蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學研究案例：2021年12月30日復旦大學附屬中山醫(yī)院樊嘉院士、中國科學院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學院分子細胞科學***創(chuàng)新中心高大明研究員、復旦大學附屬中山醫(yī)院**教授課題組合作在Cancer Cell上發(fā)表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，通過基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學、微生物組學研究方法對262例肝內膽管*（iCCA）患者的配對**和*旁組織進行了分析，通過繪制肝內膽管*的多維分子圖譜為進一步鑒定iCCA的分子發(fā)病機制、分子分型、預后等提供了寶貴的資源。蛋白組學—精選文章推薦。江蘇蛋白組學和代謝組學
隨著美國臨床蛋白質組**分析項目（CPTAC）和中國人類蛋白質組計劃(CNHPP)等大型蛋白質組學研究計劃的推進，發(fā)表了一系列**的大規(guī)模人群多組學分析文章[2,3]。這些高分文章通過基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學、代謝組學、微生物組學等技術，在上百例的病例樣本中***表征了某種**的分子特征。對比這些文章，可以發(fā)現(xiàn)蛋白質組學數(shù)據(jù)在多組學數(shù)據(jù)分析中逐漸成為**結果，且蛋白質組學數(shù)據(jù)分析有些共同特點，即：1）基于蛋白質組進行**分子分型2）分析不同亞型患者的臨床特征3）免疫、代謝、突變、微生物等**領域研究熱點在不同亞型中的差別分析4）篩選亞型特征分子作為預后標志物或潛在的藥靶進行驗證或機制研究該文是樊嘉院士/周虎研究員/高大明研究員/**教授團隊繼2019年Cell發(fā)表的肝細胞*多組學研究后，同樣基于蛋白質組為**的多組學聯(lián)合分析策略，進一步闡釋了蛋白質組學驅動精細醫(yī)學的優(yōu)勢，為**的發(fā)***展機制、分子分型、預后監(jiān)測和個性化***策略提供新思路。浙江蛋白組學聚類分析熱圖4D-蛋白組+代謝組雙平臺知識干貨帶您。
通過蛋白質組學質譜鑒定、PRM靶向鑒定、iTRAQ標記定量蛋白組學等研究方法，發(fā)現(xiàn)了N-豆蔻?；诟闻K**發(fā)生中發(fā)揮重要作用，揭示了NMT1的N-豆蔻?；种瓶?*發(fā)生的NDP，并通過干擾泛素化來刺激促**發(fā)生的NUP機制。為靶向N-豆蔻?；蚇MT1可能有助于***肝*提供了理論依據(jù)。中文標題：NMT1依賴于POTEE發(fā)生N-豆蔻酰化并通過差異調節(jié)靶標的泛素化來刺激肝臟**的發(fā)生研究對象：細胞、小鼠、人**組織發(fā)表期刊：FrontiersinOncology影響因子：6.244發(fā)表時間：2021年5月合作單位：上海交通大學醫(yī)學院附屬上海兒童醫(yī)學中心運用生物技術：iTRAQ標記定量蛋白組學、PRM靶向驗證、質譜鑒定、qRT-PCR、IHC、WB、IP文章中iTRAQ標記定量蛋白組學由歐易/鹿明生物提供技術支持
iTRAQ標記蛋白組學研究方法：2021年12月歐易/鹿明生物合作客戶甘肅農業(yè)大學孫萬倉教授課題組在Scientific Reports期刊發(fā)表的題為 “iTRAQ-Based Quantitative Proteome Analysis Insights into Cold Stress of Winter Turnip Rapa (Brassica rapa L.) Grown in the Field ”的研究成果，通過iTRAQ標記蛋白組學+轉錄組學研究方法，探究了莖尖分生組織的形態(tài)對冬油菜低溫耐受性中的作用。中文標題：iTRAQ標記蛋白質組學分析揭示了低溫脅迫對田間生長冬油菜的影響研究對象：白菜型冬油菜發(fā)表期刊：ScientificReports影響因子：4.17蛋白組學檢測一個樣多少錢。
作者使用通過單細胞蛋白組學產生的數(shù)據(jù)來觀察在腎小球細胞或近端腎小管中***豐富的蛋白質細胞。208個Glom富集區(qū)蛋白富含囊泡中間運輸和細胞成分組織調節(jié)作為其**重要的生物學過程，細胞骨架蛋白結合和肌動蛋白結合是**重要的分子功能，肌動蛋白細胞骨架是**豐富的細胞成分。富含247個PT的蛋白質主要集中在小分子代謝過程和藥物代謝過程中。在**重要的分子功能中，這些蛋白質的氧化還原酶活性和催化活性豐富。*在GLOM切片中發(fā)現(xiàn)的67種蛋白質中，有41種已被報導存在于腎臟中，在這41種蛋白質中，18種(43.9%)與單細胞蛋白組學結果一致，23種(56.1%)在GLOM中與小管相比沒有增加。蛋白質組與代謝組聯(lián)合分析。吉林血清蛋白組學
歐易生物鹿明生物蛋白組學聯(lián)合分析。江蘇蛋白組學和代謝組學
轉錄組學和蛋白質組學分析作者通過轉錄組學和蛋白質組學分析暴露于DON的C2C12細胞的差異基因（DEG）。轉錄組學鑒定了2387個DEG，其中72%被下調。蛋白質組學鑒定出402個DEG，其中74%被下調。GO和KEGG通路富集分析表明，轉錄組學DEGs參與了“男性主要性征的發(fā)育”、“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“骨骼肌收縮的調節(jié)”等生物學過程。**富集的通路是“ECM-受體相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白質消化吸收”。蛋白質組學分析中，富集到了“肌肉收縮”、“中間絲解聚”和“脂質轉運”等生物學過程。細胞成分中富集到“細胞骨架”、“細胞外基質”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和慶大霉素生物合成”、“系統(tǒng)性紅斑狼瘡”、“ECM-受體相互作用”和“蛋白質消化和吸收”。前兩條通路與上調的DEG相關，而后兩條通路與下調的DEG相關，這與轉錄組學結果一致。江蘇蛋白組學和代謝組學
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