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DNA甲基化作為表觀遺傳學研究的重要范疇，已經(jīng)越來越受到研究者的關(guān)注。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機制、RNA干擾機制及去甲基化機制的發(fā)現(xiàn)，使得DNA甲基化研究受到***關(guān)注，從醫(yī)學領(lǐng)域擴展到動植物研究當中，同時在研究方法上也取得了很大的突破?，F(xiàn)在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種，從應用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。下面，我們就這兩大類檢測技術(shù)進行分析比較，以便于在實際的科研工作中進行選擇。WGBS和RRBS都是金標準技術(shù), CNS發(fā)表文章都很多，廣發(fā)被接受。陜西RIP-seq技術(shù)服務專業(yè)服務

微生物定植對腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團隊成員發(fā)表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我們以早產(chǎn)幼豬為模型，采用RRBS測序，比較正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細菌密度及多樣性，同時改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應答、吞噬、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營養(yǎng)代謝等，可能對早產(chǎn)兒的短期和長期的腸道健康至關(guān)重要。 重慶TBS技術(shù)服務活動在正常組織里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修飾的。

    cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融。三、運輸條件干冰運輸：順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上，不超過8小時，進行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進行，如果客戶沒有冷凍離心機，也可以在室溫條件下進行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。

DNA甲基化異常用于甲狀腺結(jié)節(jié)診斷

Identification of

Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin

Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551 (IF=

10.199)

惡性結(jié)節(jié)和良性結(jié)節(jié)常常難以診斷。本課題通過RRBS檢測了109個甲狀腺組織的DNA甲基化，發(fā)現(xiàn)*旁、良性結(jié)節(jié)和*組織之間存在***差異，并在65個甲狀腺結(jié)節(jié)的回顧性隊列樣本中得到驗證。這些組織特異性DMR與活性增強子和**相關(guān)基因密切相關(guān)，表明DNA甲基化為甲狀腺結(jié)節(jié)提供準確的診斷。 高通量BSP測序結(jié)果多種展示形式。

聯(lián)合亞硫酸氫鈉的限制性內(nèi)切酶分析法（COBRA）

這種方法是將亞硫酸氫鹽處理與酶切相結(jié)合來進行甲基化檢測。DNA樣本經(jīng)亞硫酸氫鹽處理后，利用PCR擴增。擴增產(chǎn)物純化后用限制性內(nèi)切酶（BstUI）消化。若其識別序列中的C發(fā)生完全甲基化(5mCG5mCG)，則 PCR擴增后保留為CGCG，BstU I能夠識別并進行切割；若待測序列中，C未發(fā)生甲基化，則PCR后轉(zhuǎn)變?yōu)門GTG，BstUI識別位點丟失，不能進行切割。這樣酶切產(chǎn)物再經(jīng)電泳分離、探針雜交、掃描定量后即可計算出原樣本中甲基化的比例。

這種方法**的優(yōu)點就是相對簡單，可進行快速定量，且需要的樣本量少。然而，它的局限性也十分明顯，只能獲得特殊酶切位點的甲基化情況，且陰性結(jié)果并不能排除樣品DNA中存在甲基化的可能。 芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具。山東焦磷酸測序技術(shù)服務

羥甲基化DNA免疫沉淀測序是通過5hmC特異性抗體富集結(jié)合高通量測序技術(shù)。陜西RIP-seq技術(shù)服務專業(yè)服務

    甲基化是表觀修飾的重要部分，DNA甲基化可以引起DNA構(gòu)象、穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而影響基因表達。DNA鏈中含有很多CpG結(jié)構(gòu)，雙鏈DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化，基因組中60~90%的CpG都被甲基化，未甲基化的CpG成簇出現(xiàn)在基因啟動子**序列或者轉(zhuǎn)錄起始位點。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶可以催化CpG的甲基化反應。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶有兩種，Dnmt1是一種持續(xù)性甲基化轉(zhuǎn)移酶，作用于只有一條鏈甲基化的DNA雙鏈，使其完全甲基化，參與DNA復制過程中新合成鏈的甲基化修飾；Dnmt3a/Dnmt3b是一種從頭甲基化轉(zhuǎn)移酶，可以在CpG上產(chǎn)生新的甲基化修飾，首先半甲基化，繼而全甲基化，該甲基化轉(zhuǎn)移酶可能參與細胞生長分化的調(diào)控，在**基因甲基化中起到重要作用。近年來CRISPR/Cas9技術(shù)得到快速發(fā)展，在基因切割活性失活的dCas9的5’端融合一個Dnmt3a，能夠通過dCas9介導特定位點的甲基化修飾，調(diào)控相關(guān)基因的表達。 陜西RIP-seq技術(shù)服務專業(yè)服務