上海地區(qū)羥甲基化測序高通量測序應(yīng)用

生工人線粒體基因組測序（多重擴(kuò)增法），項目介紹：生工生物高通量測序部采用多重擴(kuò)增技術(shù)，對人線粒體基因組進(jìn)行擴(kuò)增捕獲，并進(jìn)一步采用Illumina測序平臺進(jìn)行高通量測序。該技術(shù)方案可以快速擴(kuò)增到幾乎線粒體全長，并進(jìn)行高深度測序，下游提供常規(guī)比對篩查突變等生物信息分析?？蛻籼峁悠奉愋停?.人來源DNA，濃度大于1ng/ul，總量大于20ng，以Qubit檢測結(jié)果為準(zhǔn)2.運(yùn)輸條件：冰袋運(yùn)輸。交付信息：1.測序原始數(shù)據(jù)交付實(shí)驗(yàn)報告2.測序原始數(shù)據(jù)3.突變分析結(jié)果。X儀器本身有16個通道（Controller為8通道），每個通道極限多捕獲20000個細(xì)胞（Controller為10000個細(xì)胞） 。上海地區(qū)羥甲基化測序高通量測序應(yīng)用

懸液制備好后質(zhì)檢結(jié)果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細(xì)胞懸液質(zhì)檢關(guān)卡究竟是怎樣運(yùn)作的呢？單細(xì)胞懸液質(zhì)控要求：?細(xì)胞濃度：700-1200cells/μl；?細(xì)胞活率>80%（當(dāng)細(xì)胞懸液活率低于70%時建議進(jìn)行去除死細(xì)胞處理）；細(xì)胞團(tuán)及碎片雜質(zhì)<5%（無細(xì)胞粘連，無明顯的細(xì)胞碎片和細(xì)胞團(tuán)，并保證細(xì)胞的完整性）；?細(xì)胞狀態(tài)：細(xì)胞直徑在7-40um之間（細(xì)胞直徑過大則建議進(jìn)行抽核處理）；?不存在逆轉(zhuǎn)錄抑制劑和非細(xì)胞的核酸分子。上海lncRNA高通量測序原理請合理安排樣品寄送時間，避免樣本在周六、周日或法定節(jié)假日到達(dá)生工生物。

生工外顯子測序，項目介紹：已知人類基因組上有180000個外顯子，占整個基因組約1-2%。這些區(qū)域主要負(fù)責(zé)編碼蛋白。絕大多數(shù)的單基因遺傳突變與復(fù)雜疾病突變都發(fā)生在外顯子區(qū)域。相比于全基因組重測 序，全外顯子捕獲測序有測序深度高、價格便宜的優(yōu)勢，性價比很高。生工生物采用Aglient SureSelect系列外顯子捕獲系統(tǒng)，可以高效富集人全外顯子區(qū)域，并結(jié)合Illumina XTen測序平臺進(jìn)行深度測序。后期可以完成SNP/InDel/CNV等變異檢測，形成完整的分析報告。

轉(zhuǎn)錄組測序，項目介紹：RNA-Seq，是基于新一代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的 RNA 并進(jìn)行 mRNA 富集，然后反轉(zhuǎn)錄為 cDNA 后進(jìn)行新一代高通量測序，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行短片段拼接組裝，從而獲得一個個單獨(dú)轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以對該生物樣品當(dāng)前狀態(tài)的基因表達(dá)狀況有全局了解。對不同階段或部位生物樣品的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行 比較分析，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化，針對關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建。請寄送樣本（尤其是細(xì)胞樣本）之前鑒定樣本所屬物種。

真核/原核有參mRNA-Seq，項目介紹：轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather，狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達(dá)的主要手段，是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式，通過轉(zhuǎn)錄組測序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控，是目前運(yùn)用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺，測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后，mapping至參考基因組序列，對mapping到基因上的reads進(jìn)行計數(shù)，計算基因的表達(dá)量后，進(jìn)行基因表達(dá)差異及差異基因GO、KOG（原核生物為COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。對于多個樣本，可進(jìn)行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達(dá)分析、PCA主成分分析。另外，依據(jù)參考基因組，可進(jìn)行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗(yàn)證性分析；可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析等分析。另外，還可以進(jìn)行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析，深入研究基因功能，進(jìn)一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息，為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)理提供方向。小RNA測測序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒。上海無參轉(zhuǎn)錄組高通量測序服務(wù)

一臺10xGenomics Chromium X儀器能夠在單次運(yùn)行中分析數(shù)百至數(shù)十萬個細(xì)胞，讓百萬級的細(xì)胞研究變得常規(guī)。上海地區(qū)羥甲基化測序高通量測序應(yīng)用

細(xì)胞質(zhì)檢時染料染色的原理：臺盼藍(lán)染色原理：臺盼藍(lán)不能透過活細(xì)胞正常完整的細(xì)胞膜，故活細(xì)胞不被染色。而死細(xì)胞的細(xì)胞膜透性增高，可使染料進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)而使死細(xì)胞染成淡藍(lán)色。AO/PI染色原理：吖啶橙（AO）是一種小分子染料，可以通過完整的細(xì)胞膜，嵌入所有細(xì)胞（活細(xì)胞和死細(xì)胞）的細(xì)胞核，呈現(xiàn)綠色熒光；碘化丙啶（PI）只能通過不完整的細(xì)胞膜，即死細(xì)胞的細(xì)胞膜，嵌入所有死細(xì)胞的細(xì)胞核，呈現(xiàn)紅色熒光，通過標(biāo)記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細(xì)胞和死細(xì)胞，這種特異性染色的方法也可以排除無核細(xì)胞、雜質(zhì)、碎片等的干擾。上海地區(qū)羥甲基化測序高通量測序應(yīng)用

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