2021年11月1日，在這個平凡而又特殊的日子里，生工生物高通量測序部迎來了一位新成員——10xGenomics Chromium X！不要看我們個頭小，我們可是百萬級單細胞捕獲神器吆。X是如何實現(xiàn)單次運行有這么高的吞吐量呢？多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術(shù)。X儀器本身有16個通道（Controller為8通道），每個通道比較多捕獲20000個細胞（Controller為10000個細胞）。再結(jié)合10x的CellPlex多樣本混樣技術(shù)，每個通道比較多可捕獲60,000個細胞，去除雙細胞率后，每張芯片比較多可捕獲750,000個單細胞。生工生物接受客戶自備文庫測序項目。上海地區(qū)多重擴增高通量測序應用
生工高通量測序部擁有豐富的樣品處理經(jīng)驗，日均處理樣品200余例，涵蓋污泥、糞便、海底沉泥、水體濾膜、植物組織、動物組織/細胞等樣品，省去您處理樣品的繁瑣過程。生物信息分析經(jīng)驗豐富，可以滿足客戶標準分析到定制分析作圖的需求。且生工一直秉持只要生工已經(jīng)標準化的分析內(nèi)容（以生工分析報告模板為準），全部free。生工生物擁有生命科學領(lǐng)域較全的產(chǎn)品及服務體系，可以承接從分子到蛋白各個層級的實驗項目，一站式解決問題。同時生工生物單細胞團隊目前已同時擁有10xGenomicsChromiumController和ChromiumX雙平臺，可為您提供超高通量和低通量單細胞樣本雙重。上海地區(qū)18s高通量測序原理DNA樣品建議用藍冰運輸。
生工高通量測序樣品要求，RNA樣品：請?zhí)峁舛取?50 ng/μl、總量≥2μg的總RNA樣品，樣品請去蛋白并進行DNase處理;請務必提供每個樣品具體的濃度、體積、制備時間以及物種來源。比較好附上QC數(shù)據(jù)，可以是電泳膠圖、分光光度值、Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)或者Agilent Bioanalyzer儀器檢測數(shù)據(jù)等;一般情況下，轉(zhuǎn)錄組測序需要Agilent Bioanalyzer儀器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1，RIN≥7;小RNA測測序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒，可選擇傳統(tǒng)總RNA提取法（如乙醇沉淀、異丙醇沉淀等）或者選用專門的小RNA提取試劑盒;寄送RNA樣品請置于1.5 ml離心管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間，管口使用Parafilm封口。在運輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管中，再將50 ml管放在封口袋中。使用足量的干冰運輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運輸過程中樣品降解的可能性。
通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質(zhì)檢得到質(zhì)檢結(jié)果：明場（細胞未染色）：主要可以觀察懸液背景質(zhì)量（背景干凈，無雜質(zhì)碎片，無細胞團塊）；臺盼藍場（細胞與臺盼藍染色后）：主要可以觀察活性（主要為活細胞，未染色藍色的為活細胞）；通過臺盼藍場計算活率：90%>80%；細胞濃度:710cells/μl;等結(jié)果來看，血球計數(shù)板質(zhì)檢結(jié)果的展示可以看出所有指標均符合上機標準，屬于高質(zhì)量單細胞懸液。以上就是我們本次的單細胞懸液質(zhì)檢指南分享啦。高通量測序技術(shù)是可以平行對數(shù)百萬甚至數(shù)十億條序列測序的技術(shù)。
為什么要用單細胞測序技術(shù)？細胞是生物體結(jié)構(gòu)和功能的基本單位，在生物體生長發(fā)育的過程中，因細胞類型、外界環(huán)境以及內(nèi)部調(diào)節(jié)因素的不同，其轉(zhuǎn)錄組信息也不盡相同。由于基因組和表觀遺傳的重編程，以及在細胞分裂和分化過程中出現(xiàn)的誤差造成來自同一細胞系或個體的細胞呈現(xiàn)出不同的基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組[4]。這就是我們上面提到的細胞異質(zhì)性。細胞異質(zhì)性是生物組織和生物系統(tǒng)的普遍特征[5]。但是我們常規(guī)的二代測序檢測的是一個細胞群體的基因組、轉(zhuǎn)錄組的信息，如培養(yǎng)的大量細胞、動植物組織甚至是整個生物體。在過去的20多年中，人們對轉(zhuǎn)錄組的人數(shù)仍然局限在群體水平[6]。這種方法可以為我們提供大量的基因組或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，卻無法揭示細胞的異質(zhì)性。傳統(tǒng)方法得到的是細胞群的平均基因組，而單細胞測序測量的是細胞群中單個細胞的基因組[7]?，F(xiàn)在也有學者為了區(qū)分傳統(tǒng)測序和單細胞測序的區(qū)別，將傳統(tǒng)方法稱為批量測序。組織材料樣品（提取RNA用），請預先用液氮速凍，然后轉(zhuǎn)移到干冰中運輸。上海地區(qū)轉(zhuǎn)錄組高通量測序應用
在運輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管中，再將50 ml管放在封口袋中。上海地區(qū)多重擴增高通量測序應用
使用顯微鏡進行懸液質(zhì)檢操作時應注意：1.使用血球計數(shù)板時，可以提前鏡檢觀察每小格計數(shù)室內(nèi)是否潔凈無雜質(zhì)。若有雜質(zhì)灰層，則需要多次清洗，直至計數(shù)室潔凈無瑕；2.質(zhì)檢前將懸液輕微震蕩或使用擴口gun頭吹打混勻；3.臺盼藍染色后需要盡快完成細胞計數(shù)，一般建議不要超過10分鐘；4.如果方格中細胞數(shù)目過多，難以數(shù)清，應當對細胞懸液進行稀釋以便于計數(shù)；5.對于壓在方格界線上的細胞應當計數(shù)同側(cè)相鄰兩邊上的細胞數(shù)，一般可采取“數(shù)上線不數(shù)下線，數(shù)左線不數(shù)右線”的原則處理，另兩邊不計數(shù)。上海地區(qū)多重擴增高通量測序應用
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