DNA甲基化是指生物體在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase,DMT) 的催化下,以s-腺苷甲硫氨酸(SAM)為甲基供體,將甲基轉(zhuǎn)移到特定的堿基上的過程。DNA甲基化能降低某些基因的表達(dá)活性,去甲基化則能引起基因的重新活化和表達(dá)。DNA甲基化能引起染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用方式的改變,從而影響基因表達(dá)。研究證實(shí),CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化導(dǎo)致了人體1/3以上由于堿基變異而引起的遺傳性疾病。由于DNA甲基化與人體發(fā)育和tumour疾病的密切關(guān)系,特別是CpG島甲基化引起的抑cancer基因的轉(zhuǎn)錄失活,使得DNA甲基化成為表觀遺傳學(xué)和表觀基因組學(xué)的重要研究?jī)?nèi)容。上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴(kuò)增目的片段,添加barcode和測(cè)序通用接頭。浙江bisulfite甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)
目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序(Hi-Methylseq)結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測(cè)序技術(shù),可實(shí)現(xiàn)多區(qū)段、多位點(diǎn)的甲基化精確定量分析,特別適合隊(duì)列樣本目標(biāo)區(qū)域的甲基化分析,測(cè)序深度高,結(jié)果更加準(zhǔn)確。適用于感興趣目的片段甲基化研究;適用于在大樣本中進(jìn)一步確認(rèn)全基因組甲基化研究挑選的陽(yáng)性位點(diǎn)(DMR)。農(nóng)口上:表觀遺傳學(xué)研究、品種鑒定、品種改良;醫(yī)口上:tumour早期診斷、表觀遺傳學(xué)生物標(biāo)志物開發(fā)、tumour復(fù)發(fā)的 預(yù)測(cè)因子。安徽多重PCR技術(shù)甲基化重測(cè)序哪里好全基因組甲基化測(cè)序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對(duì)基因組進(jìn)行處理后上機(jī)測(cè)序。
DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記,在調(diào)控基因表達(dá)、細(xì)胞的分化與發(fā)育等過程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。使用基于重亞硫酸氫鹽測(cè)序的方法進(jìn)行DNA甲基化評(píng)估:首先用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA可將未甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶(黃色字母),而甲基化胞嘧啶保留為胞嘧啶(白色字母);然后進(jìn)行兩輪PCR:first輪PCR分別放大每個(gè)樣本的每個(gè)區(qū)域,并添加8個(gè)隨機(jī)核苷酸(N8)用于重復(fù)數(shù)據(jù)消除和適配體序列;在匯集每個(gè)生物樣本的擴(kuò)增子后,第二輪PCR完成帶有樣本barcode的序列庫(kù),用于多樣本NGS測(cè)序。
DNA甲基化是表觀遺傳修飾的主要方式,能在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現(xiàn)。為外遺傳編碼(epigenetic code)的一部分,是一種外遺傳機(jī)制。DNA甲基化過程會(huì)使甲基添加到DNA分子上,例如在胞嘧啶環(huán)的5'碳上:這種5'方向的DNA甲基化方式可見於所有脊椎動(dòng)物。在人類細(xì)胞內(nèi),大約有1%的DNA堿基受到了甲基化。在成熟體細(xì)胞組織中,DNA甲基化一般發(fā)生於CpG雙核苷酸(CpG dinucleotide)部位;而非CpG甲基化則於胚胎干細(xì)胞中較為常見。植物體內(nèi)胞嘧啶的甲基化則可分為對(duì)稱的CpG(或CpNpG),或是不對(duì)稱的CpNpNp形式(C與G是堿基;p是磷酸根;N指的是任意的核苷酸)。特定胞嘧碇受甲基化的情形,可利用亞硫酸鹽定序(bisulfite sequencing)方式測(cè)定。DNA甲基化可能使基因沉默化,進(jìn)而使其失去功能。此外,也有一些生物體內(nèi)不存在DNA甲基化作用。DNA甲基化分析是經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后,用PCR擴(kuò)增目的片段,并對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序.
DNA甲基化一般是指DNA復(fù)制后,在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下,將S-腺甘酰甲硫氨酸分子上的甲基轉(zhuǎn)移到DNA分子中胞嘧啶殘基的第5位碳原子上,形成5-甲基胞嘧啶的過程,它是真核細(xì)胞生物基因組重要的修飾方式之一。DNA甲基化包括從頭甲基化和維持甲基化2種模式。從頭甲基化是指在從未發(fā)生甲基化的位點(diǎn)上發(fā)生甲基化修飾,建立DNA甲基化的過程;而維持甲基化是指維持甲基化的酶可識(shí)別新合成的半甲基化雙鏈DNA,并將甲基添加到新鏈的非甲基化胞嘧啶上。WGBS的流程與全基因組DNA測(cè)序主要區(qū)別于DNA文庫(kù)的構(gòu)建。北京bisulfite甲基化重測(cè)序送樣要求
在基因組的某些區(qū)域中,通常位于基因的啟動(dòng)子區(qū),CpG 序列密度很高,可以達(dá)均值的5 倍以上。浙江bisulfite甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)
5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC) 是一種常見的DNA修飾類型,能調(diào)節(jié)基因表達(dá)、轉(zhuǎn)座子及染色體的狀態(tài)等。全基因組重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的WGBS法,能夠?qū)崿F(xiàn)單堿基分辨率的甲基化位點(diǎn)準(zhǔn)確、高效定位。通過***分析不同處理方式下的全基因組甲基化水平,快速準(zhǔn)確鑒定出差異甲基化區(qū)域,有助于我們更加***深入地了解動(dòng)、植物的甲基化模式和表觀調(diào)控機(jī)制,在動(dòng)物行為、植物脅迫、植物性狀、胚胎發(fā)育、cancer疾病、生物標(biāo)記物等方面具有普遍的應(yīng)用。浙江bisulfite甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)
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