其實,空間轉(zhuǎn)錄組的概念早就已經(jīng)存在了,目前已經(jīng)發(fā)表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有 Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。但是這些方法存在操作復雜、檢測精度不準確、基因和細胞檢測量的限制等問題。10x Genomics公司升級spatial Transcriptomic后推出的Visium空間基因表達解決方案是一款商業(yè)化的高精度、高通量空間轉(zhuǎn)錄組測序方案。烈冰科技自2020年起,國內(nèi)率先搭建空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)平臺,聯(lián)合上線單細胞核轉(zhuǎn)錄組測序、AbSeq、單細胞TCR-Seq、單細胞ATAC-Seq(ARCHR測序)、空間轉(zhuǎn)錄組測序產(chǎn)品結(jié)合scRNA-Seq服務(wù),多組學聯(lián)合助力科研人員探索時空等多維度、多角度的動態(tài)變化的生物學信息。烈冰生物為您提供貼心的單細胞研究完整解決方案!單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關(guān)系,一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”。北京單細胞測序數(shù)據(jù)分析
烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認可的空轉(zhuǎn)分析工具,構(gòu)建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程;精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器,可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細胞測序分析結(jié)果,詳細深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。完成從Raw data(原始數(shù)據(jù))到Spot-Gene的具有定位信息的表達矩陣的過程后,就進入了空轉(zhuǎn)的第二步,去進行Spot的Cluster的過程,熟悉單細胞測序的研究者知道,Cluster在單細胞測序中往往表示為細胞的類型,也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細胞是一個Celltype(當然分情況也會有不同)。而在空轉(zhuǎn)中,也正是由于前面提到了細胞的非單一性,導致了這里的分群并不是單純的同一細胞類型,而應該認為是具有相同細胞組成的點陣區(qū)域,或者說是近似的組織結(jié)構(gòu)區(qū)域。成都空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)十二年測序經(jīng)驗,累計服務(wù)與5000余項重要科研項目。
基于10X Geomics 動態(tài)微流控技術(shù),利用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切開放染色質(zhì),形成短片段,單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上,揭示單細胞染色質(zhì)的可及性問題,區(qū)分細胞異質(zhì)性,獲得開放染色質(zhì)的位置、轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點、核小體的調(diào)控區(qū)域和染色質(zhì)狀態(tài)等信息,是單細胞表觀遺傳學的重要突破:分析每個細胞數(shù)千個獨特的染色質(zhì)開放區(qū)域,識別細胞類型和細胞狀態(tài);識別重要的轉(zhuǎn)錄因子,進行譜系和發(fā)育追蹤;探究驅(qū)動細胞類型和狀態(tài)之間基因表達差異的非編碼序列;探究細胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征等。是當前重要的多組學研究基因表達和表觀遺傳學的手段。
單細胞測序技術(shù)(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在疾病樣本的異質(zhì)性、樣本微環(huán)境、發(fā)育學、免疫學以及其他領(lǐng)域中進行單細胞層面的數(shù)據(jù)解析,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題。這樣一個新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實驗手段來支撐。BD Rhapsody單細胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設(shè)備,保證了從單細胞懸液質(zhì)量評估到單細胞分選標記過程中每一個實驗步驟的完善質(zhì)控。NovelBio單細胞實驗團隊借助BD Rhapsody單細胞分選系統(tǒng),在實驗實施層面對單細胞測序結(jié)果的可靠性提供了強有力的保證。繼單細胞懸液制備之后,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細胞測序領(lǐng)域收獲更多的成果。經(jīng)驗豐富的實驗團隊,為獲得示組織內(nèi)真實表達水平的高質(zhì)量冷凍切片提供硬件和技術(shù)保障。
烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業(yè),為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù),先后經(jīng)歷基因芯片時代、基因測序、轉(zhuǎn)錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來,單細胞測序進入發(fā)展的快車道,烈冰作為國內(nèi)首批引進單細胞實驗雙平臺的公司,依托自主研發(fā)的NovelBrain?生物大數(shù)據(jù)分析平臺,為用戶提供一站式全流程的單細胞測序服務(wù)和解決方案。4年的單細胞技術(shù)的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、胰腺、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細胞類型,1000+靶標基因,10000+樣本處理經(jīng)驗。搭建多種測序數(shù)據(jù)的生物信息分析平臺,5000+項目檢驗,真實可信賴。重慶單細胞多組學測序服務(wù)
自主研發(fā)PanoCell單細胞實驗測序平臺。北京單細胞測序數(shù)據(jù)分析
空間轉(zhuǎn)錄組測序與單細胞測序的結(jié)果不同,這里存在一個概念叫做Number of Spots under tissue,即,空間轉(zhuǎn)錄組片子上組織覆蓋的有效的spot位點。這個有效Spot的篩選標準是有UMI以及有序列表達。那么這個時候,貼片的質(zhì)量就成為了制約空間轉(zhuǎn)錄組有效區(qū)域的要點了。如果組織沒有很好地覆蓋到空轉(zhuǎn)片上,那么容易出現(xiàn)雖然有HE染色有組織片子,但是沒有基因表達,即無有效Spot位點。同樣的,另一個就是組織切片的大小,也就是說組織切片在整個玻片的覆蓋面積越小,分析的有效區(qū)域就越少。這兩者基本上決定了整個空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的基礎(chǔ)質(zhì)量。北京單細胞測序數(shù)據(jù)分析
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家服務(wù)型類企業(yè),積極探索行業(yè)發(fā)展,努力實現(xiàn)產(chǎn)品創(chuàng)新。烈冰生物是一家有限責任公司(自然)企業(yè),一直“以人為本,服務(wù)于社會”的經(jīng)營理念;“誠守信譽,持續(xù)發(fā)展”的質(zhì)量方針。公司始終堅持客戶需求優(yōu)先的原則,致力于提供高質(zhì)量的單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學測序。烈冰生物順應時代發(fā)展和市場需求,通過高端技術(shù),力圖保證高規(guī)格高質(zhì)量的單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細胞多組學測序。