安捷倫公司芯片平臺(tái)因其強(qiáng)大的eArray探針設(shè)計(jì)平臺(tái)，可以進(jìn)行芯片的定制。在甲基化領(lǐng)域同樣適用。合作伙伴利用Agilent芯片平臺(tái)設(shè)計(jì)了一款專門針對(duì)**啟動(dòng)子區(qū)域CpG島的甲基化芯片。絕大多數(shù)基因是針對(duì)基因的啟動(dòng)子區(qū)域的CpG島設(shè)計(jì)探針。這款芯片上一共有4160個(gè)功能注釋比較明確的基因，其中2128個(gè)和**發(fā)生有關(guān)系。從功能上分，有256基因和細(xì)胞凋亡有關(guān)，1273個(gè)基因和信號(hào)傳導(dǎo)有關(guān)，487個(gè)基因和壓力和衰老有關(guān)。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理進(jìn)行甲基化檢測的方法探針的分辨率可以精確到100 bp。在哺乳動(dòng)物中CpG以兩種形式存在。6mA技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富
熒光定量法（Methylight）
這種技術(shù)是在MSP技術(shù)上發(fā)展起來的，在MSP擴(kuò)增過程中利用熒光染料進(jìn)行定量。TaqMan? 探針法的應(yīng)用使得該技術(shù)具有更高的精確性。其原理與SNP檢測類似，針對(duì)亞硫酸氫鹽處理之后的DN**段，在甲基化位點(diǎn)上會(huì)存在單堿基的差異，根據(jù)這種差異進(jìn)行探針設(shè)計(jì)，隨后進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR，就能夠檢測甲基化的差異。這種方法**的優(yōu)勢在于其高敏感性和較高通量，且無需在PCR后電泳、雜交等操作，減少了污染和操作誤差。但是TaqMan? 探針訂購費(fèi)用較高，適用于少數(shù)位點(diǎn)大量樣本篩選。 江蘇技術(shù)服務(wù)售后分析焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平臺(tái)。
全基因組甲基化測序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結(jié)合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序，對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測“金標(biāo)準(zhǔn)”方案，***用于人、哺乳動(dòng)物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。靈長類早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表).(IF=)靈長類胚胎發(fā)生的關(guān)鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測序技術(shù)，詳細(xì)研究了獼猴早期著床前胚胎7個(gè)階段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化動(dòng)態(tài)變化過程。******闡明了DNA甲基化動(dòng)力學(xué)的“盈與虧”階段特征，并通過DNA甲基轉(zhuǎn)移酶功能缺失實(shí)驗(yàn)表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發(fā)育。
DNA甲基化（DNAmethylation）是指在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶（DNMT）催化下，以S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體，將活性甲基轉(zhuǎn)移至DNA鏈中特定堿基上的化學(xué)修飾過程。哺乳動(dòng)物基因組中，DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一種表觀（epigenetic）修飾，它在不改變DNA序列的情況下，對(duì)個(gè)體的生長、發(fā)育、基因表達(dá)模式以及基因組的穩(wěn)定性起到重要的調(diào)控作用，這種修飾是可逆的，并且這種修飾在發(fā)育和細(xì)胞增殖的過程中是可以穩(wěn)定傳遞的。近年來的大量研究表明，DNA異常甲基化與**的發(fā)生、發(fā)展、細(xì)胞*變有著密切的聯(lián)系。DNA甲基化在**中的作用主要表現(xiàn)在以下幾個(gè)方面：一是甲基化的CpG島二核苷酸中的胞嘧啶以較高的頻率脫氨基變成胸腺嘧啶，造成堿基突變；二是抑*基因和DNA修復(fù)基因由于超甲基化而沉默；三是*基因甲基化水平降低而活化；四是基因組總體甲基化水平降低使轉(zhuǎn)座子、重復(fù)序列活化導(dǎo)致染色體穩(wěn)定性下降。這些因素是導(dǎo)致**發(fā)展、轉(zhuǎn)移、惡化**終導(dǎo)致患者死亡的重要原因。其中后三個(gè)方面源于甲基化水平的改變，而甲基化的過程是可逆的，因此可以甲基化位點(diǎn)為靶點(diǎn)，靶向用藥進(jìn)行**的預(yù)防、***。 850K芯片為半金標(biāo)準(zhǔn)，價(jià)格低，分析簡單，較為適合EWAS類型的課題。
DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇，已經(jīng)越來越受到研究者的關(guān)注。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機(jī)制、RNA干擾機(jī)制及去甲基化機(jī)制的發(fā)現(xiàn)，使得DNA甲基化研究受到***關(guān)注，從醫(yī)學(xué)領(lǐng)域擴(kuò)展到動(dòng)植物研究當(dāng)中，同時(shí)在研究方法上也取得了很大的突破?，F(xiàn)在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種，從應(yīng)用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測。下面，我們就這兩大類檢測技術(shù)進(jìn)行分析比較，以便于在實(shí)際的科研工作中進(jìn)行選擇。篩選耐藥的相關(guān)biomaker及表觀調(diào)控機(jī)制。焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)口碑推薦
云生物提供DNA甲基化和羥甲基化的表觀實(shí)驗(yàn)和信息分析技術(shù)服務(wù)。6mA技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富
芯片平臺(tái)作為目前比較成熟的篩選工具，已經(jīng)在很多領(lǐng)域有了相應(yīng)的應(yīng)用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應(yīng)的產(chǎn)品提供，其中應(yīng)用**為***的就Agilent平臺(tái)和Illumina平臺(tái)，相應(yīng)的產(chǎn)品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應(yīng)的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn)。不同的芯片平臺(tái)，各自的實(shí)驗(yàn)過程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術(shù)。將基因組DNA分成兩份，一份用來做MeDIP，另一份作為對(duì)照。兩個(gè)樣品都標(biāo)記熒光(富集的樣品用Cy5標(biāo)記，對(duì)照用Cy3標(biāo)記)，然后與芯片雜交。芯片上每個(gè)探針的Cy5/Cy3強(qiáng)度比例顯示出該區(qū)域的甲基化程度。 6mA技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富