上海生工生物 高通量測序平臺

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-08-11

全基因組測序是對未知基因組序列的物種進(jìn)行個(gè)體的基因組測序,其研究主要包括3個(gè)方面:第一種為不參考任何現(xiàn)有序列從頭組裝測序,是對未知基因組序列的物種進(jìn)行基因組測序,并綜合利用不同測序技術(shù)和生物信息學(xué)工具對研究物種進(jìn)行序列拼接和修正,進(jìn)而獲得該物種的基因組序列圖譜;第二種為常見的全基因組重測序,是對已知基因組序列的物種進(jìn)行個(gè)體或群體的測序研究,建立一個(gè)測序文庫進(jìn)行單個(gè)個(gè)體或不同個(gè)體混合池測序,發(fā)現(xiàn)遺傳變異標(biāo)記,進(jìn)行后續(xù)的研究;第三種是在已有參考基因組序列圖譜的基礎(chǔ)上,對不同品種的具有代表性個(gè)體建立多個(gè)文庫進(jìn)行全基因組從頭組裝測序,此方法能夠進(jìn)一步的進(jìn)行參考基因組的修補(bǔ)和發(fā)現(xiàn)短序列比對難以發(fā)現(xiàn)的遺傳變異。生工生物擁有眾多生物信息分析人才,可進(jìn)行專業(yè)的項(xiàng)目分析,為客戶提供個(gè)性化服務(wù)。生工一直秉持只要生工已經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的分析內(nèi)容(以生工分析報(bào)告模板為準(zhǔn)),全部無費(fèi)用。上海生工生物 高通量測序平臺

使用顯微鏡進(jìn)行懸液質(zhì)檢操作時(shí)應(yīng)注意:1.使用血球計(jì)數(shù)板時(shí),可以提前鏡檢觀察每小格計(jì)數(shù)室內(nèi)是否潔凈無雜質(zhì)。若有雜質(zhì)灰層,則需要多次清洗,直至計(jì)數(shù)室潔凈無瑕;2.質(zhì)檢前將懸液輕微震蕩或使用擴(kuò)口***頭吹打混勻;3.臺盼藍(lán)染色后需要盡快完成細(xì)胞計(jì)數(shù),一般建議不要超過10分鐘;4.如果方格中細(xì)胞數(shù)目過多,難以數(shù)清,應(yīng)當(dāng)對細(xì)胞懸液進(jìn)行稀釋以便于計(jì)數(shù);5.對于壓在方格界線上的細(xì)胞應(yīng)當(dāng)計(jì)數(shù)同側(cè)相鄰兩邊上的細(xì)胞數(shù),一般可采取“數(shù)上線不數(shù)下線,數(shù)左線不數(shù)右線”的原則處理,另兩邊不計(jì)數(shù)。上海生工生物 高通量測序平臺組織材料樣品(提取RNA用)建議將標(biāo)簽用膠帶貼到管壁,干冰運(yùn)輸。

單細(xì)胞懸液質(zhì)檢方法,在進(jìn)行單細(xì)胞懸液質(zhì)檢時(shí),需要用到以下兩大質(zhì)檢利器的輔助:熒光細(xì)胞計(jì)數(shù)儀(主要使用臺盼藍(lán)和雙熒光AO/PI染色法)進(jìn)行質(zhì)檢。首先我們先要了解一下細(xì)胞質(zhì)檢時(shí)染料染色的原理:臺盼藍(lán)染色原理:臺盼藍(lán)不能透過活細(xì)胞正常完整的細(xì)胞膜,故活細(xì)胞不被染色。而死細(xì)胞的細(xì)胞膜透性增高,可使染料進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)而使死細(xì)胞染成淡藍(lán)色。熒光細(xì)胞計(jì)數(shù)儀檢測結(jié)果可以讓我們直觀的看到:細(xì)胞濃度(總細(xì)胞,活細(xì)胞,死細(xì)胞)、細(xì)胞存活率(臺盼藍(lán)和雙熒光AO/PI染色)、細(xì)胞平均直徑、細(xì)胞聚團(tuán)率、細(xì)胞直徑分布等結(jié)果的展示。

