CPG島甲基化重測序怎么解決

來源: 發(fā)布時(shí)間:2021-10-10

WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因組甲基化測序,利用重亞硫酸氫鹽使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶(C)脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶保持不變,然后通過PCR將U變?yōu)锳,*有甲基化的C可以成功保留,***通過測序就可判斷CpG位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化。特點(diǎn)是精確度高、重復(fù)性好,檢測范圍廣,可以覆蓋全基因組范圍內(nèi)的每一個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài);但需要的數(shù)據(jù)量比較大,成本較高。上海翼和生物是上海市遺傳學(xué)會理事單位,上海市高新技術(shù)企業(yè),至今已有16年的歷史。翼和生物目標(biāo)區(qū)域甲基化項(xiàng)目結(jié)合亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化和多重PCR擴(kuò)增建庫測序技術(shù),對目標(biāo)區(qū)域甲基化位點(diǎn)進(jìn)行分析。CPG島甲基化重測序怎么解決

DNA甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)和少量的N6-甲基嘌呤(N6-mA)及7-甲基鳥嘌呤(7-mG)。結(jié)構(gòu)基因含有很多CPG結(jié)構(gòu), 2CPG 和2GPC 中兩個(gè)胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個(gè)甲基集團(tuán)在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結(jié)構(gòu)?;蚪M中60%~ 90% 的CPG 都被甲基化, 未甲基化的CPG 成簇地組成CPG 島,位于結(jié)構(gòu)基因啟動(dòng)子的core序列和轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)。有實(shí)驗(yàn)證明超甲基化阻遏轉(zhuǎn)錄的進(jìn)行。DNA 甲基化可引起基因組中相應(yīng)區(qū)域染色質(zhì)結(jié)構(gòu)變化, 使DNA 失去核酶ö限制性內(nèi)切酶的切割位點(diǎn), 以及DNA 酶的敏感位點(diǎn), 使染色質(zhì)高度螺旋化, 凝縮成團(tuán), 失去轉(zhuǎn)錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導(dǎo)致基因置換突變, 發(fā)生堿基錯(cuò)配: T2G, 如果在細(xì)胞分裂過程中不被糾正,就會誘發(fā)遺傳病或cancer, 而且, 生物體甲基化的方式是穩(wěn)定的, 可遺傳的。河南亞硫酸鹽甲基化重測序公司重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測序法基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化學(xué)轉(zhuǎn)化,即用重亞硫酸鹽處理基因組DNA。

亞硫酸氫鹽測序法用亞硫酸氫鈉對 DNA 進(jìn)行化學(xué)處理會使甲基化特異性序列變異,從而可以通過NGS進(jìn)行定位和量化,主要的DNA甲基化數(shù)據(jù)分析流程:獲得DNA甲基化數(shù)據(jù)之后,首先,需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和質(zhì)量的基本控制,包括原始測序和芯片數(shù)據(jù)的讀取、轉(zhuǎn)換到產(chǎn)生準(zhǔn)確的DNA甲基化圖譜;其次,需要對DNA甲基化位點(diǎn)的結(jié)果進(jìn)行可視化,并且利用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法鑒定樣本特異性差異的DNA甲基化位點(diǎn);第三,驗(yàn)證 DNA 甲基化差異位點(diǎn),并且對其進(jìn)行生物學(xué)解釋。

全基因組甲基化測序結(jié)合了亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化(bisulfiteconversion)方法與新一代高通量測序技術(shù),可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態(tài)。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴(kuò)增所需片段,則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶。對PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化。上海翼和生物是上海市遺傳學(xué)會理事單位,上海市高新技術(shù)企業(yè),至今已有16年的歷史。Hi-Methylseq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測序技術(shù),可實(shí)現(xiàn) 多區(qū)段、多位點(diǎn)的甲基化精確定量分析。

DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)制在許多關(guān)鍵的生物學(xué)過程如發(fā)育及疾病的進(jìn)展中扮演著重要的作用,相對于基于PCR、芯片等傳統(tǒng)檢測手段,全基因組亞硫酸氫鹽測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 技術(shù)可通過將高效的亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測序文庫構(gòu)建方法相結(jié)合 (Post-BS WGBS),可在單堿基的分辨率下對來自更多樣本基因組中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行準(zhǔn)確的分析,既可以覆蓋所有甲基化位點(diǎn),還能夠配合靶向技術(shù)檢測低頻甲基化信號,已成為目前在業(yè)界受到普遍關(guān)注的一種主流方法。目標(biāo)區(qū)域甲基化重測序(Hi-Methylseq)結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測序技術(shù)。天津全基因組甲基化重測序送樣要求

甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)是亞硫酸氫鹽測序法.CPG島甲基化重測序怎么解決

DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyl-transferase, DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作為甲基供體,將胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?-甲基胞嘧啶(mC)的一種反應(yīng),在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是存在的化學(xué)性修飾堿基。CG二核苷酸是**主要的甲基化位點(diǎn),它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區(qū)域,在哺乳動(dòng)物中mC約占C總量的2-7%。甲基化檢測服務(wù)-亞硫酸氫鈉處理后測序法 (bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亞硫酸氫鈉發(fā)生脫氨基變?yōu)槟蜞奏さ脑?,用兩一特異性引物擴(kuò)增后測序。測序法克服了只能針對單個(gè)位點(diǎn)檢測,并且這些位點(diǎn)必須是限制性內(nèi)切酶識別位點(diǎn)的缺點(diǎn),可以對任何基因序列的甲基化狀態(tài)進(jìn)行檢測。CPG島甲基化重測序怎么解決

上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司致力于醫(yī)藥健康,是一家服務(wù)型公司。公司自成立以來,以質(zhì)量為發(fā)展,讓匠心彌散在每個(gè)細(xì)節(jié),公司旗下細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測,生物技術(shù)服務(wù)深受客戶的喜愛。公司秉持誠信為本的經(jīng)營理念,在醫(yī)藥健康深耕多年,以技術(shù)為先導(dǎo),以自主產(chǎn)品為重點(diǎn),發(fā)揮人才優(yōu)勢,打造醫(yī)藥健康良好品牌。翼和生物憑借創(chuàng)新的產(chǎn)品、專業(yè)的服務(wù)、眾多的成功案例積累起來的聲譽(yù)和口碑,讓企業(yè)發(fā)展再上新高。