上海SSRSNP分型

來源: 發(fā)布時間:2021-10-20

SNP挑選:(1)SNP位于非編碼區(qū);(2)SNP平均分布在29條常染色體上;(3),小等位基因頻度(MAF)需大于30%,保證位點有足夠多態(tài)性;SNP鑒定方法~翼和Hi-SNP:59個SNP采用上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司的Hi-SNP技術(shù),由本公司實施多重PCR建庫與illuminaX-10測序。上海翼和應(yīng)用生物**團隊富有開創(chuàng)精神,朝氣蓬勃,在肖君華博士的帶領(lǐng)下,秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神,為科研用戶提供性價比高、可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。高分辨率熔解曲線分析(HRM)是近幾年興起的SNP研究工具。上海SSRSNP分型

理論上講,SNP既可能是二等位多態(tài)性,也可能是3個或4個等位多態(tài)性,但實際上,后兩者非常少見,幾乎可以忽略。因此,通常所說的SNP都是二等位多態(tài)性的。這種變異可能是轉(zhuǎn)換(CT,在其互補鏈上則為GA),也可能是顛換(CA,GT,CG,AT)。轉(zhuǎn)換的發(fā)生率總是明顯高于其它幾種變異,具有轉(zhuǎn)換型變異的SNP約占2/3,其它幾種變異的發(fā)生幾率相似。Wang等的研究也證明了這一點。轉(zhuǎn)換的幾率之所以高,可能是因為CpG二核苷酸上的胞嘧啶殘基是人類基因組中,易發(fā)生突變的位點,其中大多數(shù)是甲基化的,可自發(fā)地脫去氨基而形成胸腺嘧啶。在基因組DNA中,任何堿基均有可能發(fā)生變異,因此SNP既有可能在基因序列內(nèi),也有可能在基因以外的非編碼序列上??偟膩碚f,位于編碼區(qū)內(nèi)的SNP(codingSNP,cSNP)比較少,因為在外顯子內(nèi),其變異率及周圍序列的1/5.但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義,因此cSNP的研究更受關(guān)注。微衛(wèi)星STRSNP分型售后服務(wù)周到SNP是多態(tài)性中的一種,只是進(jìn)一步限定了差異只是單堿基。

《CandidateGenePolymorphismsandtheirAssociationwithGlycogenContentinthePacificOysterCrassostreagigas》本文作者在野生群體中進(jìn)行了候選基因關(guān)聯(lián)分析,選擇90個候選基因以及295個SNP位點,并且結(jié)合目標(biāo)基因捕獲測序分型732個SNP位點。發(fā)現(xiàn)Cg_GD1基因(glycogendebranchingenzyme)中的兩個SNP位點(Cg_SNP_TY202andCg_SNP_3021)inCg_GD1(glycogendebranchingenzyme)和Cg_GP1基因(glycogenphosphorylase)中的一個SNP位點(Cg_SNP_4)與糖原含量相關(guān),基因表達(dá)量分析顯示這兩個基因在高糖原與低糖原中的表達(dá)量也有比較明顯差異。

這種熔解分析只能區(qū)分在片段大小和GC含量上差別較比較明顯的DNA序列,比如檢查PCR擴增產(chǎn)物中是否存在引物二聚體及其他非特異性的擴增。如果要區(qū)分SNP,分辨率還不夠。為什么呢?這里有必要先介紹一下飽和染料和非飽和染料。SYBRGreenI就屬于非飽和性染料,由于它對PCR的抑制作用,在實驗中的使用濃度很低,遠(yuǎn)未將DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)中的小溝飽和。這樣,DNA雙鏈高溫變性時,單鏈部分的熒光染料分子發(fā)生重排,熒光染料分子重新結(jié)合到雙鏈DNA的空置位點,造成熒光信號沒有變化,因此出現(xiàn)假陰性,特異性下降。對于PCR產(chǎn)物模板可通過多重PCR反應(yīng)體系來獲得。

通過對病例組和對照組的基因分型,并且對病例組的各種因素如年齡、性別、是否吸煙、喝酒等進(jìn)行了調(diào)查,使得分析的結(jié)果多樣化,更加有意思。根據(jù)初步定位得到的風(fēng)險值估計和關(guān)聯(lián)分析結(jié)果,進(jìn)一步進(jìn)行多元分析,并與血脂譜各項指標(biāo)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,從而對其功能模式進(jìn)行推測。這樣就使得全文的邏輯層次分明,更加完整,是比較經(jīng)典的SNP研究模式。上海翼和**團隊富有開創(chuàng)精神,朝氣蓬勃,在肖君華博士的帶領(lǐng)下,秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神,為科研用戶提供性價比高、可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。SNP(單核苷酸多態(tài)性)易于基因分型。廣州微衛(wèi)星標(biāo)記strSNP分型質(zhì)量好

SNP所表現(xiàn)的多態(tài)性只涉及到單個堿基的變異,這種變異可由單個堿基的轉(zhuǎn)換或顛換所引起。上海SSRSNP分型

在擁有飽和染料和高分辨率儀器之后,HRM分析就可以開始啦。這個過程其實很簡單,就是對PCR的擴增子進(jìn)行加熱,溫度從50°C逐漸上升到95°C。在此過程中,擴增子逐漸解鏈,在到達(dá)熔解溫度(Tm)時,DNA鏈完全分開。在HRM分析的初期,熒光強度很高,隨著溫度升高,雙鏈DNA逐漸減少,熒光強度也就下降了。HRM儀器通過照相機,記錄下熒光變化的整個過程。通過對數(shù)據(jù)的作圖,就生成了熔解曲線。上海翼和**團隊富有開創(chuàng)精神,朝氣蓬勃,在肖君華博士的帶領(lǐng)下,秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神,為科研用戶提供性價比高、可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。上海SSRSNP分型

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