天津BD單細(xì)胞測(cè)序

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-08-02

對(duì)于稀有樣本,或細(xì)胞量比較少的稀有組織,樣本中每一粒細(xì)胞都很珍貴,BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲平臺(tái)對(duì)該種類型的樣本能實(shí)現(xiàn)友好包容,如果在實(shí)際實(shí)驗(yàn)中,我們發(fā)現(xiàn)因?yàn)闃颖绢愋秃椭苽鋯渭?xì)胞懸液方法的不同,容易出現(xiàn)單細(xì)胞懸液中死亡細(xì)胞的比例較高的情況。也會(huì)和您探討是否考慮去除單細(xì)胞懸液中的死細(xì)胞和其他污染物的操作,以獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)是至關(guān)重要的。這是因?yàn)椋劳龅募?xì)胞易裂解導(dǎo)致其中的RNA釋放出來。這種cell-free RNA會(huì)導(dǎo)致檢測(cè)的背景噪聲,并會(huì)影響單細(xì)胞數(shù)據(jù)的質(zhì)量。因此當(dāng)樣本活性較差時(shí),對(duì)細(xì)胞懸液中細(xì)胞活性檢測(cè)后,需要進(jìn)行一般死細(xì)胞去除的工作(一般懸液活性小于70%時(shí)考慮此操作),以保證較高的上機(jī)捕獲細(xì)胞的質(zhì)量。烈冰生物全國(guó)五大實(shí)驗(yàn)中心,多地部署B(yǎng)D Rahpsody平臺(tái),助您的樣本更快速抵達(dá)“戰(zhàn)場(chǎng)”。天津BD單細(xì)胞測(cè)序

您的珍貴樣本,可以放心依賴烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲系統(tǒng),首先,該系統(tǒng)的技術(shù)原理是基于cyto-seq的微孔技術(shù),因此不會(huì)因?yàn)闃颖炯?xì)胞體積太大或懸液背景太雜等問題導(dǎo)致捕獲通道的堵塞進(jìn)而導(dǎo)致樣本的損失;其次,BD RhapsodyTM單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)無電子元件,便于攜帶,當(dāng)您的樣本需及時(shí)實(shí)驗(yàn)時(shí),我們可以“拎包上門”,快速的完成細(xì)胞捕獲部分,不至于珍貴樣本因細(xì)胞活性快速下降帶來的損失;在這,BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)對(duì)細(xì)胞數(shù)量包容性較好,細(xì)胞懸液上樣量高達(dá)575ul,針對(duì)樣本中細(xì)胞數(shù)量較少的組織類型,也能完成整個(gè)項(xiàng)目的細(xì)胞捕獲工作。蘇州single cell 單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序附加流式分選細(xì)胞表面Marker,對(duì)于較低分辨率的標(biāo)志物也能有效鑒定,助力高要求測(cè)序項(xiàng)目。

由于高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)方法相關(guān)的測(cè)序成本,使得單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)往往非常昂貴,烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)珍視您的每一份樣本,在平臺(tái)搭建前,我們測(cè)試評(píng)估了BD Rhapsody的性能,與BD官方公布的數(shù)據(jù)結(jié)合來看,將人293T和小鼠NIH/3T3細(xì)胞的1:1混合物以不同濃度上樣到BD Rhapsody卡式芯片上。存儲(chǔ)的cDNA分子普遍擴(kuò)增并進(jìn)行低通量測(cè)序(每個(gè)細(xì)胞月8700個(gè)讀數(shù))。在測(cè)序數(shù)據(jù)中檢測(cè)到1109個(gè)細(xì)胞的上樣條件下,每個(gè)細(xì)胞中,來自每個(gè)細(xì)胞的平均99.4%的分子經(jīng)檢測(cè)為人或小鼠,這表明微孔之間的串?dāng)_非常小,在測(cè)序數(shù)據(jù)中檢測(cè)到1000個(gè)或更少細(xì)胞的上樣密度下,多重態(tài)發(fā)生率接近零,并且在15000個(gè)細(xì)胞下小于5%。

單細(xì)胞測(cè)序龐大的數(shù)據(jù)烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺(tái),可實(shí)現(xiàn)零代碼操作、簡(jiǎn)單方便:?jiǎn)渭?xì)胞瀏覽器的操作簡(jiǎn)單,不需要命令行操作。簡(jiǎn)單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運(yùn)行,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運(yùn)用自如;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對(duì)應(yīng)的細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、RNA表達(dá)量、樣本細(xì)胞分布、線粒體RNA表達(dá)量等;3D立體展示,文章動(dòng)圖先人一步:?jiǎn)渭?xì)胞瀏覽器針對(duì)t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進(jìn)行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細(xì)胞分布和聚類情況。2019年,烈冰已助力發(fā)表了采用BD Rahpsody平臺(tái)的單細(xì)胞風(fēng)濕類文章。

基因和基因產(chǎn)物并不是單獨(dú)運(yùn)作的,而是參與了相互關(guān)聯(lián)的復(fù)雜通路、網(wǎng)絡(luò)和分子系統(tǒng),這些合在一起實(shí)現(xiàn)了細(xì)胞、組織和生物體的運(yùn)作。定義這些系統(tǒng)并確定它們的特征和相互作用,對(duì)于了解生物系統(tǒng)如何運(yùn)作至關(guān)重要?!睘榱送苿?dòng)科學(xué)發(fā)現(xiàn),科學(xué)家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復(fù)雜性的研究工具。對(duì)于越來越多的研究人員來說,單細(xì)胞RNA測(cè)序和單細(xì)胞多組學(xué)——即在單細(xì)胞分辨率下對(duì)基因表達(dá)及其他基于DNA、RNA或蛋白質(zhì)的分析物進(jìn)行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學(xué)問題上已證實(shí)是行之有效的。烈冰斥巨資引進(jìn)Novaseq6000,開啟更大通量測(cè)序新紀(jì)元。成都BD單細(xì)胞服務(wù)機(jī)構(gòu)

單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣,為從多維度揭示疾病發(fā)展提供了強(qiáng)有力的工具。天津BD單細(xì)胞測(cè)序

針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析時(shí)的reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個(gè)細(xì)胞、100G的測(cè)序量為標(biāo)準(zhǔn),每個(gè)細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個(gè)細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型,例如成熟的B,T,粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等,他們的基因表達(dá)數(shù)較高,甚至可以超過1W,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對(duì)細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時(shí),需要考察實(shí)際組織的細(xì)胞組成。天津BD單細(xì)胞測(cè)序

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