隨著二代測序技術(shù)的普及，相比Sanger測序，二代測序雖然降低了測序讀長，但是極大增加的測序通量同時大幅降低測序成本。利用二代測序進(jìn)行SNP分型，不僅測序讀長滿足分型需求，并且可以同時對數(shù)十?dāng)?shù)百個位點(diǎn)，上千樣本進(jìn)行分型。二代測序結(jié)果判斷準(zhǔn)確直觀，相比RFLP，Taqman，LDR等方法都通過間接結(jié)果來進(jìn)行分型結(jié)果的判定，直接測序或二代測序法分型能都直接看到位點(diǎn)具體序列情況，SNP位點(diǎn)判斷更加直觀。上海翼和專家團(tuán)隊(duì)富有開創(chuàng)精神，朝氣蓬勃，在肖君華博士的帶領(lǐng)下，秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神，為科研用戶提供性價比高、可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。對于國外SNP研究領(lǐng)域，我認(rèn)為現(xiàn)在也進(jìn)入了理性思考期。安徽微衛(wèi)星標(biāo)記strSNP分型準(zhǔn)確度高
目前市場上有多個廠家提供HRM分析的儀器，包括IdahoTechnology、Corbett（QIAGEN）、Roche等，有些是HRM的儀器，有些則是附帶HRM功能的定量PCR儀。HRM的發(fā)明者—美國猶他大學(xué)醫(yī)學(xué)院的Wittwer實(shí)驗(yàn)室曾評估了市場上多臺儀器在基因分型和突變掃描上的性能1。他們發(fā)現(xiàn)，對于大部分儀器的準(zhǔn)確基因分型來說，主要限制在于平板上的空間溫度差異（Tm的標(biāo)準(zhǔn)偏差為0.020-0.264°C）。其它差異如數(shù)據(jù)密度、信噪比和熔解速率，也會影響雜合體的掃描。經(jīng)過比較發(fā)現(xiàn)，空氣加熱型儀器以及樣品溫度單獨(dú)控制的儀器有著更低的Tm標(biāo)準(zhǔn)偏差（0.018-0.065），而加熱塊型儀器則在0.092-0.274。廣東SNP分型質(zhì)量好SNP等位基因頻率的容易估計(jì)。
TaqMan熒光探針是一種寡核苷酸探針，熒光基團(tuán)連接在探針的5’末端，而淬滅劑則在3’末端。在PCR反應(yīng)體系中加入2種不同熒光標(biāo)記的探針，它們可以分別與2個等位基因完全配對。正常情況下，由于探針5’端熒光基團(tuán)和3’端淬滅基團(tuán)緊鄰在一起，熒光被淬滅。隨著PCR有效的進(jìn)行，與模板完全配對的探針逐步被TaqDNA聚合酶5’——3’外切酶活性切割，致使探針5’端熒光基團(tuán)和3’端淬滅基團(tuán)分離，淬滅效應(yīng)解除，報(bào)告熒光基團(tuán)被，檢測到熒光信號，相反，如果模板不能完全配對的探針（另一種等位基因）不能被有效切割，因此檢測不到熒光信號，從而實(shí)現(xiàn)SNP位點(diǎn)的分型檢測。
這種熔解分析只能區(qū)分在片段大小和GC含量上差別較比較明顯的DNA序列，比如檢查PCR擴(kuò)增產(chǎn)物中是否存在引物二聚體及其他非特異性的擴(kuò)增。如果要區(qū)分SNP，分辨率還不夠。為什么呢？這里有必要先介紹一下飽和染料和非飽和染料。SYBRGreenI就屬于非飽和性染料，由于它對PCR的抑制作用，在實(shí)驗(yàn)中的使用濃度很低，遠(yuǎn)未將DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)中的小溝飽和。這樣，DNA雙鏈高溫變性時，單鏈部分的熒光染料分子發(fā)生重排，熒光染料分子重新結(jié)合到雙鏈DNA的空置位點(diǎn)，造成熒光信號沒有變化，因此出現(xiàn)假陰性，特異性下降。只是偶是做tumour的，所以提Cancer Research提得比較多。
TaqMan熒光探針法優(yōu)點(diǎn)是操作簡單，準(zhǔn)確性高（閉管進(jìn)行，減少污染），判讀也很方便，認(rèn)可度高；適合多樣本，少位點(diǎn)。但是其也有不可忽視的限制性，如探針合成耗時較長，價格昂貴，為了保證探針的穩(wěn)定質(zhì)量，一般大家會選擇A公司合成。TaqMan熒光探針法一般為只有幾個位點(diǎn)時適用，并且對樣本的質(zhì)量要求較高，除了樣本無降解外，要需要濃度盡可能的一致。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司，地址：上海市松江區(qū)龍騰路1015弄中星創(chuàng)意園2號502對于SNP 研究，我個人的感覺是：曾經(jīng)非常的“熱”過，而現(xiàn)在，似乎有些降溫。無錫微衛(wèi)星STRSNP分型售后服務(wù)周到
傳統(tǒng)的RFLP只能檢測到SNP的一部分，測序技術(shù)既費(fèi)時費(fèi)力。安徽微衛(wèi)星標(biāo)記strSNP分型準(zhǔn)確度高
二代測序法主要通過PCR的方法，對目標(biāo)SNP位點(diǎn)進(jìn)行特異性捕獲。為了提型的通量，目前多采用多重PCR的方法同時對多個位點(diǎn)進(jìn)行捕獲（可同時對1-100位點(diǎn)進(jìn)行分型）。由于二代測序通量是足夠滿足數(shù)百數(shù)千樣本的同時測序，因此需要對不同的樣本添加的樣本標(biāo)簽（Barcode），從而在后續(xù)數(shù)據(jù)分析過程中，能夠進(jìn)行樣本拆分。因此在多重PCR完成輪多SNP位點(diǎn)捕獲后，需要進(jìn)行第二輪PCR，在輪PCR產(chǎn)物的基礎(chǔ)上，添加樣本樣本標(biāo)簽及測序接頭等序列。通過PCR條件優(yōu)化，目前亦可實(shí)現(xiàn)一次反應(yīng)，兩輪PCR接力完成的效果。安徽微衛(wèi)星標(biāo)記strSNP分型準(zhǔn)確度高
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