高通量測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析

來源: 發(fā)布時間:2022-08-04

單細胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定?烈冰2000+項目消化經(jīng)驗,100+組織類型解離protocol,精心設(shè)計不同組織實驗的解離、細胞懸浮實驗體系,確保單細胞的獲得。凍存樣本無法實驗,珍貴樣本無法使用?烈冰采用國際認可的凍存組織復蘇技術(shù)以及死細胞過濾技術(shù),確保凍存組織使用。珍貴樣本,細胞數(shù)量太少,消化背景雜無法做單細胞?采用國際認可的10XGenomics,BDRhapsody雙平臺模式,根據(jù)樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細胞量少,背景雜也能做單細胞。單細胞RNA分類精度不足,部分細胞無法細分?烈冰同時采用單細胞蛋白質(zhì)組與單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),真正做到從上游到下游的全流程檢測,確保超高的細胞分類精度。強勢發(fā)文!烈冰單細胞測序助力揭示愈傷組織能再生的機制。高通量測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析

科技的發(fā)展讓單細胞測序已經(jīng)應(yīng)用于疾病發(fā)展過程中的關(guān)鍵過程和事件,如前病變向惡性的轉(zhuǎn)化、惡性向轉(zhuǎn)移性的發(fā)展,以及對多種用藥的反應(yīng)。單細胞測序技術(shù)作為一個需要將組織解離成為單細胞懸液,或者是采用細胞核捕獲的策略捕獲單細胞核,進而對于每一個單細胞或者細胞核進行測序得到結(jié)果的技術(shù),其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個問題就是如果單細胞A與B并不出現(xiàn)在一個組織區(qū)域中他們會互相影響或者轉(zhuǎn)化么?免疫研究中,兩個具有非常強的PDL1-PD1的配對關(guān)系的細胞在組織切片上風馬牛不相及,這樣PDL1-PD1的關(guān)系會生效么?沈陽單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化全線搭建10x Genomics單細胞測序平臺。

單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進行分析。不過,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測序文庫,從而測定整個轉(zhuǎn)錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點,并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點,而RNA-seq可實現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達分析。然而,這兩者只能提供細胞群體內(nèi)基因表達的平均情況。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或單個微反應(yīng)容器中。然后用細胞特異性的條形碼標記RNA,確保來自每個細胞的cDNA可以追溯到起源細胞。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測序文庫,從而能夠?qū)γ總€細胞的整個轉(zhuǎn)錄組進行基因表達測定。

RNA測序(RNA-seq)或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學方法作為一類強大的工具,可提供混合樣本的基因表達平均數(shù)據(jù),幫助科學家開始揭示這種異質(zhì)性。隨后,技術(shù)創(chuàng)新的飛躍在單細胞技術(shù)上達到新高度——使得科學家能夠定義細胞類型特異的基因表達,從過去的平均數(shù)據(jù)中分辨出真正驅(qū)動其表達模式的細胞異質(zhì)性。這讓研究人員能夠更詳細地表征組織異質(zhì)性,鑒定稀有細胞類型,并逐個細胞地仔細分析其分子機制。當獲得了對其研究的生物系統(tǒng)更為真實的圖譜后,研究人員就有了更為堅實可靠的知識基礎(chǔ),并能在這個基礎(chǔ)上規(guī)劃下一步實驗,以獲取更深入的可行動見解。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,針對不同平臺的數(shù)據(jù),制定多套流程;

針對單細胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準,每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少,導致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等,他們的基因表達數(shù)較高,甚至可以超過1W,這就導致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時,需要考察實際組織的細胞組成。個性化制定測序項目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學測序要求。長春單細胞測序價格

過去的十年,我們是知識的承載者;現(xiàn)在,我們在努力構(gòu)建醫(yī)學的大數(shù)據(jù)時代;未來我們將重新定義知識形態(tài)!高通量測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析

基于10XNextGEM技術(shù),單細胞測序一次實驗可以同時檢測近萬個細胞,可在一個樣本中同時獲3端mRNA表達譜、如需和免疫組庫(TCR和BCR)的數(shù)據(jù)進行聯(lián)合時,即某些研究還需結(jié)合基因的表達譜和V(D)J數(shù)據(jù)進行復雜組織樣本的是影響免疫應(yīng)答分析,監(jiān)測免疫療法的效果,研究疾病發(fā)生、發(fā)展的分子機制,可進行單細胞免疫組庫測序:烈冰單細胞免疫組庫平臺具備:1000+項目經(jīng)驗,一次實驗可同時獲取1000-20000個細胞的文庫構(gòu)建,獲得轉(zhuǎn)錄組和免疫組數(shù)據(jù);具備完善的免疫組庫測序和實驗質(zhì)控流程,獲取V(D)J全長序列的配對信息;豐富的免疫組庫測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗,實現(xiàn)專屬個性化數(shù)據(jù)分析服務(wù),搭配單細胞分析云平臺,一鍵導出交互性的動態(tài)結(jié)果報告。高通量測序單細胞測序數(shù)據(jù)分析

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