據不完全統計,截至2022年6月,烈冰生物助力發(fā)表單細胞文章近40篇,從平臺應用比例來看,應用10X Genomics和BD Rhapsody兩大平臺發(fā)文比例各占50%左右,研究類型涵蓋疾病發(fā)展,靶點探索,免疫研究,神經發(fā)育,干細胞分化,植物發(fā)育,退行病變,糖尿病,COVID-19等等研究;從發(fā)表期刊水平來看,烈冰生物聯合發(fā)表的單細胞文章,CNS一區(qū)期刊占比在30%以上,其中包括immunity三篇,Nature子刊3篇(Nature cell biology,Nature Plants,Nature communication),風濕類領域ARD期刊1篇,CUT 1篇,Advanced Science多篇,IF大于10分以上文章占比高達68.5%,烈冰專屬單細胞測序服務團隊,將與您攜手譜寫下一篇“高分”新文章。單細胞測序技術提供了單個細胞水平下的科學研究視角。杭州single cell RNA單細胞多組學測序
針對單細胞測序的細胞上樣數,為什么不建議捕獲到的細胞數量越高越好?一味地追求高數量的細胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機細胞懸液濃度固定時,如果目標細胞捕獲數增加到8000甚至10000,上樣細胞懸液體積勢必增加,在細胞懸液質量不是很理想(細胞活性<90%、碎片率>5%、結團率均>5%)的情況下,引入的背景信號會增加,分析結果不理想的直接體現包括:cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當cell和non-cell無法有效區(qū)分時,會使得數據出現假陽性和假陰性結果!當目標細胞捕獲數很大時,多細胞率會增加,數據分析時,此部分“cell”表現為基因檢測數和UMI檢測數是正常cell的N倍(N是一個GEM包裹的細胞數),導致所有細胞的統計數據(單個細胞基因檢測中位數、單個細胞UMI檢測中位數)虛高。此部分“cell”雖然可以通過設置數據分析閾值進行過濾,但是容易會有此類數據的殘留和正常高基因檢測細胞的人為去除!杭州BD單細胞實驗平臺烈冰對于一個細胞群體中的每個細胞單獨進行建庫測序分析。
單細胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定? 烈冰2000+項目消化經驗,100+組織類型解離protocol,精心設計不同組織實驗的解離、細胞懸浮實驗體系,確保單細胞的獲得。 凍存樣本無法實驗,珍貴樣本無法使用? 烈冰采用國際認可的凍存組織復蘇技術以及死細胞過濾技術,確保凍存組織使用。 珍貴樣本,細胞數量太少,消化背景雜無法做單細胞? 采用國際認可的10X Genomics,BD Rhapsody雙平臺模式,根據樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細胞量少,背景雜也能做單細胞。 單細胞RNA分類精度不足,部分細胞無法細分? 烈冰同時采用單細胞蛋白質組與單細胞轉錄組測序技術,真正做到從上游到下游的全流程檢測,確保超高的細胞分類精度。
單細胞測序結果動輒上百G數據量,龐大的數據對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機數據的質控環(huán)節(jié):單細胞測序產生數億的結果序列,不可避免的會出現低質量的測序結果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質量評估就會變得極為重要。序列質量主要通過測序質量值Q20/Q30的占比來表征,即堿基測序結果的錯誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測序結果reads的堿基質量均高于30。保證數據獲得后的處理結果的準確性,為后續(xù)細胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎。從樣本處理到終端數據分析,只要您需要,烈冰提供全流程的無憂服務。
烈冰與國內高校、研究所、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作,服務于600+臨床與研究機構,1000+客戶和5000+重要科研項目,助力并聯合發(fā)表300+篇CNS等國際學術期刊(不完全統計),在單細胞領域,烈冰助力用戶發(fā)表單細胞文獻30+篇,總IF>300+,IF>10+以上文章占比65%以上,包含Immunity、Nature Cell Biology、Nature Plants 、Advanced Science等生物領域國際主流學術期刊,已發(fā)表文章研究領域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發(fā)生轉移機制,免疫研究、腦神經、白血病、胚胎發(fā)育、糖尿病、退行性疾病和植物領域研究等。單細胞測序技術的迅速發(fā)展和應用推廣,為從多維度揭示疾病發(fā)展提供了強有力的工具。無錫BD單細胞測序
搭配BD FACSMelody流式分選儀,全線搭建BD Rahpsody單細胞測序平臺。杭州single cell RNA單細胞多組學測序
烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數據,深度解讀數據分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!此外,烈冰生信團隊根據豐富的實戰(zhàn)經驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器(Single Cell Browser),不但可以將海量復雜的結果文件可視化,還是可以實現三維立體化展示的軟件。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學意義交給專業(yè)的您,詳情請咨詢烈冰生物。杭州single cell RNA單細胞多組學測序
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司位于江月路999號奇亞特中心22幢,交通便利,環(huán)境優(yōu)美,是一家服務型企業(yè)。公司致力于為客戶提供安全、質量有保證的良好產品及服務,是一家有限責任公司(自然)企業(yè)。公司擁有專業(yè)的技術團隊,具有單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序等多項業(yè)務。烈冰生物將以真誠的服務、創(chuàng)新的理念、高品質的產品,為彼此贏得全新的未來!