亞硫酸氫鈉轉(zhuǎn)化是分析胞嘧啶甲基化效果比較好的工具之一。該方法基于亞硫酸氫鈉對 DNA 的處理，確定其甲基化模式。重亞硫酸鹽測序本質(zhì)上就是重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與二代測序（NGS）的結(jié)合。甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)是亞硫酸氫鹽測序法：用亞硫酸氫鹽處理DNA，未發(fā)生甲基化的胞嘧啶能夠被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶則保持不變，通過后續(xù)的測序即可檢測。利用亞硫酸氫鹽的這種原理，可以衍生出多種甲基化檢測方法，如甲基化特異性的PCR和高分辨率熔解曲線法。DNA甲基化可引起基因組中相應(yīng)區(qū)域染色質(zhì)結(jié)構(gòu)變化,使DNA失去核酶限制性內(nèi)切酶的切割位點(diǎn),。江蘇全基因組甲基化重測序報(bào)告
在表觀遺傳中，DNA甲基化修飾具有非常重要的地位。其中胞嘧啶雜環(huán)5號位的甲基化修飾，又稱作5-甲基胞嘧啶（5mC），是**常見的甲基化修飾方式，也是迄今為止研究**為普遍的DNA甲基化修飾方式。一般認(rèn)為當(dāng)DNA甲基化出現(xiàn)在基因啟動子區(qū)，就會抑制基因轉(zhuǎn)錄，從而起到負(fù)調(diào)控的作用。DNA甲基化的形成機(jī)制，包括從頭合成（de novo），甲基化的維持（Maintenance）和去甲基化（Demethylation），這些過程分別由不同的基因和通路調(diào)控。這些基因和通路在動植物中即保守，又有所區(qū)別。上海多重PCR技術(shù)甲基化重測序哪里做重亞硫酸鹽測序可以從單個堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。
DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過程，剛被發(fā)現(xiàn)時被定義為第五種堿基，實(shí)際上它是一種重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記，在調(diào)控基因表達(dá)、維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、基因印記、X染色體失活以及胚胎發(fā)育等生物學(xué)過程中發(fā)揮著重大的作用，獲得全基因組范圍內(nèi)所有C位點(diǎn)的甲基化水平數(shù)據(jù)，對表觀遺傳學(xué)的時空特異性研究具有重要意義，Bisulfite甲基化測序是以新一代高通量測序平臺為基礎(chǔ)，結(jié)合全基因組Bisulfite處理和生物信息數(shù)據(jù)分析技術(shù)，進(jìn)行低成本、高效率、高準(zhǔn)確度的全基因組DNA甲基化水平圖譜繪制。
目標(biāo)區(qū)域甲基化重測序（Hi-MethylSeq），又叫重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測序（Bisulfite Amplicon Sequencing， BSAS）。在前期全基因組甲基化測序、全基因組甲基化芯片等工作基礎(chǔ)上，或者依據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道目的基因甲基化與性狀/疾病關(guān)聯(lián)，選擇感興趣的目的區(qū)間或候選基因，利用Hi-MethylSeq技術(shù)對大規(guī)模群體的候選基因甲基化水平進(jìn)行檢測。Hi-MethylSeq技術(shù)通過亞硫酸氫鹽（bisulfite）處理，用多重PCR擴(kuò)增目的片段，添加barcode和測序通用接頭，在Illumina X10二代測序平臺對PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測序，利用生物信息學(xué)方法，精確定量計(jì)算目標(biāo)區(qū)間內(nèi)的甲基化位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)，在完成目標(biāo)區(qū)域檢測的同時大幅降低研究費(fèi)用。將序列與未經(jīng)處理的序列進(jìn)行比較，判斷CpG位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化。
物種的DNA甲基化率通常與物種基因組大小成正比。從細(xì)菌的數(shù)千個基因進(jìn)化到高等動物的數(shù)萬個基因，基因數(shù)增長的一個數(shù)量級。要管好這么多的基因，在漫長的一生中有規(guī)律地關(guān)閉或打開基因表達(dá)，DNA甲基化這個開關(guān)對高等動植物必不可少。轉(zhuǎn)座子是一類在基因組上可以自主復(fù)制（或剪切）和移動的**功能元件。如果它們隨意移動，對基因組的穩(wěn)定性具有破壞作用。DNA甲基化對轉(zhuǎn)座子的移動具有抑制作用。通常，物種的基因組越大，其基因組中轉(zhuǎn)座子的比例越高，那么限制轉(zhuǎn)座子移動的門神——DNA甲基化的比例就越高。DNA甲基化屬于表觀遺傳的范疇。天津甲基化重測序報(bào)告
DNA甲基化幾乎只存在于CpG二核苷酸上，是一個關(guān)鍵的表觀遺傳標(biāo)記和基因表達(dá)調(diào)控因子。江蘇全基因組甲基化重測序報(bào)告
亞硫酸氫鹽測序法用亞硫酸氫鈉對 DNA 進(jìn)行化學(xué)處理會使甲基化特異性序列變異，從而可以通過NGS進(jìn)行定位和量化，主要的DNA甲基化數(shù)據(jù)分析流程：獲得DNA甲基化數(shù)據(jù)之后，首先，需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和質(zhì)量的基本控制，包括原始測序和芯片數(shù)據(jù)的讀取、轉(zhuǎn)換到產(chǎn)生準(zhǔn)確的DNA甲基化圖譜；其次，需要對DNA甲基化位點(diǎn)的結(jié)果進(jìn)行可視化，并且利用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法鑒定樣本特異性差異的DNA甲基化位點(diǎn)；第三，驗(yàn)證 DNA 甲基化差異位點(diǎn)，并且對其進(jìn)行生物學(xué)解釋。江蘇全基因組甲基化重測序報(bào)告
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