目標區(qū)域甲基化重測序(Hi-Methylseq)結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現(xiàn)多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析,特別適合隊列樣本目標區(qū)域的甲基化分析,測序深度高,結果更加準確。適用于感興趣目的片段甲基化研究;適用于在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點(DMR)。農口上:表觀遺傳學研究、品種鑒定、品種改良;醫(yī)口上:tumour早期診斷、表觀遺傳學生物標志物開發(fā)、tumour復發(fā)的 預測因子。Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現(xiàn)多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析。蘇州全基因組甲基化重測序怎么解決
DNA甲基化主要發(fā)生在啟動子區(qū)CPG島,在調節(jié)基因表達和其他功能方面起著關鍵作用.異常的DNA甲基化可參與調控疾病相關的分子信號通路,從而影響其正常功能。DNA甲基化在生物個體的生長發(fā)育與繁殖過程中,維持遺傳物質的穩(wěn)定性是至關重要的。細胞采用多種機制來保證DNA復制的忠實性,如DNA的雙螺旋結構與半保留復制模式為遺傳物質的穩(wěn)定提供了物質基礎;DNA聚合酶Ⅲ除了具有DNA聚合酶活性外還具有5’到3’的核酸外切酶活性,可及時去除錯配摻人的堿基;DNA復制后存在多種修復機制進一步保證了遺傳物質的穩(wěn)定性。DNA甲基化在DNA復制起始、錯配修復、細菌中寄主控制的修飾與限制以及轉座子的失活等過程中對維持遺傳信息的穩(wěn)定性發(fā)揮著重要的作用。河南目標區(qū)段甲基化重測序送樣要求Hi-MethylSeq在研究DNA甲基化時,每一個read都相當于克隆測序時的一個單克隆。
DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉移酶(DNA methyl-transferase, DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作為甲基供體,將胞嘧啶轉變?yōu)?-甲基胞嘧啶(mC)的一種反應,在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是存在的化學性修飾堿基。CG二核苷酸是**主要的甲基化位點,它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區(qū)域,在哺乳動物中mC約占C總量的2-7%。甲基化檢測服務-亞硫酸氫鈉處理后測序法 (bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亞硫酸氫鈉發(fā)生脫氨基變?yōu)槟蜞奏さ脑?,用兩一特異性引物擴增后測序。測序法克服了只能針對單個位點檢測,并且這些位點必須是限制性內切酶識別位點的缺點,可以對任何基因序列的甲基化狀態(tài)進行檢測。
DNA甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)和少量的N6-甲基嘌呤(N6-mA)及7-甲基鳥嘌呤(7-mG)結構基因含有很多CpG 結構, 2CpG 和2GPC 中兩個胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個甲基集團在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結構?;蚪M中60%~ 90% 的CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地組成CpG 島,位于結構基因啟動子的core序列和轉錄起始點。有實驗證明超甲基化阻遏轉錄的進行。DNA 甲基化可引起基因組中相應區(qū)域染色質結構變化, 使DNA 失去核酶?限制性內切酶的切割位點, 以及DNA 酶的敏感位點, 使染色質高度螺旋化, 凝縮成團, 失去轉錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導致基因置換突變, 發(fā)生堿基錯配: T2G, 如果在細胞分裂過程中不被糾正,就會誘發(fā)遺傳病或cancer, 而且, 生物體甲基化的方式是穩(wěn)定的, 可遺傳的。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導致基因置換突變, 發(fā)生堿基錯配: T2G。
DNA甲基化即在DNA上增加甲基基團,是使基因的轉錄抑制或沉默的主要方式。該修飾特異性地發(fā)生在CpG位點,胞嘧啶通過磷酸鹽與鳥苷酸連接(圖1)。甲基基團的插入改變了DNA的表觀和結構,可能會直接阻礙DNA的識別及與轉錄因子的結合,或者吸引其他因子優(yōu)先與DNA結合,干擾轉錄因子的結合。目前已鑒定了三個與甲基化DNA結合的蛋白家族,包括MBD蛋白、Kaiso和Kaiso樣蛋白、以及SRA蛋白。通過招募這些蛋白,DNA甲基化可促進某些組蛋白狀態(tài)的維持,如去乙酰作用,從而保持轉錄后的組蛋白修飾。例如,MBD家族的甲基CpG結合蛋白2(MeCP2)與甲基CpG結合,招募HDACs,可促使染色體濃縮和轉錄抑制。上海翼和生物甲基化測序采用的是重亞硫酸鹽擴增子測序法,重亞硫酸鹽轉化是研究DNA甲基化的金標方法。江蘇多重PCR技術甲基化重測序報告
DNA甲基化分析是經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后,用PCR擴增目的片段,并對PCR產物進行測序.蘇州全基因組甲基化重測序怎么解決
在生物系統(tǒng)內,甲基化是經(jīng)酶催化的,這種甲基化涉及重金屬修飾、基因表達的調控、蛋白質功能的調節(jié)以及核糖核酸(RNA)加工。重金屬修飾可以在生物系統(tǒng)外發(fā)生。組織樣本的化學甲基化也是組織染色的方法之一。表觀遺傳學的甲基化包括DNA甲基化或蛋白質甲基化。1)DNA甲基化。脊椎動物的DNA甲基化一般發(fā)生在CpG位點(胞嘧啶-磷酸-鳥嘌呤位點,即DNA序列中胞嘧啶后緊連鳥嘌呤的位點)。經(jīng)DNA甲基轉移酶催化胞嘧啶轉化為5-甲基胞嘧啶。人類基因中約80%-90%的CpG位點已被甲基化,但是在某些特定區(qū)域,如富含胞嘧啶和鳥嘌呤的CpG島則未被甲基化。這與包含所有普遍表達基因在內的56%的哺乳動物基因中的啟動子有關。1%-2%的人類基因組是CpG群,并且CpG甲基化與轉錄活性成反比。蘇州全基因組甲基化重測序怎么解決
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