一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲，小心得不償失，原因在這：單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行，而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后，獲得細胞基因表達譜，通過降維（pca），無監(jiān)督聚類以及可視化（t-SNE）得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式，因此即使是相同的數(shù)據(jù)，在剔除幾個細胞的情況下，前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當細胞捕獲數(shù)過多時，無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù)，都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響，造成聚類結果失真。這也是很多文章，特別是很多高分文章，為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時，數(shù)據(jù)量在100G左右時，可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。單細胞測序技術遍地開花，烈冰服務讓您的醫(yī)學研究如虎添翼。吉林10X Genomics單細胞測序平臺
10× Genomics官方建議，當單細胞懸液活性低于70%時應做去除死細胞操作，并推薦使用MACS? Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec)。需要注意到，去除死細胞的操作會損失一定的細胞數(shù)量，10× Genomics和Miltenyi Biotec都沒有給出單細胞懸液含有多少細胞數(shù)量才建議做去除死細胞的操作?；诹冶嗄陠渭毎麥y序?qū)嶒灲?jīng)驗，建議當細胞懸液進行質(zhì)量和活性檢測后，考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作。而太低活性的懸液（小于30%），懸液中細胞大量死亡，可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細胞比例和狀態(tài)，失真嚴重，建議重新收集樣本進行新的實驗，保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實驗結果的準確性。吉林10X單細胞測序平臺過去的十年，我們是知識的承載者；現(xiàn)在，我們在努力構建醫(yī)學的大數(shù)據(jù)時代；未來我們將重新定義知識形態(tài)！
作為單細胞測序的一個重要里程碑，10x genomic公司于2016年2月推出10x Chromium Single Cell Gene Expression Solution，此平臺整合了儀器、試劑盒和信息學軟件，能精確對接illumina測序儀，因此可實現(xiàn)大量大細胞的快速高效標記、測序和分析，獲得單細胞水平的基因表達譜和差異情況，并通過對復雜細胞群體進行深入細致分析，繪制大規(guī)模單細胞表達圖譜。 以量化細胞內(nèi)的群體異質(zhì)性，并逐個鑒定細胞類型、細胞狀態(tài)和動態(tài)細胞躍遷。除了有望鑒定新的細胞亞型和稀有細胞群體，單細胞技術還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動態(tài)和基因調(diào)控關系。
烈冰科技作為國內(nèi)率先同時擁有10X Genomics和BD Rhapsody雙分選平臺的測序服務商及云計算服務供應商，經(jīng)過多年實戰(zhàn)，擁有豐富的單細胞懸液制備和分選經(jīng)驗，實測BD Rhapsody對能夠高效捕獲粒細胞。針對不同的分選平臺、建庫方法，實戰(zhàn)總結搭建出不同的數(shù)據(jù)預處理工作流程；烈冰科技NovelBrain?生物大數(shù)據(jù)平臺能有效支撐生命科學研究、醫(yī)療健康等領域?qū)Υ髷?shù)據(jù)分析的需求。高通量測序?qū)嶒炂脚_，包括NovaSeq 6000、10X Chromium X、BD FACSMelody、PANNORAMIC數(shù)字切片掃描儀等，配合一支來自海內(nèi)外名校、多學科交叉型的高素質(zhì)綜合團隊，為您的科學研究保駕護航。烈冰科技成立10余年，為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務。
基于10X Geomics 動態(tài)微流控技術，利用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切開放染色質(zhì)，形成短片段，單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上，揭示單細胞染色質(zhì)的可及性問題，區(qū)分細胞異質(zhì)性，獲得開放染色質(zhì)的位置、轉(zhuǎn)錄因子的結合位點、核小體的調(diào)控區(qū)域和染色質(zhì)狀態(tài)等信息，是單細胞表觀遺傳學的重要突破：分析每個細胞數(shù)千個獨特的染色質(zhì)開放區(qū)域，識別細胞類型和細胞狀態(tài)；識別重要的轉(zhuǎn)錄因子，進行譜系和發(fā)育追蹤；探究驅(qū)動細胞類型和狀態(tài)之間基因表達差異的非編碼序列；探究細胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡特征等。是當前重要的多組學研究基因表達和表觀遺傳學的手段。烈冰開展了單細胞轉(zhuǎn)錄組、單細胞多組學以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案。淄博單細胞測序服務機構
高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。吉林10X Genomics單細胞測序平臺
針對單細胞測序的細胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié)：主要是對細胞數(shù)量、基因表達量、測序質(zhì)量進行整體描述。過濾標準：由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中，并且測序中也會存在一些死細胞，導致數(shù)據(jù)存在background值。因此，我們需要設定一定的標準來過濾掉假細胞或死細胞。以10× Genomics為例，細胞數(shù)量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點，當存在多個斜率拐點的時候，結合預期UMI=500時的細胞數(shù)量進行過濾。當斜率拐點低于UMI=500的時候，選擇UMI=500作為細胞的判斷的標準；否則，選擇和預期細胞數(shù)量接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。吉林10X Genomics單細胞測序平臺
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司一直專注于生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領域內(nèi)的技術開發(fā)、技術服務、技術轉(zhuǎn)讓、技術咨詢，市場營銷策劃，市場信息咨詢與調(diào)查（不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗），從事貨物及技術的進出口業(yè)務，計算機、軟件及耗材（除?？兀?，軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目，經(jīng)相關部門批準后方可開展經(jīng)營活動】，是一家醫(yī)藥健康的企業(yè)，擁有自己獨立的技術體系。目前我公司在職員工以90后為主，是一個有活力有能力有創(chuàng)新精神的團隊。公司以誠信為本，業(yè)務領域涵蓋單細胞測序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺，空間轉(zhuǎn)錄組測序，單細胞多組學測序，我們本著對客戶負責，對員工負責，更是對公司發(fā)展負責的態(tài)度，爭取做到讓每位客戶滿意。公司力求給客戶提供全數(shù)良好服務，我們相信誠實正直、開拓進取地為公司發(fā)展做正確的事情，將為公司和個人帶來共同的利益和進步。經(jīng)過幾年的發(fā)展，已成為單細胞測序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺，空間轉(zhuǎn)錄組測序，單細胞多組學測序行業(yè)出名企業(yè)。