3.HRM法高分辨率熔解曲線分析(HRM)是近幾年興起的SNP研究工具,它通過實(shí)時(shí)監(jiān)測升溫過程中雙鏈DNA熒光染料與PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的結(jié)合情況,來判斷是否存在SNP,而且不同SNP位點(diǎn)、是否是雜合子等都會影響熔解曲線的峰形,因此HRM分析能夠有效區(qū)分不同SNP位點(diǎn)與不同基因型。這種檢測方法不受突變堿基位點(diǎn)與類型的局限,無需序列特異性探針,在PCR結(jié)束后直接運(yùn)行高分辨率熔解,即可完成對樣品基因型的分析。該方法無需設(shè)計(jì)探針,操作簡便、快速,成本低,結(jié)果準(zhǔn)確,并且實(shí)現(xiàn)了真正的閉管操作。探針的5’-端和3’-端分別標(biāo)記一個(gè)報(bào)告熒光基團(tuán)和一個(gè)淬滅熒光基團(tuán)。北京STR/SSR基因SNP分型外包服務(wù)
上機(jī)測序后,每個(gè)樣本同一個(gè)SNP位置可以讀到數(shù)十或數(shù)百條reads(具體取決于測序通量),并且能夠清晰看到每條序列的具體信息,通過對SNP位點(diǎn)的聚類分析,實(shí)現(xiàn)位點(diǎn)基因型的判斷。大規(guī)模樣本中二等位基因reads比分布結(jié)果,每一個(gè)點(diǎn)一個(gè)樣本一個(gè)SNP位點(diǎn)的聚類結(jié)果,兩端表示純和,中間表示雜合(理想情況,1/0表示純和,0.5表示雜合)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司,上海翼和專家團(tuán)隊(duì)富有開創(chuàng)精神,朝氣蓬勃,在肖君華博士的帶領(lǐng)下,秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神,為科研用戶提供性價(jià)比高、高質(zhì)量可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。微信公眾號:上海翼和生物上海STR/SSRSNP分型質(zhì)量好SNP本身是針對“群體”而言的(within a population)。
二代測序法主要通過PCR的方法,對目標(biāo)SNP位點(diǎn)進(jìn)行特異性捕獲。為了提型的通量,目前多采用多重PCR的方法同時(shí)對多個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行捕獲(可同時(shí)對1-100位點(diǎn)進(jìn)行分型)。由于二代測序通量是足夠滿足數(shù)百數(shù)千樣本的同時(shí)測序,因此需要對不同的樣本添加的樣本標(biāo)簽(Barcode),從而在后續(xù)數(shù)據(jù)分析過程中,能夠進(jìn)行樣本拆分。因此在多重PCR完成輪多SNP位點(diǎn)捕獲后,需要進(jìn)行第二輪PCR,在輪PCR產(chǎn)物的基礎(chǔ)上,添加樣本樣本標(biāo)簽及測序接頭等序列。通過PCR條件優(yōu)化,目前亦可實(shí)現(xiàn)一次反應(yīng),兩輪PCR接力完成的效果。
RFLP法的優(yōu)點(diǎn)是分型技術(shù)簡單,結(jié)果判斷容易,不需要昂貴的設(shè)備,成本低,并且實(shí)驗(yàn)人員培訓(xùn)簡單。但是通過SNP能夠?qū)е翿FLP的概率低,很多SNP位點(diǎn)不能采用這種方法進(jìn)行檢測,而且有的限制性酶價(jià)格昂貴并且不容易買到。通常酶切的條件較高,容易出現(xiàn)假陽性結(jié)果,且工作量大,耗時(shí)長,通量低。這是早期的一種SNP分型技術(shù),在通量和效率上難以滿足批量分型需求,因此這種技術(shù)目前只在個(gè)別實(shí)驗(yàn)室中還在使用中。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司SNP對于樣本量,我們是比較有優(yōu)勢的,人口基數(shù)大,有大量的病例資源。
5.IlluminaBeadXpress法采用Illumina公司的BeadXpress系統(tǒng)進(jìn)行批量SNP位點(diǎn)檢測,可以同時(shí)檢測1-384個(gè)SNP位點(diǎn),往往用于基因組芯片結(jié)果確認(rèn),適合高通量檢測。微珠芯片具有高密度、高重復(fù)性、高靈敏度、低上樣量、定制靈活等特點(diǎn),極高的集成密度,從而獲得極高的檢測篩選速度,在高通量篩選時(shí)可比較明顯降低成本。時(shí)間飛行質(zhì)譜(MALDI-TOF)完成的SNP檢測準(zhǔn)確率可達(dá)99.9%,除了準(zhǔn)確性高、靈活性強(qiáng)、通量大、檢測周期短等優(yōu)勢外,,有吸引力的應(yīng)該還是它的性價(jià)比。飛行時(shí)間質(zhì)譜平臺(MALDI-TOF)是國際通用的基因單核苷酸多態(tài)性(SNP)的研究平臺,該方法憑借其科學(xué)性和準(zhǔn)確性已經(jīng)成為該領(lǐng)域的新標(biāo)準(zhǔn)。這種選擇具有準(zhǔn)確性高的特點(diǎn),能夠有效避免形態(tài)學(xué)和環(huán)境因素的干擾,從而極大的縮短育種進(jìn)程。浙江STRSNP分型準(zhǔn)確度高
