杭州亞硫酸鹽甲基化重測序哪里做

來源: 發(fā)布時間:2021-10-23

DNA甲基化(DNA methylation)為DNA化學(xué)修飾的一種形式,能在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表觀。 DNA甲基化在維持細胞正常功能、傳遞基因組印記,胚胎發(fā)育、tumour發(fā)生等方面發(fā)揮重要作用,目前已經(jīng)成為表觀遺傳學(xué)和表觀基因組學(xué)的研究熱點。DNA甲基化測序可在全基因組水平上比較大限度的、完整的獲取甲基化狀態(tài)信息和與基因表達調(diào)控的多重關(guān)系,可高效精確完成全基因組甲基化測序及*分辨DNA甲基化譜式繪制,并可對發(fā)現(xiàn)的靶點區(qū)進行甲基化特異性PCR驗證。DNA甲基化幾乎只存在于CpG二核苷酸上,是一個關(guān)鍵的表觀遺傳標記和基因表達調(diào)控因子。杭州亞硫酸鹽甲基化重測序哪里做

DNA甲基化是研究 為普遍的表觀遺傳修飾,它被認為在許多生物學(xué)過程和疾病中有著重要的作用。隨著測序技術(shù)的快速發(fā)展,二代測序與重亞硫酸鹽處理基因組DNA相結(jié)合產(chǎn)生了可以在全基因組單堿基水平上測量DNA甲基化水平的全基因組重亞硫酸鹽測序(whole-genome bisulfite sequencing,WGBS)技術(shù)。WGBS的流程與全基因組DNA測序主要區(qū)別于DNA文庫的構(gòu)建。以MethlyC-seq為例,將DNA 段化后收集特定長度的片段并修復(fù)DNA末端,再將雙端加上3′-dAMP然后連接上甲基化的接頭,接著用重亞硫酸鹽處理DNA使未甲基化的胞嘧啶(C)轉(zhuǎn)化為尿嘧啶(U), 終進行低循環(huán)數(shù)的PCR擴增后完成建庫,建庫完后上機測序,得到原始數(shù)據(jù)(fastq文件)后,完成一定的質(zhì)量控制后就可以進行mapping分析。上海bisulfite甲基化重測序準確度高DNA甲基化是指針對DNA序列上的CpG島,由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。

目標區(qū)域甲基化重測序(Hi-Methylseq)結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴增子高通量測序技術(shù),可實現(xiàn)多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析,特別適合隊列樣本目標區(qū)域的甲基化分析,測序深度高,結(jié)果更加準確。適用于感興趣目的片段甲基化研究;適用于在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點(DMR)。農(nóng)口上:表觀遺傳學(xué)研究、品種鑒定、品種改良;醫(yī)口上:tumour早期診斷、表觀遺傳學(xué)生物標志物開發(fā)、tumour復(fù)發(fā)的 預(yù)測因子。

DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū),DNA高度甲基化首先會影響DNA結(jié)構(gòu),進而阻遏基因轉(zhuǎn)錄,引起基因沉默。DNA甲基化為非編碼區(qū)(如內(nèi)含子等)的長期沉默提供了一種有效的抑制機制?;騿訁^(qū)域內(nèi)CpG位點的甲基化通過三種方式影響基因轉(zhuǎn)錄活性:DNA序列甲基化直接阻礙轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合;甲基CpG結(jié)合蛋白結(jié)合到甲基化CpG位點與其他轉(zhuǎn)錄抑制因子相互作用;染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的凝集阻礙了轉(zhuǎn)錄因子與其調(diào)控序列的結(jié)合。WGBS的流程與全基因組DNA測序主要區(qū)別于DNA文庫的構(gòu)建。

DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域研究的重點之一。DNA甲基化是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase, 縮寫DNMT)的作用下,基因組DNA序列上CpG島的二核苷酸5′端胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 縮寫5mC)。這種DNA修飾的方式并未改變基因的序列, 但能改變某些基因的表達,從而影響生物學(xué)功能。DNA 甲基化參與眾多的細胞生命活動,包括細胞分化、組織特異性基因表達、基因組印記、X 染色體失活等。異常的 DNA 甲基化會導(dǎo)致發(fā)育異常、tumour等疾病的發(fā)生。以MethlyC-seq為例,將DNA段化后收集特定長度的片段并修復(fù)DNA末端.杭州甲基化重測序準確度高

重亞硫酸鹽測序本質(zhì)上就是重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與二代測序(NGS)的結(jié)合。杭州亞硫酸鹽甲基化重測序哪里做

表觀遺傳學(xué)研究已經(jīng)證實了特定基因區(qū)域的DNA甲基化修飾對于染色體構(gòu)象、基因表達調(diào)控機制有著重要影響,而全基因組DNA甲基化研究將是表觀基因組學(xué)為關(guān)注的內(nèi)容之一。Bisulfite處理能夠?qū)⒒蚪M中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U,進行PCR擴增后變成T,與原本具有甲基化修飾的C堿基區(qū)分開來,再結(jié)合高通量測序技術(shù),可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。特定物種的高精確度甲基化修飾模式的分析,必將在表觀基因組學(xué)研究中具有里程碑式的意義,并且為細胞分化、組織發(fā)育等基礎(chǔ)機制研究,以及動植物育種、人類健康與疾病研究奠定基礎(chǔ)。杭州亞硫酸鹽甲基化重測序哪里做

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