針對單細(xì)胞測序的細(xì)胞上樣數(shù)，為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好？一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機細(xì)胞懸液濃度固定時，如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000，上樣細(xì)胞懸液體積勢必增加，在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想（細(xì)胞活性<90%、碎片率>5%、結(jié)團率均>5%）的情況下，引入的背景信號會增加，分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括：cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時，會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果！當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時，多細(xì)胞率會增加，數(shù)據(jù)分析時，此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍（N是一個GEM包裹的細(xì)胞數(shù)），導(dǎo)致所有細(xì)胞的統(tǒng)計數(shù)據(jù)（單個細(xì)胞基因檢測中位數(shù)、單個細(xì)胞UMI檢測中位數(shù)）虛高。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進(jìn)行過濾，但是容易會有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細(xì)胞的人為去除！豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗，烈冰配套全程個性化、定制化地數(shù)據(jù)分析服務(wù)。湖南BD單細(xì)胞測序公司
烈冰與國內(nèi)高校、研究所、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作，服務(wù)于600+臨床與研究機構(gòu)，1000+客戶和5000+重要科研項目，助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國際學(xué)術(shù)期刊（不完全統(tǒng)計），在單細(xì)胞領(lǐng)域，烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇，總IF＞300+，IF＞10+以上文章占比65%以上，包含Immunity、Nature Cell Biology、Nature Plants 、Advanced Science等生物領(lǐng)域國際主流學(xué)術(shù)期刊，已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機制，免疫研究、腦神經(jīng)、白血病、胚胎發(fā)育、糖尿病、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等。西安scRNA單細(xì)胞測序服務(wù)公司搭配BD FACSMelody流式分選儀，全線搭建BD Rahpsody單細(xì)胞測序平臺。
針對單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過程中：以捕獲5000個細(xì)胞、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn)，每個細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右；每個細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型，例如成熟的B，T，粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中，由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少，導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等，他們的基因表達(dá)數(shù)較高，甚至可以超過1W，這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此，我們對細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時，需要考察實際組織的細(xì)胞組成。
單細(xì)胞獲得困難，不同組織要求不盡相同難以搞定？ 烈冰2000+項目消化經(jīng)驗，100+組織類型解離protocol，精心設(shè)計不同組織實驗的解離、細(xì)胞懸浮實驗體系，確保單細(xì)胞的獲得。 凍存樣本無法實驗，珍貴樣本無法使用？ 烈冰采用國際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)胞過濾技術(shù)，確保凍存組織使用。 珍貴樣本，細(xì)胞數(shù)量太少，消化背景雜無法做單細(xì)胞？ 采用國際認(rèn)可的10X Genomics，BD Rhapsody雙平臺模式，根據(jù)樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細(xì)胞量少，背景雜也能做單細(xì)胞。 單細(xì)胞RNA分類精度不足，部分細(xì)胞無法細(xì)分？ 烈冰同時采用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，真正做到從上游到下游的全流程檢測，確保超高的細(xì)胞分類精度。2019年，烈冰已助力發(fā)表了采用BD Rahpsody平臺的單細(xì)胞風(fēng)濕類文章。
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您的珍貴樣本，可以放心依賴烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)，首先，該系統(tǒng)的技術(shù)原理是基于cyto-seq的微孔技術(shù)，因此不會因為樣本細(xì)胞體積太大或懸液背景太雜等問題導(dǎo)致捕獲通道的堵塞進(jìn)而導(dǎo)致樣本的損失；其次，BD RhapsodyTM單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)無電子元件，便于攜帶，當(dāng)您的樣本需及時實驗時，我們可以“拎包上門”，快速的完成細(xì)胞捕獲部分，不至于珍貴樣本因細(xì)胞活性快速下降帶來的損失；在這，BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲系統(tǒng)對細(xì)胞數(shù)量包容性較好，細(xì)胞懸液上樣量高達(dá)575ul，針對樣本中細(xì)胞數(shù)量較少的組織類型，也能完成整個項目的細(xì)胞捕獲工作。湖南BD單細(xì)胞測序公司
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