傳統(tǒng)的RFLP只能檢測到SNP的一部分,測序技術(shù)既費(fèi)時(shí)費(fèi)力。北京STR/SSR基因SNP分型外包服務(wù)
上海翼和生物根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)規(guī)模,提供兩種檢測平臺,分別為:適合中低通量檢測的PCR-LDR分型服務(wù)和適合高通量的基于二代Hi-SNP分型服務(wù)。PCR-LDRSNP分型服務(wù):PCR-LDR技術(shù)是PCR技術(shù)和LDR(LigaseDetectionReaction,連接酶檢測反應(yīng))想結(jié)合的檢測技術(shù)。LDR是利用高溫連接酶實(shí)現(xiàn)對基因多態(tài)性位點(diǎn)的識別。高溫連接酶一旦檢測到DNA與互補(bǔ)的兩條寡聚核苷酸接頭對應(yīng)處存在著基因點(diǎn)突變類型的堿基錯(cuò)配,則連接反應(yīng)就不能進(jìn)行,反之則可以進(jìn)行連接反應(yīng)。Hi-SNP結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測序技術(shù),對需要檢測的位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性引物,在單管內(nèi)進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增,不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分?;旌蠘颖竞螅趇llumina等主流測序平臺上,對擴(kuò)增子進(jìn)行高通量測序。測序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法,區(qū)分不同的樣本,,終獲得每個(gè)位點(diǎn)的SNP信息。高通量測序能一次對幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定,相比其他的SNP檢測技術(shù),基于高通量測序的SNP分型具有更準(zhǔn)確、更靈敏的特點(diǎn)。北京STR/SSR基因SNP分型外包服務(wù)
上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大,現(xiàn)有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì),各種專業(yè)設(shè)備齊全。Biowing是上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司的主營品牌,是專業(yè)的第三方檢測服務(wù);生物專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù);健康衰老評估;大健康檢測;遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù);生物醫(yī)藥行業(yè)質(zhì)控檢測技術(shù)技術(shù)服務(wù);小鼠遺傳品系鑒定;轉(zhuǎn)基因小鼠基因型鑒定;細(xì)胞點(diǎn)突變檢測;細(xì)胞端粒長度和端粒酶活性檢測。公司,擁有自己獨(dú)立的技術(shù)體系。公司以用心服務(wù)為重點(diǎn)價(jià)值,希望通過我們的專業(yè)水平和不懈努力,將第三方檢測服務(wù);生物專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù);健康衰老評估;大健康檢測;遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù);生物醫(yī)藥行業(yè)質(zhì)控檢測技術(shù)技術(shù)服務(wù);小鼠遺傳品系鑒定;轉(zhuǎn)基因小鼠基因型鑒定;細(xì)胞點(diǎn)突變檢測;細(xì)胞端粒長度和端粒酶活性檢測。等業(yè)務(wù)進(jìn)行到底。自公司成立以來,一直秉承“以質(zhì)量求生存,以信譽(yù)求發(fā)展”的經(jīng)營理念,始終堅(jiān)持以客戶的需求和滿意為重點(diǎn),為客戶提供良好的細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測,生物技術(shù)服務(wù),從而使公司不斷發(fā)展壯大。