型哪里做
多重長片段巢式PCR技術(shù),對幾個幾十個高同源SNP位點、大量樣本的分型項目都適用。江蘇高同源序列分型技術(shù)服務(wù)
上海翼和生物基于自主知識產(chǎn)權(quán)的多重PCR捕獲技術(shù),結(jié)合特色的生信分析方法,開發(fā)了基于多重PCR的多倍體擴增子測序SNP分型,**提高了SNP分型的準(zhǔn)確度。二代測序得到單分子序列信息,通過特色生信分析方法,對混合結(jié)果進行有效拆分,準(zhǔn)確地將測序reads比對到亞基因組,拆分亞基因組同原序列,排除PSV和HSV的干擾,從而對多倍體物種進行SNP精細分型。應(yīng)用方向農(nóng)口:全基因組SNP基因型分析;QTL定位及基因定位;發(fā)現(xiàn)優(yōu)良等位變異;開發(fā)功能標(biāo)記;定制育種Panel;分子標(biāo)記輔助選擇育種;遺傳材料前景及背景選擇;全基因組選擇;親緣關(guān)系鑒定、DNA指紋圖譜、品種鑒定;遺傳多樣性評價;群體遺傳結(jié)構(gòu)分析。江蘇高同源序列分型技術(shù)服務(wù)
上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司主要經(jīng)營范圍是醫(yī)藥健康,擁有一支專業(yè)技術(shù)團隊和良好的市場口碑。公司自成立以來,以質(zhì)量為發(fā)展,讓匠心彌散在每個細節(jié),公司旗下細胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測,生物技術(shù)服務(wù)深受客戶的喜愛。公司從事醫(yī)藥健康多年,有著創(chuàng)新的設(shè)計、強大的技術(shù),還有一批**的專業(yè)化的隊伍,確保為客戶提供良好的產(chǎn)品及服務(wù)。翼和生物立足于全國市場,依托強大的研發(fā)實力,融合前沿的技術(shù)理念,飛快響應(yīng)客戶的變化需求。