bisulfite甲基化重測序哪里好

來源: 發(fā)布時間:2021-10-25

WGBS能為基因組DNA甲基化時空特異性修飾的研究提供重要技術(shù)支持,能廣泛應(yīng)用在個體發(fā)育、衰老和疾病等生命過程的機制研究中,也是各物種甲基化圖譜研究的優(yōu)先方法。常規(guī)全基因組甲基化測序技術(shù)通過T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列,連接產(chǎn)物通過重亞硫酸鹽處理將未甲基化修飾的胞嘧啶C轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏,進而通過接頭序列介導(dǎo)的 PCR 技術(shù)將尿嘧啶U轉(zhuǎn)變?yōu)樾叵汆奏。上海翼和是上海市遺傳學(xué)會理事單位,上海市高新技術(shù)企業(yè),至今已有十六年的歷史。常規(guī)全基因組甲基化測序技術(shù)通過T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列。bisulfite甲基化重測序哪里好

DNA甲基化是指針對DNA序列上的CpG島,由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。其中,5’甲基胞嘧啶(5mC) 的甲基化是一個非常重要的表觀遺傳學(xué)修飾事件,該事件能夠調(diào)控基因活性,并影響著如細胞分化、轉(zhuǎn)錄調(diào)控和染色質(zhì)重塑等生物學(xué)過程。重亞硫酸鹽測序可以從單個堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。首先,利用重?zé)熈蛩猁}對基因組DNA進行處理,將未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基變成尿嘧啶。而發(fā)生了甲基化的胞嘧啶未發(fā)生脫氨基,因而,可以基于此將經(jīng)重亞硫酸鹽處理的和未處理的測序樣本進行比較來發(fā)現(xiàn)甲基化的位點。bisulfite甲基化重測序哪里好亞硫酸鹽處理這種方法可靠,且精確度高,能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態(tài)。

DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)修飾的主要形式,甲基化模式的異常促進細胞惡性轉(zhuǎn)化,參與tumour演進。許多基因具有tumour特異性的甲基化表型,一方面基因組普遍的低甲基化引起原cancer基因活化,基因組不穩(wěn)定性增加;另一方面啟動子區(qū)的高甲基化,引起抑cancer基因及錯配修復(fù)基因表達沉默,導(dǎo)致tumour的發(fā)生。研究表明,基因組的低甲基化隨著細胞惡性度的增加而愈加明顯,是病情診斷的重要指標;此外,CpG島局部的高甲基化發(fā)生于細胞惡變之前,能在早期預(yù)測tumour的發(fā)生,其也能有效地預(yù)測tumour的復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移,在tumour的鑒別診斷中亦發(fā)揮重要作用。因此,檢測tumour發(fā)生中相關(guān)基因的甲基化模式具有重要意義,現(xiàn)就近年來中外文獻報道的甲基化檢測方法進行簡要的分析總結(jié)。

亞硫酸氫鈉修飾后測序法是一種對DNA進行亞硫酸氫鈉處理、聚合酶鏈反應(yīng)擴增與DNA測序相結(jié)合的方法,能夠提供測定區(qū)域的序列信息,準確定位甲基化胞嘧啶位點;重亞硫酸鹽修飾后,甲基化胞嘧啶保持不變,但非甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏?,PCR擴增后為胸腺嘧啶,其將甲基化狀態(tài)的差異轉(zhuǎn)化成堿基的差異,從而對胞嘧啶的甲基化狀態(tài)進行分析;但在亞硫酸鈉處理的酸性環(huán)境下,單鏈特異性PCR模板穩(wěn)定性下降,容易降解;并且模板鏈CG二核苷酸水平高易形成復(fù)雜的二級結(jié)構(gòu),常出現(xiàn)非特異性條帶,結(jié)合“巢式PCR法”能明顯提高擴增的特異度。如果在細胞分裂過程中不被糾正,就會誘發(fā)遺傳病或tumour,而且,生物體甲基化的方式是穩(wěn)定的, 可遺傳的。

DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳學(xué)標記,在調(diào)控基因表達、細胞的分化與發(fā)育等過程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。使用基于重亞硫酸氫鹽測序的方法進行DNA甲基化評估:首先用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA可將未甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶(黃色字母),而甲基化胞嘧啶保留為胞嘧啶(白色字母);然后進行兩輪PCR:first輪PCR分別放大每個樣本的每個區(qū)域,并添加8個隨機核苷酸(N8)用于重復(fù)數(shù)據(jù)消除和適配體序列;在匯集每個生物樣本的擴增子后,第二輪PCR完成帶有樣本barcode的序列庫,用于多樣本NGS測序。常規(guī)全基因組甲基化測序技術(shù)通過T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA*段的兩端連接接頭序列。杭州CPG島甲基化重測序怎么解決

Hi-Methylseq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴增子高通量測序技術(shù),可實現(xiàn) 多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析。bisulfite甲基化重測序哪里好

真核生物基因表達受多種機制、多層面的綜合調(diào)控?;虻腄NA序列不發(fā)生改變的情況下,基因的表達水平與功能發(fā)生改變,并可遺傳現(xiàn)象,稱為表觀遺傳(epigenetic)現(xiàn)象。DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū),DNA高度甲基化首先會影響DNA結(jié)構(gòu),進而阻遏基因轉(zhuǎn)錄,引起基因沉默。人體內(nèi),DNA甲基轉(zhuǎn)移酶主要有四種:DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT3L。在DNA復(fù)制完成后,DNMT1是催化甲基轉(zhuǎn)移至新合成的DNA鏈上,這一現(xiàn)象稱為維持甲基化;DNMT3A和DNMT3B負責(zé)催化核酸鏈上新的甲基化位點發(fā)生反應(yīng),成為形成甲基化;DNMT3L不具有甲級轉(zhuǎn)移酶活性,其主要作用是調(diào)節(jié)其他甲基轉(zhuǎn)移酶的活性。真核細胞內(nèi)甲基化狀態(tài)有3種:持續(xù)的低甲基化狀態(tài)(如持家基因的甲基化)、誘導(dǎo)的去甲基化狀態(tài)(如一些發(fā)育階段特異性基因的修飾)和高度甲基化狀態(tài)(如人類女性細胞內(nèi)縊縮-失活的X染色體的甲基化)。bisulfite甲基化重測序哪里好

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