長(zhǎng)沙二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化

RNA測(cè)序（RNA-seq）或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法作為一類強(qiáng)大的工具，可提供混合樣本的基因表達(dá)平均數(shù)據(jù)，幫助科學(xué)家開(kāi)始揭示這種異質(zhì)性。隨后，技術(shù)創(chuàng)新的飛躍在單細(xì)胞技術(shù)上達(dá)到新高度——使得科學(xué)家能夠定義細(xì)胞類型特異的基因表達(dá)，從過(guò)去的平均數(shù)據(jù)中分辨出真正驅(qū)動(dòng)其表達(dá)模式的細(xì)胞異質(zhì)性。這讓研究人員能夠更詳細(xì)地表征組織異質(zhì)性，鑒定稀有細(xì)胞類型，并逐個(gè)細(xì)胞地仔細(xì)分析其分子機(jī)制。當(dāng)獲得了對(duì)其研究的生物系統(tǒng)更為真實(shí)的圖譜后，研究人員就有了更為堅(jiān)實(shí)可靠的知識(shí)基礎(chǔ)，并能在這個(gè)基礎(chǔ)上規(guī)劃下一步實(shí)驗(yàn)，以獲取更深入的可行動(dòng)見(jiàn)解。截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測(cè)序文章近20篇。長(zhǎng)沙二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化

烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù)，深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果，深入挖掘其背后的生物學(xué)意義；從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究，加速科研進(jìn)程！此外，烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器（Single Cell Browser），不但可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化，還是可以實(shí)現(xiàn)三維立體化展示的軟件。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰，專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您！烈冰單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析烈冰生物為您提供多平臺(tái)一站式全流程單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)。

機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激，其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí)，往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組，導(dǎo)致一些基因被沉默，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓那闆r下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時(shí)序分析，即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育，但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間，而是一個(gè)虛擬的時(shí)間，是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個(gè)樣本中，也會(huì)存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此，不論測(cè)定了多少樣本，我們都可以采用擬時(shí)序分析對(duì)樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。

一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲，小心得不償失，原因在這：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行，而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后，獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜，通過(guò)降維（pca），無(wú)監(jiān)督聚類以及可視化（t-SNE）得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式，因此即使是相同的數(shù)據(jù)，在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下，前后獲得的聚類圖也會(huì)出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過(guò)多時(shí)，無(wú)論是假陰性和假陽(yáng)性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù)，都會(huì)對(duì)正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響，造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章，特別是很多高分文章，為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí)，數(shù)據(jù)量在100G左右時(shí)，可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。全線搭建10X Genomics Chromium Controller單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)。

單細(xì)胞測(cè)序是指針對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析，可精確地描述每一個(gè)細(xì)胞的狀態(tài)，在異質(zhì)性發(fā)育過(guò)程中具有特殊的應(yīng)用價(jià)值。然而，單細(xì)胞測(cè)序無(wú)法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息，對(duì)于揭示發(fā)育過(guò)程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序以點(diǎn)陣形式記錄病理切片細(xì)胞的空間信息并進(jìn)行測(cè)序，可以精確指示點(diǎn)陣內(nèi)的全部基因表達(dá)情況?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的加入，無(wú)疑讓單細(xì)胞測(cè)序如虎添翼，更精確地勾勒了組織水平的異質(zhì)性。深度的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)解讀助力醫(yī)療健康大時(shí)代。北京高通量測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序多組學(xué)測(cè)序

烈冰單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序助您探究細(xì)胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征。長(zhǎng)沙二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化

單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量，龐大的數(shù)據(jù)對(duì)于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求，首先針對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié)：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列，不可避免的會(huì)出現(xiàn)低質(zhì)量的測(cè)序結(jié)果，存在各種情況的序列污染。因此序列過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估就會(huì)變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過(guò)測(cè)序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來(lái)表征，即堿基測(cè)序結(jié)果的錯(cuò)誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測(cè)序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性，為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。長(zhǎng)沙二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司擁有生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢，市場(chǎng)營(yíng)銷策劃，市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查（不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)），從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù)，計(jì)算機(jī)、軟件及耗材（除?？兀浖_(kāi)發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】等多項(xiàng)業(yè)務(wù)，主營(yíng)業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序。公司目前擁有較多的高技術(shù)人才，以不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力，加快企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新，實(shí)現(xiàn)穩(wěn)健生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)。公司業(yè)務(wù)范圍主要包括：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序等。公司奉行顧客至上、質(zhì)量為本的經(jīng)營(yíng)宗旨，深受客戶好評(píng)。公司深耕單細(xì)胞測(cè)序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序，正積蓄著更大的能量，向更廣闊的空間、更寬泛的領(lǐng)域拓展。