基于10X Next GEM技術(shù),單細胞測序一次實驗可以同時檢測近萬個細胞,可在一個樣本中同時獲3'端mRNA表達譜、如需和免疫組庫(TCR和BCR)的數(shù)據(jù)進行聯(lián)合時,即某些研究還需結(jié)合基因的表達譜和V(D)J數(shù)據(jù)進行復(fù)雜組織樣本的是影響免疫應(yīng)答分析,監(jiān)測免疫療法的效果,研究疾病發(fā)生、發(fā)展的分子機制,可進行單細胞免疫組庫測序: 烈冰單細胞免疫組庫平臺具備:1000+項目經(jīng)驗,一次實驗可同時獲取1000-20000個細胞的文庫構(gòu)建,獲得轉(zhuǎn)錄組和免疫組數(shù)據(jù); 具備完善的免疫組庫測序和實驗質(zhì)控流程,獲取V(D)J全長序列的配對信息;豐富的免疫組庫測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗,實現(xiàn)專屬個性化數(shù)據(jù)分析服務(wù),搭配單細胞分析云平臺,一鍵導(dǎo)出交互性的動態(tài)結(jié)果報告。個性化制定測序項目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學(xué)測序要求。成都10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析
細胞中基因的表達是嚴(yán)格按照時間和空間順序發(fā)生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析。但是單細胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結(jié)構(gòu),無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,獲得細胞/基因的空間表達特異性。吉林單細胞測序商業(yè)化服務(wù)高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次突破性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。
針對單細胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標(biāo)準(zhǔn),每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等,他們的基因表達數(shù)較高,甚至可以超過1W,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時,需要考察實際組織的細胞組成。
單細胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定? 烈冰2000+項目消化經(jīng)驗,100+組織類型解離protocol,精心設(shè)計不同組織實驗的解離、細胞懸浮實驗體系,確保單細胞的獲得。 凍存樣本無法實驗,珍貴樣本無法使用? 烈冰采用國際認可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細胞過濾技術(shù),確保凍存組織使用。 珍貴樣本,細胞數(shù)量太少,消化背景雜無法做單細胞? 采用國際認可的10X Genomics,BD Rhapsody雙平臺模式,根據(jù)樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細胞量少,背景雜也能做單細胞。 單細胞RNA分類精度不足,部分細胞無法細分? 烈冰同時采用單細胞蛋白質(zhì)組與單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),真正做到從上游到下游的全流程檢測,確保超高的細胞分類精度。烈冰單細胞多組學(xué)測序助您探究細胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征。
單細胞測序龐大的數(shù)據(jù)烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺,可實現(xiàn)零代碼操作、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,不需要命令行操作。簡單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運行,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運用自如;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應(yīng)的細胞數(shù)量、基因表達量、RNA表達量、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,針對不同平臺的數(shù)據(jù),制定多套流程;上海二代測序單細胞測序技術(shù)支持
烈冰科技已建立了多種國際和國內(nèi)主流的高通量測序?qū)嶒炂脚_。成都10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析
單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進行分析。不過,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測序文庫,從而測定整個轉(zhuǎn)錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點,并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點,而RNA-seq可實現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達分析。然而,這兩者只能提供細胞群體內(nèi)基因表達的平均情況。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或單個微反應(yīng)容器中。然后用細胞特異性的條形碼標(biāo)記RNA,確保來自每個細胞的cDNA可以追溯到起源細胞。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測序文庫,從而能夠?qū)γ總€細胞的整個轉(zhuǎn)錄組進行基因表達測定。成都10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司致力于醫(yī)藥健康,是一家服務(wù)型公司。公司業(yè)務(wù)分為單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學(xué)測序等,目前不斷進行創(chuàng)新和服務(wù)改進,為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。公司注重以質(zhì)量為中心,以服務(wù)為理念,秉持誠信為本的理念,打造醫(yī)藥健康良好品牌。烈冰生物秉承“客戶為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實”的經(jīng)營理念,全力打造公司的重點競爭力。