上海市靶向捕獲高通量測序平臺

臺盼藍染色原理：臺盼藍染色原理：臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜，故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高，可使染料進入細胞內(nèi)而使死細胞染成淡藍色。

通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質(zhì)檢得到質(zhì)檢結(jié)果：明場（細胞未染色）：主要可以觀察懸液背景質(zhì)量（背景干凈，無雜質(zhì)碎片，無細胞團塊）；臺盼藍場（細胞與臺盼藍染色后）：主要可以觀察活性（主要為活細胞，未染色藍色的為活細胞）；通過臺盼藍場計算活率：90%>80%；細胞濃度:710cells/μl;等結(jié)果來看，血球計數(shù)板質(zhì)檢結(jié)果的展示可以看出所有指標(biāo)均符合上機標(biāo)準(zhǔn)，屬于高質(zhì)量單細胞懸液。 使用足量的干冰運輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運輸過程中樣品降解的可能性。上海市靶向捕獲高通量測序平臺

全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序，其研究主要包括3個方面：第一種為不參考任何現(xiàn)有序列從頭組裝測序，是對未知基因組序列的物種進行基因組測序，并綜合利用不同測序技術(shù)和生物信息學(xué)工具對研究物種進行序列拼接和修正，進而獲得該物種的基因組序列圖譜；第二種為常見的全基因組重測序，是對已知基因組序列的物種進行個體或群體的測序研究，建立一個測序文庫進行單個個體或不同個體混合池測序，發(fā)現(xiàn)遺傳變異標(biāo)記，進行后續(xù)的研究；第三種是在已有參考基因組序列圖譜的基礎(chǔ)上，對不同品種的具有代表性個體建立多個文庫進行全基因組從頭組裝測序，此方法能夠進一步的進行參考基因組的修補和發(fā)現(xiàn)短序列比對難以發(fā)現(xiàn)的遺傳變異。生工生物擁有眾多生物信息分析人才，可進行專業(yè)的項目分析，為客戶提供個性化服務(wù)。上海地區(qū)多重PCR高通量測序服務(wù)對于需要進行RNA抽提的部分特殊樣品，可以將組織在液氮中研磨后用TRIzol懸浮后用普通冰袋寄送。

生工高通量測序樣品要求，環(huán)境樣品：如果是新鮮土壤/污泥樣品，可以以冰袋運輸，不超過3天;如果是凍存過的樣品（-20°C或者-80°C冰箱保存），為避免反復(fù)凍融，建議用足量的干冰（根據(jù)經(jīng)驗，在秋冬季節(jié)，如果打包合適，3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時）寄送;如果是水體樣品，建議采用濾膜過濾后，將濾膜寄送來生工。生工不負責(zé)過濾。要求濾膜3張，冰袋運輸，不超過3天。其余特殊環(huán)境樣品，具體咨詢生工高通量測序部。

DNA樣品：請?zhí)峁╇娪灸z圖，濃度>20 ng/μl，總量一般1～2 μg。乙醇沉淀DNA或凍干DNA，可冰袋運輸，不超過3天。

核酸適配體測序，項目介紹：核酸適配體是一類能夠特異性地和靶物質(zhì)結(jié)合的寡核苷酸序列。它可作用于蛋白質(zhì)、金屬離子、小分子化合物、細胞膜表面受體等靶標(biāo)。其結(jié)合能力可與抗體相當(dāng)甚至更強，同時具有低免疫原性、 穩(wěn)定性好等特點，并可結(jié)合各種藥物及載體構(gòu)建多元復(fù)合靶向給藥系統(tǒng)用于tumour靶向treat, 在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有潛在高價值。生工生物針對核酸適配體特殊結(jié)構(gòu)，結(jié)合Illumina MiSeq測序平臺，可以快速對核酸適配體文庫進行大規(guī)模高通量測序，省去克隆測序的麻煩，提高測序深度，快速計算適配體序列頻率，方便科研客戶快速評估序列富集程度。PacBio Sequel/RSII 該測序平臺讀長超長，平均可達10 kb以上。

為什么要用單細胞測序技術(shù)？細胞是生物體結(jié)構(gòu)和功能的基本單位，在生物體生長發(fā)育的過程中，因細胞類型、外界環(huán)境以及內(nèi)部調(diào)節(jié)因素的不同，其轉(zhuǎn)錄組信息也不盡相同。由于基因組和表觀遺傳的重編程，以及在細胞分裂和分化過程中出現(xiàn)的誤差造成來自同一細胞系或個體的細胞呈現(xiàn)出不同的基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組[4]。這就是我們上面提到的細胞異質(zhì)性。細胞異質(zhì)性是生物組織和生物系統(tǒng)的普遍特征[5]。但是我們常規(guī)的二代測序檢測的是一個細胞群體的基因組、轉(zhuǎn)錄組的信息，如培養(yǎng)的大量細胞、動植物組織甚至是整個生物體。在過去的20多年中，人們對轉(zhuǎn)錄組的人數(shù)仍然局限在群體水平[6]。這種方法可以為我們提供大量的基因組或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，卻無法揭示細胞的異質(zhì)性。傳統(tǒng)方法得到的是細胞群的平均基因組，而單細胞測序測量的是細胞群中單個細胞的基因組[7]?，F(xiàn)在也有學(xué)者為了區(qū)分傳統(tǒng)測序和單細胞測序的區(qū)別，將傳統(tǒng)方法稱為批量測序。KBSeq全質(zhì)粒測序?qū)τ跇颖镜牧?，要求的也比較少。上海地區(qū)轉(zhuǎn)錄組高通量測序應(yīng)用

Illumina HiSeq2500/4000 可以運行PE150/PE250模式。上海市靶向捕獲高通量測序平臺

轉(zhuǎn)錄組測序，項目介紹：RNA-Seq，是基于新一代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的 RNA 并進行 mRNA 富集，然后反轉(zhuǎn)錄為 cDNA 后進行新一代高通量測序，在此基礎(chǔ)上進行短片段拼接組裝，從而獲得一個個單獨轉(zhuǎn)錄本，進而可以對該生物樣品當(dāng)前狀態(tài)的基因表達狀況有全局了解。對不同階段或部位生物樣品的轉(zhuǎn)錄組進行 比較分析，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達水平的變化，針對關(guān)鍵基因則可以進行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建。上海市靶向捕獲高通量測序平臺

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