連接酶檢測(cè)反應(yīng)(LigaseDetectionReaction,LDR)是利用高溫連接酶實(shí)現(xiàn)對(duì)基因多態(tài)性位點(diǎn)的識(shí)別,高溫連接酶一旦檢測(cè)到DNA與互補(bǔ)的兩條寡聚核苷酸接頭對(duì)應(yīng)處存在著基因點(diǎn)突變類(lèi)型的堿基錯(cuò)配,連接反應(yīng)就不能進(jìn)行。該方法,對(duì)SNP位點(diǎn)同時(shí)設(shè)計(jì)兩條有長(zhǎng)度差異的探針,當(dāng)探針末端與模板有一個(gè)堿基不配對(duì),所以連接反應(yīng)不能進(jìn)行,沒(méi)有連接產(chǎn)物;相反,若探針與模板DNA完全互補(bǔ),故進(jìn)行連接反應(yīng),通過(guò)溫控循環(huán),該特異性連接反應(yīng)可反復(fù)進(jìn)行,達(dá)到線性擴(kuò)增的效果。,后通過(guò)熒光掃描片段長(zhǎng)度,實(shí)現(xiàn)對(duì)SNP位點(diǎn)的檢測(cè)。只要這個(gè)突變?nèi)簺](méi)有達(dá)到總?cè)后w的1%,它就只是一個(gè)突變株/系。達(dá)到了1%就是多態(tài)性了。河南高同源分型公司
上海翼和多倍體擴(kuò)增子測(cè)序SNP分型,結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測(cè)序技術(shù),對(duì)需要檢測(cè)的位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性引物,在單管內(nèi)進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增,不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分,對(duì)擴(kuò)增子進(jìn)行高通量測(cè)序。測(cè)序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法,區(qū)分不同的樣本。并且將多倍體的不同基因組進(jìn)行拆分后,對(duì)測(cè)序短序列進(jìn)行精細(xì)reads mapping,剔除HSV和PSV干擾,**終獲得每個(gè)位點(diǎn)準(zhǔn)確的分型信息。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,是上海市高新技術(shù)企業(yè)。廣州同源SNP分型公司現(xiàn)階段,異源多倍體物種的全基因組重測(cè)序已經(jīng)可以通過(guò)各式各樣的生信算法,SNP的質(zhì)量也越來(lái)越好了。
基因的直系同源、旁系同源或異源同源關(guān)系[1]。祖先物種通過(guò)兩次物種分化形成ABC三個(gè)物種;伴隨物種分化而進(jìn)行的兩次基因重復(fù)共形成A1、B1、B2、C1、C2、C3等6個(gè)基因。顯然,C2與C3互為直系同源;B1與C1互為旁系同源;AB1與其他6個(gè)基因互為異源同源。然而,B1和B2、B2和C1又是什么關(guān)系呢?在這個(gè)問(wèn)題上曾引起爭(zhēng)議。B1和B2、B2和C1的分離是由于***次基因重復(fù)而產(chǎn)生的,套用定義,可得出B1和B2、B2和C1互為旁系同源。同理,B1和C2/C3、C1和C2/C3也互為旁系同源。類(lèi)似的,根據(jù)直系同源基因的定義,B2和C2/C3、A1和所有B基因及C基因互為直系同源。
多倍體物種SNP分型的常用技術(shù)包括Sanger測(cè)序、SNP芯片、KASP等3種,這3種技術(shù)依賴(lài)于特異性的擴(kuò)增或特異性的雜交,而多倍體物種亞基因組間高度同源,使得特異性擴(kuò)增/雜交的難度**增加,這3種常用技術(shù)在無(wú)法保證特異性的前提下,得到的是混合結(jié)果,且無(wú)法對(duì)混合結(jié)果進(jìn)行有效的拆分。這就導(dǎo)致多倍體物種SNP分型結(jié)果準(zhǔn)確率不高。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,是上海市高新技術(shù)企業(yè),至今已有十六年歷史,專(zhuān)注于為國(guó)內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類(lèi)分子遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)(高同源區(qū)段SNP分型)和質(zhì)控試劑盒。組成DNA的堿基雖然有4種,但SNP一般只有兩種堿基組成。
為了獲得更多糖原相關(guān)SNP位點(diǎn),作者選擇了包括Cg_GD1基因在內(nèi)的5個(gè)基因,64個(gè)個(gè)體(32個(gè)高糖原個(gè)體和32個(gè)低糖原個(gè)體)進(jìn)行重測(cè)序,,后得到732個(gè)高質(zhì)量SNP。其中32個(gè)位于Cg_GD2基因,256個(gè)位于Cg_GS基因,用于后續(xù)的關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果顯示有兩個(gè)SNP與糖原含量有關(guān)。分別是位于Cg_GD1基因第15個(gè)內(nèi)含子的SNP(Cg_SNP_3021(R(A/G))),和位于Cg_GD1基因的SNP(Cg_SNP_3021)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,是上海市高新技術(shù)企業(yè),至今已有十六年歷史。單核苷酸多態(tài)性(SNP),主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。南京同源序列SNP分型公司
翼和生物自主研發(fā)多重長(zhǎng)片段巢式PCR技術(shù),解決高同源區(qū)段SNP分型難題。河南高同源分型公司
片段長(zhǎng)度多態(tài)性(限制性?xún)?nèi)切酶)法——RFLP(RestrictionFragmentLengthPolymorphism)法的基本原理是通過(guò)PCR擴(kuò)增目的片段DNA,擴(kuò)增產(chǎn)物再用特異性?xún)?nèi)切酶酶切成不同大小的片段,直接通過(guò)凝膠電泳分辨基因型。不同等位基因的限制性酶切位點(diǎn)分布不同,產(chǎn)生不同長(zhǎng)度的DNA*段條帶。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司上海翼和專(zhuān)家團(tuán)隊(duì)富有開(kāi)創(chuàng)精神,朝氣蓬勃,在肖君華博士的帶領(lǐng)下,秉承“專(zhuān)業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神,為科研用戶提供性?xún)r(jià)比高、高質(zhì)量可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。微信公眾號(hào):上海翼和生物河南高同源分型公司
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