DNA甲基化是DNA化學(xué)修飾的一種形式,能夠在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現(xiàn)。DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG兩個(gè)核苷酸中的胞嘧啶被選擇性地添加甲基基團(tuán)的化學(xué)修飾現(xiàn)象,極常見的是在胞嘧啶的5號(hào)碳位置,在酶和底物的作用下,引入一個(gè)甲基基團(tuán),變成了5甲基胞嘧啶(5mC),從而改變了它的活性。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對(duì)于維持正常細(xì)胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類tumour發(fā)生,起著至關(guān)重要的作用。上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用PCR擴(kuò)增目的片段,并結(jié)合二代測(cè)序平臺(tái)(illumina等主流測(cè)序平臺(tái))并對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序,本方案目標(biāo)區(qū)域甲基化測(cè)序服務(wù)Hi-MethylSeq,在完成目標(biāo)區(qū)域檢測(cè)的同時(shí)大幅降低研究費(fèi)用。機(jī)體細(xì)胞在經(jīng)歷脅迫、創(chuàng)傷等環(huán)境變化后,會(huì)產(chǎn)生特定的應(yīng)答,并往往會(huì)用DNA甲基化記錄在DNA修飾中。成都多重PCR技術(shù)甲基化重測(cè)序送樣要求
DNA甲基化一般是指DNA復(fù)制后,在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下,將S-腺甘酰甲硫氨酸分子上的甲基轉(zhuǎn)移到DNA分子中胞嘧啶殘基的第5位碳原子上,形成5-甲基胞嘧啶的過程,它是真核細(xì)胞生物基因組重要的修飾方式之一。DNA甲基化包括從頭甲基化和維持甲基化2種模式。從頭甲基化是指在從未發(fā)生甲基化的位點(diǎn)上發(fā)生甲基化修飾,建立DNA甲基化的過程;而維持甲基化是指維持甲基化的酶可識(shí)別新合成的半甲基化雙鏈DNA,并將甲基添加到新鏈的非甲基化胞嘧啶上。江蘇目標(biāo)區(qū)段甲基化重測(cè)序公司DNA甲基化通常抑制基因表達(dá),去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達(dá)。
目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序(Hi-Methylseq)結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測(cè)序技術(shù),可實(shí)現(xiàn)多區(qū)段、多位點(diǎn)的甲基化精確定量分析,特別適合隊(duì)列樣本目標(biāo)區(qū)域的甲基化分析,測(cè)序深度高,結(jié)果更加準(zhǔn)確。適用于感興趣目的片段甲基化研究;適用于在大樣本中進(jìn)一步確認(rèn)全基因組甲基化研究挑選的陽性位點(diǎn)(DMR)。農(nóng)口上:表觀遺傳學(xué)研究、品種鑒定、品種改良;醫(yī)口上:tumour早期診斷、表觀遺傳學(xué)生物標(biāo)志物開發(fā)、tumour復(fù)發(fā)的 預(yù)測(cè)因子。
DNA甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)和少量的N6-甲基嘌呤(N6-mA)及7-甲基鳥嘌呤(7-mG)結(jié)構(gòu)基因含有很多CpG 結(jié)構(gòu), 2CpG 和2GPC 中兩個(gè)胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個(gè)甲基集團(tuán)在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結(jié)構(gòu)?;蚪M中60%~ 90% 的CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地組成CpG 島,位于結(jié)構(gòu)基因啟動(dòng)子的core序列和轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)。有實(shí)驗(yàn)證明超甲基化阻遏轉(zhuǎn)錄的進(jìn)行。DNA 甲基化可引起基因組中相應(yīng)區(qū)域染色質(zhì)結(jié)構(gòu)變化, 使DNA 失去核酶?限制性內(nèi)切酶的切割位點(diǎn), 以及DNA 酶的敏感位點(diǎn), 使染色質(zhì)高度螺旋化, 凝縮成團(tuán), 失去轉(zhuǎn)錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導(dǎo)致基因置換突變, 發(fā)生堿基錯(cuò)配: T2G, 如果在細(xì)胞分裂過程中不被糾正,就會(huì)誘發(fā)遺傳病或cancer, 而且, 生物體甲基化的方式是穩(wěn)定的, 可遺傳的。全基因組甲基化測(cè)序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對(duì)基因組進(jìn)行處理后上機(jī)測(cè)序。
目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測(cè)序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因組甲基化測(cè)序、全基因組甲基化芯片等工作基礎(chǔ)上,或者依據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道目的基因甲基化與性狀/疾病關(guān)聯(lián),選擇感興趣的目的區(qū)間或候選基因,利用Hi-MethylSeq技術(shù)對(duì)大規(guī)模群體的候選基因甲基化水平進(jìn)行檢測(cè)。Hi-MethylSeq技術(shù)通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴(kuò)增目的片段,添加barcode和測(cè)序通用接頭,在Illumina X10二代測(cè)序平臺(tái)對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序,利用生物信息學(xué)方法,精確定量計(jì)算目標(biāo)區(qū)間內(nèi)的甲基化位點(diǎn)的甲基化狀態(tài),在完成目標(biāo)區(qū)域檢測(cè)的同時(shí)大幅降低研究費(fèi)用。DNA甲基化是指針對(duì)DNA序列上的CpG島,由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。甲基化重測(cè)序哪里做
以MethlyC-seq為例,將DNA段化后收集特定長度的片段并修復(fù)DNA末端.成都多重PCR技術(shù)甲基化重測(cè)序送樣要求
真核生物基因表達(dá)受多種機(jī)制、多層面的綜合調(diào)控?;虻腄NA序列不發(fā)生改變的情況下,基因的表達(dá)水平與功能發(fā)生改變,并可遺傳現(xiàn)象,稱為表觀遺傳(epigenetic)現(xiàn)象。DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū),DNA高度甲基化首先會(huì)影響DNA結(jié)構(gòu),進(jìn)而阻遏基因轉(zhuǎn)錄,引起基因沉默。人體內(nèi),DNA甲基轉(zhuǎn)移酶主要有四種:DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT3L。在DNA復(fù)制完成后,DNMT1是催化甲基轉(zhuǎn)移至新合成的DNA鏈上,這一現(xiàn)象稱為維持甲基化;DNMT3A和DNMT3B負(fù)責(zé)催化核酸鏈上新的甲基化位點(diǎn)發(fā)生反應(yīng),成為形成甲基化;DNMT3L不具有甲級(jí)轉(zhuǎn)移酶活性,其主要作用是調(diào)節(jié)其他甲基轉(zhuǎn)移酶的活性。真核細(xì)胞內(nèi)甲基化狀態(tài)有3種:持續(xù)的低甲基化狀態(tài)(如持家基因的甲基化)、誘導(dǎo)的去甲基化狀態(tài)(如一些發(fā)育階段特異性基因的修飾)和高度甲基化狀態(tài)(如人類女性細(xì)胞內(nèi)縊縮-失活的X染色體的甲基化)。成都多重PCR技術(shù)甲基化重測(cè)序送樣要求
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