陜西MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)

    將待測(cè)DNA經(jīng)過亞硫酸鹽處理，通過PCR擴(kuò)增過程引入T7啟動(dòng)子序列，經(jīng)T7DNA聚合酶的體外轉(zhuǎn)錄過程得到各樣本RNA產(chǎn)物，經(jīng)堿基特異性酶切處理，得到RNA小片段，并用飛行質(zhì)譜檢測(cè)每個(gè)片段的分子量，***EpiTYPER程序完成數(shù)據(jù)的自動(dòng)化處理并報(bào)告每個(gè)檢測(cè)片段的甲基化程度。技術(shù)優(yōu)勢(shì)·檢測(cè)片段長(zhǎng)：擴(kuò)增片段長(zhǎng)度可達(dá)500bp·高靈敏度：可發(fā)現(xiàn)低至5%甲基化水平，樣本起始量低至10ng?！ぶ貜?fù)性好：變異系數(shù)CV≤5%?！じ咝詢r(jià)比：用384孔板進(jìn)行PCR反應(yīng)，一個(gè)擴(kuò)增產(chǎn)物可以進(jìn)行多重CpG位點(diǎn)分析，無需后續(xù)驗(yàn)證，可直接用于文章發(fā)表。服務(wù)內(nèi)容1.根據(jù)客戶提供的序列信息進(jìn)行預(yù)評(píng)估；2.進(jìn)行樣本DNA的分離、純化、質(zhì)檢及亞硫酸鹽修飾。3.使用特殊設(shè)計(jì)的一對(duì)引物擴(kuò)增樣本，得到帶有T7RNA聚合酶啟動(dòng)子序列的擴(kuò)增產(chǎn)物。4.在體外轉(zhuǎn)錄體系中，利用T7RNA聚合酶，將擴(kuò)增產(chǎn)物轉(zhuǎn)錄為RN**斷。5.利用RNaseA能夠特異性識(shí)別并切割RNA中U3’端的特性，將RN**斷切割成攜帶有CpG位點(diǎn)的小片斷。6.使用sequenom®MassArray飛行質(zhì)譜分析系統(tǒng)檢測(cè)產(chǎn)物。由于同一片斷中，只有CpG和CpA之間16Da的分子量差別，即質(zhì)譜圖中兩者峰的差距。 甲基化驗(yàn)證是甲基化研究必不可少的一環(huán)。陜西MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)

DNA甲基化異常用于甲狀腺結(jié)節(jié)診斷

Identification of

Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin

Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551 (IF=

10.199)

惡性結(jié)節(jié)和良性結(jié)節(jié)常常難以診斷。本課題通過RRBS檢測(cè)了109個(gè)甲狀腺組織的DNA甲基化，發(fā)現(xiàn)*旁、良性結(jié)節(jié)和*組織之間存在***差異，并在65個(gè)甲狀腺結(jié)節(jié)的回顧性隊(duì)列樣本中得到驗(yàn)證。這些組織特異性DMR與活性增強(qiáng)子和**相關(guān)基因密切相關(guān)，表明DNA甲基化為甲狀腺結(jié)節(jié)提供準(zhǔn)確的診斷。 山東RIP-seq技術(shù)服務(wù)活動(dòng)850K芯片為半金標(biāo)準(zhǔn)，價(jià)格低，分析簡(jiǎn)單，較為適合EWAS類型的課題。

    全基因組甲基化測(cè)序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測(cè)序技術(shù)相結(jié)合，對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測(cè)序，是DNA甲基化檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。技術(shù)優(yōu)勢(shì)DNA甲基化檢測(cè)**有力的工具單堿基分辨率，檢測(cè)每個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)全基因組范圍，**限度地獲得甲基化信息適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測(cè)序深度：>=30X信息分析基于全基因組范圍的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling，5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本甲基化差異聚類，差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘。

    DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過程，剛被發(fā)現(xiàn)時(shí)被定義為第五種堿基，實(shí)際上它是一種重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記，在調(diào)控基因表達(dá)、維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、基因印記、X染色體失活以及胚胎發(fā)育等生物學(xué)過程中發(fā)揮著重大的作用，它就像魔術(shù)師手中一頂**神奇的“帽子”，帶給世人層出不窮的驚喜。DNA甲基化的發(fā)生、保持和去除都處在生物體精細(xì)的調(diào)控中，一旦發(fā)生紊亂，對(duì)于動(dòng)物而言將導(dǎo)致胚胎死亡或者**等重大疾病，對(duì)于植物而言將會(huì)出現(xiàn)各種的表型缺陷，那么這頂神奇的“帽子”是如何發(fā)揮它神奇功用的呢？這個(gè)問題成為整個(gè)生物界**熱的研究焦點(diǎn)之一。研究者們從DNA甲基化的發(fā)生機(jī)制，保持機(jī)制到去甲基化機(jī)制，從基因組甲基化狀況研究到特異位點(diǎn)甲基化狀況研究，從**初CpG位點(diǎn)的研究到non-CpG位點(diǎn)的研究，從高甲基化研究到低甲基化、未甲基化研究，以及與其密切相關(guān)的羥甲基化也慢慢進(jìn)入人們的視野，***多角度解析DNA甲基化。在Nature、Science、Cell等**雜志上經(jīng)常能看到它熟悉的身影，說它是生物學(xué)研究的“寵兒”一點(diǎn)都不為過。正所謂“工欲善其事，必先利其器”。 WGBS技術(shù)及應(yīng)用是有力方案。

    cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融。三、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時(shí)以上，不超過8小時(shí)，進(jìn)行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行，如果客戶沒有冷凍離心機(jī)，也可以在室溫條件下進(jìn)行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細(xì)胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 甲基化驗(yàn)證方案是TBS。北京單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)服務(wù)共同合作

在哺乳動(dòng)物中CpG以兩種形式存在。陜西MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)

微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我們以早產(chǎn)幼豬為模型，采用RRBS測(cè)序，比較正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細(xì)菌密度及多樣性，同時(shí)改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營(yíng)養(yǎng)代謝等，可能對(duì)早產(chǎn)兒的短期和長(zhǎng)期的腸道健康至關(guān)重要。 陜西MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)