5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC) 是一種常見(jiàn)的DNA修飾類型,能調(diào)節(jié)基因表達(dá)、轉(zhuǎn)座子及染色體的狀態(tài)等。全基因組重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的WGBS法,能夠?qū)崿F(xiàn)單堿基分辨率的甲基化位點(diǎn)準(zhǔn)確、高效定位。通過(guò)***分析不同處理方式下的全基因組甲基化水平,快速準(zhǔn)確鑒定出差異甲基化區(qū)域,有助于我們更加***深入地了解動(dòng)、植物的甲基化模式和表觀調(diào)控機(jī)制,在動(dòng)物行為、植物脅迫、植物性狀、胚胎發(fā)育、cancer疾病、生物標(biāo)記物等方面具有普遍的應(yīng)用。目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序(Hi-Methylseq)結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測(cè)序技術(shù)。安徽目標(biāo)區(qū)間甲基化重測(cè)序哪個(gè)公司做
DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyl-transferase, DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作為甲基供體,將胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?-甲基胞嘧啶(mC)的一種反應(yīng),在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是存在的化學(xué)性修飾堿基。CG二核苷酸是**主要的甲基化位點(diǎn),它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區(qū)域,在哺乳動(dòng)物中mC約占C總量的2-7%。甲基化檢測(cè)服務(wù)-亞硫酸氫鈉處理后測(cè)序法 (bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亞硫酸氫鈉發(fā)生脫氨基變?yōu)槟蜞奏さ脑?,用兩一特異性引物擴(kuò)增后測(cè)序。測(cè)序法克服了只能針對(duì)單個(gè)位點(diǎn)檢測(cè),并且這些位點(diǎn)必須是限制性內(nèi)切酶識(shí)別位點(diǎn)的缺點(diǎn),可以對(duì)任何基因序列的甲基化狀態(tài)進(jìn)行檢測(cè)。上海CPG島甲基化重測(cè)序技術(shù)服務(wù)重亞硫酸鹽測(cè)序本質(zhì)上就是重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與二代測(cè)序(NGS)的結(jié)合。
DNA去甲基化分為兩類:主動(dòng)去甲基化(Active DNA Demethylation)和被動(dòng)去甲基化(Passive DNA Demethylation)?;蚪M甲基化模式的形成主要依賴于主動(dòng)去甲基化,主要涉及一類具有DNA去甲基化功能的蛋白,可能存在的五種機(jī)制a. DNA轉(zhuǎn)葡糖基酶參與的堿基切除修復(fù)(base excision repair;BER):5-mC 由DNA 轉(zhuǎn)葡糖基酶直接去除。此途徑主要存在于植物體內(nèi),動(dòng)物體內(nèi)也可能存在。b.脫氨酶參與的堿基切除修復(fù):5-mC 脫氨變成胸腺嘧啶T,形成G/T 錯(cuò)配,進(jìn)入BER 途徑。這一途徑主要存在于動(dòng)物體中,植物體中也可能存在。c.核苷酸外切修復(fù)機(jī)制(nucleotide excision repair;NER):直接移除甲基化的CpG 二核苷酸。d.氧化去甲基化:發(fā)生氧化反應(yīng)打開(kāi)碳-碳鍵,直接去除甲基基團(tuán)。e.水解去甲基化:水解胞嘧啶的甲基基團(tuán),使其以甲醇的形式被釋放。DNA被動(dòng)去甲基化是指當(dāng)DNMTs活性被抑制或濃度過(guò)低時(shí),無(wú)法維持原有的甲基化狀態(tài),使DNA甲基化程度降低的過(guò)程,這類去甲基化通常發(fā)生在細(xì)胞復(fù)制的兩個(gè)周期之間,涉及到某些可與DNMTs結(jié)合的因子,其結(jié)合后形成的復(fù)合物可以阻止DNMTs與DNA的結(jié)合。
DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)制在許多關(guān)鍵的生物學(xué)過(guò)程如發(fā)育及疾病的進(jìn)展中扮演著重要的作用,相對(duì)于基于PCR、芯片等傳統(tǒng)檢測(cè)手段,全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 技術(shù)可通過(guò)將高效的亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建方法相結(jié)合 (Post-BS WGBS),可在單堿基的分辨率下對(duì)來(lái)自更多樣本基因組中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行準(zhǔn)確的分析,既可以覆蓋所有甲基化位點(diǎn),還能夠配合靶向技術(shù)檢測(cè)低頻甲基化信號(hào),已成為目前在業(yè)界受到普遍關(guān)注的一種主流方法。DNA甲基化在DNA復(fù)制起始、錯(cuò)配修復(fù)以及轉(zhuǎn)座子的失活等過(guò)程中對(duì)維持遺傳信息的穩(wěn)定性發(fā)揮著重要的作用。
DNA甲基化一般是指DNA復(fù)制后,在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下,將S-腺甘酰甲硫氨酸分子上的甲基轉(zhuǎn)移到DNA分子中胞嘧啶殘基的第5位碳原子上,形成5-甲基胞嘧啶的過(guò)程,它是真核細(xì)胞生物基因組重要的修飾方式之一。DNA甲基化包括從頭甲基化和維持甲基化2種模式。從頭甲基化是指在從未發(fā)生甲基化的位點(diǎn)上發(fā)生甲基化修飾,建立DNA甲基化的過(guò)程;而維持甲基化是指維持甲基化的酶可識(shí)別新合成的半甲基化雙鏈DNA,并將甲基添加到新鏈的非甲基化胞嘧啶上。DNA 甲基化能關(guān)閉某些基因的活性,去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達(dá)。南京目標(biāo)甲基化重測(cè)序分析
在前期全基因組甲基化測(cè)序等工作基礎(chǔ)上,利用Hi-MethylSeq技術(shù)對(duì)大規(guī)模群體的候選基因甲基化水平進(jìn)行檢測(cè)。安徽目標(biāo)區(qū)間甲基化重測(cè)序哪個(gè)公司做
WGBS能為基因組DNA甲基化時(shí)空特異性修飾的研究提供重要技術(shù)支持,能廣泛應(yīng)用在個(gè)體發(fā)育、衰老和疾病等生命過(guò)程的機(jī)制研究中,也是各物種甲基化圖譜研究的優(yōu)先方法。常規(guī)全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)通過(guò)T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列,連接產(chǎn)物通過(guò)重亞硫酸鹽處理將未甲基化修飾的胞嘧啶C轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏,進(jìn)而通過(guò)接頭序列介導(dǎo)的 PCR 技術(shù)將尿嘧啶U轉(zhuǎn)變?yōu)樾叵汆奏。上海翼和是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,上海市高新技術(shù)企業(yè),至今已有十六年的歷史。安徽目標(biāo)區(qū)間甲基化重測(cè)序哪個(gè)公司做
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