江蘇目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序哪個(gè)公司做

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2021-12-03

Hi-Methylseq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測(cè)序技術(shù),可實(shí)現(xiàn)多區(qū)段、多位點(diǎn)的甲基化精確定量分析,適用于感興趣的目的片段的甲基化研究和在大樣本中進(jìn)一步確認(rèn)全基因組甲基化研究挑選的陽(yáng)性位點(diǎn)。采用翼和自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的多重PCR捕獲技術(shù),確保目的片段有效富集,經(jīng)亞硫酸氫鹽處理后,DNA序列復(fù)雜度嚴(yán)重降低,嚴(yán)格控制建庫(kù)PCR的循環(huán)數(shù),降低非特異性擴(kuò)增,通過(guò)將參考序列中的C堿基全部替換為T堿基,然后將測(cè)序reads比對(duì)到轉(zhuǎn)換后的參考序列上,針對(duì)每一個(gè)CpG位點(diǎn),統(tǒng)計(jì)C和T堿基的讀數(shù)(類似于SNP calling),來(lái)判斷該位點(diǎn)的甲基化。亞硫酸氫鹽處理能夠?qū)⒒蚪M中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U,進(jìn)行PCR擴(kuò)增后變成T。江蘇目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序哪個(gè)公司做

亞硫酸氫鈉修飾后測(cè)序法是一種對(duì)DNA進(jìn)行亞硫酸氫鈉處理、聚合酶鏈反應(yīng)擴(kuò)增與DNA測(cè)序相結(jié)合的方法,能夠提供測(cè)定區(qū)域的序列信息,準(zhǔn)確定位甲基化胞嘧啶位點(diǎn);重亞硫酸鹽修飾后,甲基化胞嘧啶保持不變,但非甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏?,PCR擴(kuò)增后為胸腺嘧啶,其將甲基化狀態(tài)的差異轉(zhuǎn)化成堿基的差異,從而對(duì)胞嘧啶的甲基化狀態(tài)進(jìn)行分析;但在亞硫酸鈉處理的酸性環(huán)境下,單鏈特異性PCR模板穩(wěn)定性下降,容易降解;并且模板鏈CG二核苷酸水平高易形成復(fù)雜的二級(jí)結(jié)構(gòu),常出現(xiàn)非特異性條帶,結(jié)合“巢式PCR法”能明顯提高擴(kuò)增的特異度。上海目標(biāo)區(qū)間甲基化重測(cè)序報(bào)告DNA甲基化是指針對(duì)DNA序列上的CpG島,由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。

目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測(cè)序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因組甲基化測(cè)序、全基因組甲基化芯片等工作基礎(chǔ)上,或者依據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道目的基因甲基化與性狀/疾病關(guān)聯(lián),選擇感興趣的目的區(qū)間或候選基因,利用Hi-MethylSeq技術(shù)對(duì)大規(guī)模群體的候選基因甲基化水平進(jìn)行檢測(cè)。Hi-MethylSeq技術(shù)通過(guò)亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴(kuò)增目的片段,添加barcode和測(cè)序通用接頭,在Illumina X10二代測(cè)序平臺(tái)對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序,利用生物信息學(xué)方法,精確定量計(jì)算目標(biāo)區(qū)間內(nèi)的甲基化位點(diǎn)的甲基化狀態(tài),在完成目標(biāo)區(qū)域檢測(cè)的同時(shí)大幅降低研究費(fèi)用。

DNA甲基化一般是指DNA復(fù)制后,在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下,將S-腺甘酰甲硫氨酸分子上的甲基轉(zhuǎn)移到DNA分子中胞嘧啶殘基的第5位碳原子上,形成5-甲基胞嘧啶的過(guò)程,它是真核細(xì)胞生物基因組重要的修飾方式之一。DNA甲基化包括從頭甲基化和維持甲基化2種模式。從頭甲基化是指在從未發(fā)生甲基化的位點(diǎn)上發(fā)生甲基化修飾,建立DNA甲基化的過(guò)程;而維持甲基化是指維持甲基化的酶可識(shí)別新合成的半甲基化雙鏈DNA,并將甲基添加到新鏈的非甲基化胞嘧啶上。DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?'甲基胞嘧啶。

DNA甲基化是表觀遺傳修飾的主要方式,能在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現(xiàn)。為外遺傳編碼(epigenetic code)的一部分,是一種外遺傳機(jī)制。DNA甲基化過(guò)程會(huì)使甲基添加到DNA分子上,例如在胞嘧啶環(huán)的5'碳上:這種5'方向的DNA甲基化方式可見(jiàn)於所有脊椎動(dòng)物。在人類細(xì)胞內(nèi),大約有1%的DNA堿基受到了甲基化。在成熟體細(xì)胞組織中,DNA甲基化一般發(fā)生於CpG雙核苷酸(CpG dinucleotide)部位;而非CpG甲基化則於胚胎干細(xì)胞中較為常見(jiàn)。植物體內(nèi)胞嘧啶的甲基化則可分為對(duì)稱的CpG(或CpNpG),或是不對(duì)稱的CpNpNp形式(C與G是堿基;p是磷酸根;N指的是任意的核苷酸)。特定胞嘧碇受甲基化的情形,可利用亞硫酸鹽定序(bisulfite sequencing)方式測(cè)定。DNA甲基化可能使基因沉默化,進(jìn)而使其失去功能。此外,也有一些生物體內(nèi)不存在DNA甲基化作用。WGBS的流程與全基因組DNA測(cè)序主要區(qū)別于DNA文庫(kù)的構(gòu)建。杭州目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序哪里好

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DNA甲基化是表觀遺傳調(diào)控的常見(jiàn)機(jī)制。啟動(dòng)子區(qū)域的高度甲基化可導(dǎo)致基因表達(dá)改變。甲基化多發(fā)生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在細(xì)胞和組織分化、疾病發(fā)生以及適應(yīng)環(huán)境等過(guò)程中,甲基化狀態(tài)可發(fā)生改變。高精確度全基因組甲基化修飾狀態(tài)的分析,將為發(fā)育、育種、tumour標(biāo)志物鑒定或藥物靶標(biāo)尋找等研究奠定基礎(chǔ)。全基因組甲基化測(cè)序結(jié)合了亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化(bisulfite conversion)方法與新一代高通量測(cè)序技術(shù),可在單堿基分辨率水平上高效地檢測(cè)全基因組DNA甲基化狀態(tài)。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴(kuò)增所需片段,則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶。對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序,與參考序列比對(duì),即可判斷CpG/CHG/CHH位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化。江蘇目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序哪個(gè)公司做

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