N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一，在細菌、藻類及植物基因組中***存在，在DNA錯配修復、染色體分離和毒力調節(jié)中發(fā)揮作用。6mA免疫沉淀測序(6mA-IPSeq)通過特異性抗體富集6mA甲基化的DN**段，然后結合高通量測序技術在全基因組水平上以較小的數據量，快速、高效地尋找6mA甲基化區(qū)域。技術優(yōu)勢全基因組范圍鑒定6mA甲基化修飾區(qū)域技術方法適合所有物種(一般推薦藻類及植物)科學方案設計從項目背景了解、協(xié)助方案設計、實驗材料選取、建庫測序，到數據分析每個項目有特定的科學問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學、縝密的設計及時高效的溝通；以保障高質量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150。 基因組DNA冰袋或者干冰運輸。陜西焦磷酸測序技術服務售后分析
相比之下，VeraCode GoldenGate甲基化分析技術更適合中通量的篩選及驗證研究，它以以矩陣微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM)）形式分析48至384個用戶指定的CpG位點。首先，將亞硫酸氫鹽處理的基因組DNA 與分析oligo混合，oligo與未甲基化位點的U互補，或者與甲基化位點的C互補。雜交之后，引物延伸，并連接上位點特異的oligo來產生通用 PCR的模板。***，用標記的PCR引物生成可檢測的產物。據Illumina的產品**介紹，其產品的**優(yōu)勢在于單個CpG位點的分辨率。其它分析將甲基化定位在一段區(qū)域，而通過Illumina分析，你能精確測定某個CpG位點的甲基化水平。陜西焦磷酸測序技術服務售后分析WGBS和RRBS都是金標準技術, CNS發(fā)表文章都很多，廣發(fā)被接受。
甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM)
通過熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉變成熔解曲線的差異，因此DNA樣本經過亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會存在序列差異，這種差異可通過熔解曲線分析來發(fā)現。使用該方法進行甲基化分析*需一對引物，相對簡單，不過這種方法對儀器的要求頗高，需要帶HRM模塊的熒光定量PCR儀，并且在進行實時定量PCR過程中，需要使用飽和的熒光染料。利用MS-HRM技術進行甲基化檢測只能對檢測片段整體甲基化情況進行分析，并不能明確每個CpG位點的甲基化狀態(tài)。因此這種技術適用于大量樣本的檢測，篩選出感興趣的CPG位點，然后利用其他方法進行單個位點的精確檢測及甲基化程度的精確定量。
重亞硫酸鹽處理結合測序是目前檢測甲基化的金標準。除了全基因組甲基化測序技術等研究手段，對于大樣本量甲基化研究來說，更需要靈活、有針對性的技術方案。NGS-BSP方法適合幾個到幾十個基因或者位點進行大樣本甲基化測序或者驗證項目，具有更快速的實驗周期及低成本優(yōu)勢。技術優(yōu)勢高效靈活的目標區(qū)域甲基化檢測的工具BSP和高通量測序完美結合，單堿基分辨率適合幾個到幾十個位點的大樣本驗證項目適合所有動物樣本、周期快、檢測位點靈活、性價比高科學方案設計從項目背景了解、協(xié)助方案設計、實驗材料選取、建庫測序，到數據分析每個項目有特定的科學問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學、縝密的設計及時高效的溝通；以保障高質量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個區(qū)域/位點)；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測序深度：>。 提供樣本DNA完整性質檢結果。
甲基化特異性PCR（MS-PCR）
DNA在亞硫酸氫鹽作用后，DNA CpG若無甲基化，則序列中的C改變?yōu)閁，若有甲基化則保持不變，因此從理論上講，用不同的引物做PCR，即可檢測出這種差異，從而確定基因有無CpG島甲基化。因此根據目的基因修飾前后的改變，就可以相應設計M和U引物，有時我們需要設計兩輪引物。
這種方法靈敏度高，無需特殊儀器，因此經濟實用，是目前應用**為***的檢測方法。不過也存在一定的局限性，預先需要知道待測片段的DNA序列，引物的設計非常重要。另外，亞硫酸氫鹽處理也十分關鍵，若處理不完全則可能導致假陽性的出現。 CpG島常位于基因轉錄調控區(qū)附近。陜西焦磷酸測序技術服務售后分析
芯片數據如何與二代、三代數據整合。陜西焦磷酸測序技術服務售后分析
將待測DNA經過亞硫酸鹽處理，通過PCR擴增過程引入T7啟動子序列，經T7DNA聚合酶的體外轉錄過程得到各樣本RNA產物，經堿基特異性酶切處理，得到RNA小片段，并用飛行質譜檢測每個片段的分子量，***EpiTYPER程序完成數據的自動化處理并報告每個檢測片段的甲基化程度。技術優(yōu)勢·檢測片段長：擴增片段長度可達500bp·高靈敏度：可發(fā)現低至5%甲基化水平，樣本起始量低至10ng。·重復性好：變異系數CV≤5%。·高性價比：用384孔板進行PCR反應，一個擴增產物可以進行多重CpG位點分析，無需后續(xù)驗證，可直接用于文章發(fā)表。服務內容1.根據客戶提供的序列信息進行預評估；2.進行樣本DNA的分離、純化、質檢及亞硫酸鹽修飾。3.使用特殊設計的一對引物擴增樣本，得到帶有T7RNA聚合酶啟動子序列的擴增產物。4.在體外轉錄體系中，利用T7RNA聚合酶，將擴增產物轉錄為RN**斷。5.利用RNaseA能夠特異性識別并切割RNA中U3’端的特性，將RN**斷切割成攜帶有CpG位點的小片斷。6.使用sequenom®MassArray飛行質譜分析系統(tǒng)檢測產物。由于同一片斷中，只有CpG和CpA之間16Da的分子量差別，即質譜圖中兩者峰的差距。 陜西焦磷酸測序技術服務售后分析