目標區(qū)域甲基化重測序怎么解決

來源: 發(fā)布時間:2021-10-08

DNA甲基化是表觀遺傳學領(lǐng)域研究的重點之一。DNA甲基化是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase, 縮寫DNMT)的作用下,基因組DNA序列上CpG島的二核苷酸5′端胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 縮寫5mC)。這種DNA修飾的方式并未改變基因的序列, 但能改變某些基因的表達,從而影響生物學功能。DNA 甲基化參與眾多的細胞生命活動,包括細胞分化、組織特異性基因表達、基因組印記、X 染色體失活等。異常的 DNA 甲基化會導致發(fā)育異常、tumour等疾病的發(fā)生。常規(guī)全基因組甲基化測序技術(shù)通過T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列。目標區(qū)域甲基化重測序怎么解決

WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因組甲基化測序,利用重亞硫酸氫鹽使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶(C)脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶保持不變,然后通過PCR將U變?yōu)锳,*有甲基化的C可以成功保留,***通過測序就可判斷CpG位點是否發(fā)生甲基化。特點是精確度高、重復性好,檢測范圍廣,可以覆蓋全基因組范圍內(nèi)的每一個C堿基的甲基化狀態(tài);但需要的數(shù)據(jù)量比較大,成本較高。上海翼和生物是上海市遺傳學會理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。浙江全基因組甲基化重測序報告亞硫酸鹽處理這種方法可靠,且精確度高,能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態(tài)。

DNA甲基化可以抑制基因表達。其機制是當DNA甲基化出現(xiàn)在啟動子區(qū),其會強化啟動子序列的異染色質(zhì)化(染色體擰巴在一起),而使轉(zhuǎn)錄起始復合物無法接近和結(jié)合,從而強化基因的轉(zhuǎn)錄抑制。只有保持開放性常染色質(zhì)狀態(tài)的轉(zhuǎn)錄起始位點,才能保證轉(zhuǎn)錄起始蛋白復合物可接近并結(jié)合這個區(qū)域,從而保證基因的轉(zhuǎn)錄表達。當DNA甲基化出現(xiàn)在編碼基因不同區(qū)域的時候(上游,基因區(qū)或下游),其對基因表達的影響也是不同的。同時,DNA甲基化不僅只影響基因轉(zhuǎn)錄,實際上其與組蛋白修飾、DNA突變、小RNA表達等都有非常復雜的相互調(diào)控作用。

上海翼和生物甲基化測序采用的是重亞硫酸鹽擴增子測序法(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS),重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化是研究DNA甲基化的金標方法,該技術(shù)基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化學轉(zhuǎn)化,即用重亞硫酸鹽處理基因組DNA,非甲基化胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化胞嘧啶不發(fā)生這種轉(zhuǎn)化,從而能夠在單核苷酸水平上確定DNA甲基化(圖1)。轉(zhuǎn)化后的序列可以進行多種分析,包括重亞硫酸鹽測序、焦磷酸測序、甲基化特異性PCR、高分辨率熔解曲線分析、基于微陣列的方法和下一代測序。機體細胞在經(jīng)歷脅迫、創(chuàng)傷等環(huán)境變化后,會產(chǎn)生特定的應答,并往往會用DNA甲基化記錄在DNA修飾中。

DNA甲基化是DNA化學修飾的一種形式,能夠在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現(xiàn)。DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG兩個核苷酸中的胞嘧啶被選擇性地添加甲基基團的化學修飾現(xiàn)象,極常見的是在胞嘧啶的5號碳位置,在酶和底物的作用下,引入一個甲基基團,變成了5甲基胞嘧啶(5mC),從而改變了它的活性。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對于維持正常細胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類tumour發(fā)生,起著至關(guān)重要的作用。上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用PCR擴增目的片段,并結(jié)合二代測序平臺(illumina等主流測序平臺)并對PCR產(chǎn)物進行測序,本方案目標區(qū)域甲基化測序服務Hi-MethylSeq,在完成目標區(qū)域檢測的同時大幅降低研究費用。亞硫酸氫鹽處理是一種分類5-甲基胞嘧啶和非甲基化堿基的有效方法之一。江蘇bisulfite甲基化重測序技術(shù)服務

異常的DNA甲基化可參與調(diào)控疾病相關(guān)的分子信號通路,從而影響其正常功能。目標區(qū)域甲基化重測序怎么解決

Hi-Methylseq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴增子高通量測序技術(shù),可實現(xiàn)多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析,適用于感興趣的目的片段的甲基化研究和在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。采用翼和自主知識產(chǎn)權(quán)的多重PCR捕獲技術(shù),確保目的片段有效富集,經(jīng)亞硫酸氫鹽處理后,DNA序列復雜度嚴重降低,嚴格控制建庫PCR的循環(huán)數(shù),降低非特異性擴增,通過將參考序列中的C堿基全部替換為T堿基,然后將測序reads比對到轉(zhuǎn)換后的參考序列上,針對每一個CpG位點,統(tǒng)計C和T堿基的讀數(shù)(類似于SNP calling),來判斷該位點的甲基化。目標區(qū)域甲基化重測序怎么解決

上海翼和應用生物技術(shù)有限公司是一家服務型類企業(yè),積極探索行業(yè)發(fā)展,努力實現(xiàn)產(chǎn)品創(chuàng)新。翼和生物是一家私營有限責任公司企業(yè),一直“以人為本,服務于社會”的經(jīng)營理念;“誠守信譽,持續(xù)發(fā)展”的質(zhì)量方針。公司始終堅持客戶需求優(yōu)先的原則,致力于提供高質(zhì)量的細胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測,生物技術(shù)服務。翼和生物以創(chuàng)造***產(chǎn)品及服務的理念,打造高指標的服務,引導行業(yè)的發(fā)展。