表觀遺傳學(xué)研究已經(jīng)證實了特定基因區(qū)域的DNA甲基化修飾對于染色體構(gòu)象、基因表達(dá)調(diào)控機制有著重要影響,而全基因組DNA甲基化研究將是表觀基因組學(xué)為關(guān)注的內(nèi)容之一。Bisulfite處理能夠?qū)⒒蚪M中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U,進行PCR擴增后變成T,與原本具有甲基化修飾的C堿基區(qū)分開來,再結(jié)合高通量測序技術(shù),可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。特定物種的高精確度甲基化修飾模式的分析,必將在表觀基因組學(xué)研究中具有里程碑式的意義,并且為細(xì)胞分化、組織發(fā)育等基礎(chǔ)機制研究,以及動植物育種、人類健康與疾病研究奠定基礎(chǔ)。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。南京目標(biāo)區(qū)段甲基化重測序技術(shù)服務(wù)
在表觀遺傳中,DNA甲基化修飾具有非常重要的地位。其中胞嘧啶雜環(huán)5號位的甲基化修飾,又稱作5-甲基胞嘧啶(5mC),是**常見的甲基化修飾方式,也是迄今為止研究**為普遍的DNA甲基化修飾方式。一般認(rèn)為當(dāng)DNA甲基化出現(xiàn)在基因啟動子區(qū),就會抑制基因轉(zhuǎn)錄,從而起到負(fù)調(diào)控的作用。DNA甲基化的形成機制,包括從頭合成(de novo),甲基化的維持(Maintenance)和去甲基化(Demethylation),這些過程分別由不同的基因和通路調(diào)控。這些基因和通路在動植物中即保守,又有所區(qū)別。浙江CPG島甲基化重測序哪個公司做重亞硫酸鹽測序本質(zhì)上就是重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與二代測序(NGS)的結(jié)合。
DNA甲基化可以抑制基因表達(dá)。其機制是當(dāng)DNA甲基化出現(xiàn)在啟動子區(qū),其會強化啟動子序列的異染色質(zhì)化(染色體擰巴在一起),而使轉(zhuǎn)錄起始復(fù)合物無法接近和結(jié)合,從而強化基因的轉(zhuǎn)錄抑制。只有保持開放性常染色質(zhì)狀態(tài)的轉(zhuǎn)錄起始位點,才能保證轉(zhuǎn)錄起始蛋白復(fù)合物可接近并結(jié)合這個區(qū)域,從而保證基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)。當(dāng)DNA甲基化出現(xiàn)在編碼基因不同區(qū)域的時候(上游,基因區(qū)或下游),其對基因表達(dá)的影響也是不同的。同時,DNA甲基化不僅只影響基因轉(zhuǎn)錄,實際上其與組蛋白修飾、DNA突變、小RNA表達(dá)等都有非常復(fù)雜的相互調(diào)控作用。
DNA去甲基化分為兩類:主動去甲基化(Active DNA Demethylation)和被動去甲基化(Passive DNA Demethylation)?;蚪M甲基化模式的形成主要依賴于主動去甲基化,主要涉及一類具有DNA去甲基化功能的蛋白,可能存在的五種機制a. DNA轉(zhuǎn)葡糖基酶參與的堿基切除修復(fù)(base excision repair;BER):5-mC 由DNA 轉(zhuǎn)葡糖基酶直接去除。此途徑主要存在于植物體內(nèi),動物體內(nèi)也可能存在。b.脫氨酶參與的堿基切除修復(fù):5-mC 脫氨變成胸腺嘧啶T,形成G/T 錯配,進入BER 途徑。這一途徑主要存在于動物體中,植物體中也可能存在。c.核苷酸外切修復(fù)機制(nucleotide excision repair;NER):直接移除甲基化的CpG 二核苷酸。d.氧化去甲基化:發(fā)生氧化反應(yīng)打開碳-碳鍵,直接去除甲基基團。e.水解去甲基化:水解胞嘧啶的甲基基團,使其以甲醇的形式被釋放。DNA被動去甲基化是指當(dāng)DNMTs活性被抑制或濃度過低時,無法維持原有的甲基化狀態(tài),使DNA甲基化程度降低的過程,這類去甲基化通常發(fā)生在細(xì)胞復(fù)制的兩個周期之間,涉及到某些可與DNMTs結(jié)合的因子,其結(jié)合后形成的復(fù)合物可以阻止DNMTs與DNA的結(jié)合。如果在細(xì)胞分裂過程中不被糾正,就會誘發(fā)遺傳病或tumour,而且,生物體甲基化的方式是穩(wěn)定的, 可遺傳的。
DNA 甲基化是早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾方式之一,可能存在于所有高等生物中。DNA 甲基化能關(guān)閉某些基因的活性,去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達(dá)。甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鳥嘌呤。原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化,而真核生物中甲基化發(fā)生于胞嘧啶。DNA 的甲基化是在DNA 甲基化轉(zhuǎn)移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?'甲基胞嘧啶。這種DNA 修飾方式并沒有改變基因序列,但是它調(diào)控了基因的表達(dá)。DNA甲基化幾乎只存在于CpG二核苷酸上,是一個關(guān)鍵的表觀遺傳標(biāo)記和基因表達(dá)調(diào)控因子。杭州目標(biāo)區(qū)間甲基化重測序機構(gòu)
全基因組DNA甲基化測序是用 Bisulfite 處理DNA序列。南京目標(biāo)區(qū)段甲基化重測序技術(shù)服務(wù)
5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC) 是一種常見的DNA修飾類型,能調(diào)節(jié)基因表達(dá)、轉(zhuǎn)座子及染色體的狀態(tài)等。全基因組重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的WGBS法,能夠?qū)崿F(xiàn)單堿基分辨率的甲基化位點準(zhǔn)確、高效定位。通過***分析不同處理方式下的全基因組甲基化水平,快速準(zhǔn)確鑒定出差異甲基化區(qū)域,有助于我們更加***深入地了解動、植物的甲基化模式和表觀調(diào)控機制,在動物行為、植物脅迫、植物性狀、胚胎發(fā)育、cancer疾病、生物標(biāo)記物等方面具有普遍的應(yīng)用。南京目標(biāo)區(qū)段甲基化重測序技術(shù)服務(wù)
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