通過顯微鏡使用血球計(jì)數(shù)板質(zhì)檢能觀察到懸液背景質(zhì)量和細(xì)胞數(shù)目及活性的評估。讓我們再來回顧一下臺盼藍(lán)染色原理:臺盼藍(lán)染色原理:臺盼藍(lán)不能透過活細(xì)胞正常完整的細(xì)胞膜,故活細(xì)胞不被染色。而死細(xì)胞的細(xì)胞膜透性增高,可使染料進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)而使死細(xì)胞染成淡藍(lán)色。怎樣通過血球計(jì)數(shù)板進(jìn)行質(zhì)檢操作呢?將血球計(jì)數(shù)板擦拭干凈,取干凈的蓋玻片蓋在計(jì)數(shù)板上;將細(xì)胞懸液混勻(或10μl臺盼藍(lán)+10μl細(xì)胞懸液),吸出10μl懸液至計(jì)數(shù)板上蓋玻片的一側(cè)使細(xì)胞核懸液鋪滿蓋玻片和計(jì)數(shù)板之間;在顯微鏡下分別對V1/V2/V3/V4四個(gè)計(jì)數(shù)區(qū)域進(jìn)行計(jì)數(shù);按細(xì)胞計(jì)數(shù)公式進(jìn)行計(jì)算,計(jì)算公式:細(xì)胞總數(shù)={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*懸液體積*稀釋倍數(shù),V1/V2/V3/V4為各個(gè)計(jì)數(shù)區(qū)的細(xì)胞數(shù)目,細(xì)胞活率=活細(xì)胞數(shù)目/總細(xì)胞數(shù)目*100%。什么是KBSeq全質(zhì)粒測序?

怎樣通過血球計(jì)數(shù)板進(jìn)行質(zhì)檢操作呢?將血球計(jì)數(shù)板擦拭干凈,取干凈的蓋玻片蓋在計(jì)數(shù)板上;將細(xì)胞懸液混勻(或10μl臺盼藍(lán)+10μl細(xì)胞懸液),吸出10μl懸液至計(jì)數(shù)板上蓋玻片的一側(cè)使細(xì)胞核懸液鋪滿蓋玻片和計(jì)數(shù)板之間;在顯微鏡下分別對V1/V2/V3/V4四個(gè)計(jì)數(shù)區(qū)域進(jìn)行計(jì)數(shù);按細(xì)胞計(jì)數(shù)公式進(jìn)行計(jì)算,計(jì)算公式:細(xì)胞總數(shù)={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*懸液體積*稀釋倍數(shù),V1/V2/V3/V4為各個(gè)計(jì)數(shù)區(qū)的細(xì)胞數(shù)目,細(xì)胞活率=活細(xì)胞數(shù)目/總細(xì)胞數(shù)目*100%。特別申明:不能采用過柱離心的方法提取總RNA。上海市靶向捕獲高通量測序高通量

PacBio Sequel/RSII 該測序平臺主要承接細(xì)菌基因組完成圖測序、fungus基因組精細(xì)圖測序、全長轉(zhuǎn)錄本測序服務(wù)。上海生工生物 高通量測序平臺

懸液制備好后質(zhì)檢結(jié)果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細(xì)胞懸液質(zhì)檢關(guān)卡究竟是怎樣運(yùn)作的呢?單細(xì)胞懸液質(zhì)控要求:?細(xì)胞濃度:700-1200cells/μl;?細(xì)胞活率>80%(當(dāng)細(xì)胞懸液活率低于70%時(shí)建議進(jìn)行去除死細(xì)胞處理);細(xì)胞團(tuán)及碎片雜質(zhì)<5%(無細(xì)胞粘連,無明顯的細(xì)胞碎片和細(xì)胞團(tuán),并保證細(xì)胞的完整性);?細(xì)胞狀態(tài):細(xì)胞直徑在7-40um之間(細(xì)胞直徑過大則建議進(jìn)行抽核處理);?不存在逆轉(zhuǎn)錄抑制劑和非細(xì)胞的核酸分子。上海生工生物 高通量測序平臺

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